Mention changes to METIS and the workaround.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19027 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a stupid mistake with a missing semicolon.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19026 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a comment on how Metis has to be modified once built. This goes with
the recent change to sparsity_tools.cc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19025 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forward declare Metis stuff ourselves due to Metis header file stupidity. See
the long comment at the top of this file for a detailed explanation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19024 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Choose a more interesting potential.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19023 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert to writing VTK.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19022 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the correct potential. Do not scale the eigenvalue in the output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19021 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make refinement level a parameter. Set potential temporarily to zero.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19020 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make refinement level a parameter. Remove factor 1/2, make domain [-1,1]^d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19019 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make use of variables generic in one other place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19018 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Indent a line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19017 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make use of variables generic.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19016 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cleaned the code. Added output of the sparsity pattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19015 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a bug in the matrix.init ()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simple correction of contributors name

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19013 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure the destructor of a derived class is no loser than that of the base class in the exceptions it throws. This otherwise trips off ICC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19012 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List Toby Young's contributions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19011 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment in the call to set_which_eigenpairs. Make sure constrained DoFs have
non-zero diagonal entries in the matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19010 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19009 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19008 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19007 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure we also have SLEPc available.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19006 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Step-36: Apply SLEPcWrappers and give an error message when the matrices are not assembled correctly

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Inhomogeneity was applied in the wrong block when merging constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19004 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document the concept of a distorted cell.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19003 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Catch the case where we have distorted cells and throw an appropriate exception that can be caught.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@19001 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid warning about unused parameters.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reformat a few comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18998 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove comment -- the documentation is actually quite comprehensible!

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18997 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a Trilinos problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18995 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a compile problem in a template function that had apparently never been executed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18992 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18991 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18990 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18989 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18988 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18987 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18986 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove another unused arguments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18985 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unused arguments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18984 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18983 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disambiguate call to std::pow.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18982 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18981 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add several functions to GeometryInfo related to mappings from the reference cell to real cells.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18980 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a function overload that is now necessary to disambiguate calling
  determinant (Tensor<2,1>)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18979 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add implementation of the determinant() function for rank-2 tensors of all sizes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18978 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-indent static functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18977 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correction to a harmless error

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18975 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test for the output of inhomogeneous constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18974 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make output of ConstraintMatrix::print compatible with the one prior to r18938 again in case the inhomogeneity is zero.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18973 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed a double declarartion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18972 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

  Fixed: The TrilinosWrappers::BlockVector class declares an assignment
  operator from the non-Trilinos BlockVector class but it wasn't implemented.
  This is now fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18968 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a forgotten implementation of a function (this fixes trilinos/49a).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18966 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also check the reverse assignment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18965 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add new testcase that checks a forgotten template function (it was declared but not implemented).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18964 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix missing word.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18963 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix missing word.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18962 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix missing word.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18961 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix missing word.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18960 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18959 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a couple of explicit specialization declarations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18958 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added SLEPcWrappers which give a handle on SLEPc: the resultant two base classes (sover base and transformation base) can be used for solving the generalized eigenvalue problem

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18957 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some unnecessary comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18956 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Choose a more interesting potential.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18955 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Interpolate potential and put it into the output. Refine once more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18954 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave one more comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18953 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add parameter file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18952 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Deal with the potential. Read parameters from file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18951 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Close constraints object.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18950 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly initialize PETSC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18949 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write the output_results() function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18948 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the skeleton of an eigenvalue/function solver using SLEPc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18947 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18946 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Word smithing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18945 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Source SLEPc from Make.global_options.in

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18944 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Redirection of the slepc-arch detection in the deal.II configure system: slepc-arch is now directly compared to the petsc-arch, ie. the user need not specify the arch of the former.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18943 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more publication.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18942 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update comments for mmult.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18941 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add container type

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18940 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added a couple of instantiations for codim one problems.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18939 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Print out even inhomogeneity.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18938 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove -Wsynth from the list of debug parameters. It's not clear to me why it was there in the first place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18937 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

implement distribute function for parallel Trilinos vector

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18935 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over patch 18932 from the 6-2 branch: Work around a problem with gcc3.3.1 and clean up a piece of code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18934 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use 'CellSimilarity::Similarity' instead of 'enum CellSimilarity::Similarity' to work around some annoying problem with gcc3.3.1.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18933 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Help doxygen to find the gamma function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18930 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New hp::DoFHandler::set/get_active_fe_indices functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18929 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix comment (5729).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18928 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update changes file: MappingQ for 3d aniso fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18927 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use MappingQ in aniso test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18926 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix projection of quadrature points to subfaces in MappingQ in case of anisotropic refinement (5620).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18925 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce Triangulation<dim>::n_raw_faces() forwarding to n_raw_lines() in 2d and n_raw_quads() in 3d (5613).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18924 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test anisotropic solution transfer also in 3d (5582).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18923 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The ILU decomposition was not formed properly when the last row only contained a diagonal element. This should now be fixed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18922 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make one function const.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18921 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cannot perform usual condense and distribute functions on distributed Trilinos vectors. We need to explicitly implement that functionality if we want to have it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18919 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forgot to change declaration in previous update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18918 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor fixes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18917 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Limit number of digits that are written to file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18916 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d