Add documentation to the manifold module.

In particular, give an example of why it matters and a few code snippets and pictures
that show how it works.

Merge pull request #102 from tamiko/make_icc_happy

Fix test memory_consumption_01 for icc

Fix memory_consumption_01 for icc

The comparison file for compiler=Intel=yes was just invalid. Current icc
does not miscompile the test in release mode anymore. So remove all special
comparison files.

Merge pull request #88 from guidokanschat/fe_from_name_codim_ready

FETools::get_fe_from_name() implemented for nonzero codimension

- Existing testbits/get_fe_from_name passes
- Modified all get_name functions to include the spacedim parameter. …
- Added one test for codimension one finite element generation from names.
- Reintroduce get_fe_from_name<dim>() with one template parameter as deprecated
- New function get_fe_by_name<dim,spacedim>()

Modified all get_name functions to include the spacedim parameter.
Added one test for codimension one finite element generation from names.
Reintroduce get_fe_from_name<dim>() with one template parameter as deprecated
New function get_fe_by_name<dim,spacedim>()

Start with instantiation of FETools::get_fe_from_name()
Existing testbits/get_fe_from_name passes

Merge pull request #101 from bangerth/fix-uninitialized-variable

Fix a warning about undefined behavior.

Merge pull request #100 from bangerth/silence-warning-2

Silence a warning from gcc 4.9.1. The warning pertained to the fact that we define a function in an anonymous
namespace that is only called from a function inside an #ifdef ... #endif
block. The solution is to move the function into #ifdef ... #endif as well.

This addresses this test result: http://cdash.kyomu.43-1.org/viewBuildError.php?type=1&buildid=11683

Fix a warning about undefined behavior.

I get an error of the form
  /u/bangerth/p/deal.II/1/dealii/include/deal.II/meshworker/dof_info.h:69:9: runtime error: load of value 216, which is not a valid value for type 'bool'
when running the testsuite with the ASAN framework. This is caused by the DoFInfo
class having a member variable that is left uninitialized in the constructor.
Fix this.

Silence a warning from gcc 4.9.1.

The warning pertained to the fact that we define a function in an anonymous
namespace that is only called from a function inside an #ifdef ... #endif
block. The solution is to move the function into #ifdef ... #endif as well.

This addresses this test result: http://cdash.kyomu.43-1.org/viewBuildError.php?type=1&buildid=11683

Merge pull request #99 from bangerth/fix-test-signature

Rename output of tests that need PETSc, not Trilinos. The tests actually use PETSc, but their output names suggested that they need Trilinos. This was wrong.

Rename output of tests that need PETSc, not Trilinos.

Merge pull request #95 from luca-heltai/flatten_triangulation

GridGenerator::flatten_triangulation: Gives the ability to copy a flattened version of a Triangulation, with possibly different spacedims.

GridGenerator::flatten_triangulation.

Added GridTools::flatten_triangulation + one test.

Fixed WB comments.

Moved flatten triangulation to GridGenerator.

Fixed TH and WB comments.

Fixed indentation issue.

Merge pull request #98 from bangerth/require-newer-external-boost

Require BOOST 1.48 or later when looking for an external installation. This addresses issue #246.

Require BOOST 1.48 or later when looking for an external installation.

Merge pull request #96 from bangerth/implement-face-measure

Patch by k3daevin: Implement at least compute the area of planar faces of 3d cells.

Further improve test to avoid square roots.

Patch by k3daevin: Implement at least compute the area of planar faces of 3d cells.

Merge pull request #97 from tamiko/fix_a_test

Remove JobId line so that after normalization the test succeeds.

Fix test output project_bv_curl_conf_02.output

Remove JobId line so that after normalization the test succeeds.

Merge pull request #94 from bangerth/silence-warning

Some newer compilers kept warning about an out-of-bounds array access
in Point::operator() but didn't indicate where exactly it came
from. This turned out to be in DataOutBase::write_eps(), a function
that is implemented only for dim==2 but was compiled also for dim==1
and dim==3 and contained this statement: 'pointsvertex'. The patch
reorganizes the code so that the function is only compiled for dim==2
and a more general specialization that does nothing but abort is used
for all other dimensions.

Silence a warning.

Some newer compilers kept warning about an out-of-bounds array access
in Point<1>::operator() but didn't indicate where exactly it came
from. This turned out to be in DataOutBase::write_eps(), a function
that is implemented only for dim==2 but was compiled also for dim==1
and dim==3 and contained this statement: 'points[vertex](1)'. The patch
reorganizes the code so that the function is only compiled for dim==2
and a more general specialization that does nothing but abort is used
for all other dimensions.

Merge pull request #90 from bangerth/fix-more-c++11-auto-variables

Fix a couple more files that accidentally use C++11 auto variables.

Fix a couple more files that accidentally use C++11 auto variables.

Merge pull request #87 from agrayver/latest_slepc_support

Add workaround to be able to use SLEPc >= 3.5.0 with deal.II.

Add workaround to be able to use SLEPc >= 3.5.0 with deal.II. This requires disabling support for STFOLD spectrum transformation type since it was removed in SLEPc 3.5.0 and newer.

Also log the corresponding entry in changes.h

Merge pull request #85 from bangerth/fix-invalid-auto

Replace use of 'auto' for variables.

This is only allowed in C++11.

Replace use of 'auto' for variables. This is only allowed in C++11.

Merge pull request #79 from bangerth/introduce-cxx11-ranges

Provide functions for C++11 range-based for loops. Document C++11 interaction

Mention range-based for loops in the tutorials.

Add a test that uses range-based fors.

Provide functions for C++11 range-based for loops. Document C++11 interaction.

This commit consists of the following individual commits:

Specifically, add Triangulation::cells(), Triangulation::active_cells() and
similar for the ones on a single level.

Fix up code to make it compile.

Fix one compile error.

Also provide similar functions for the two DoFHandler classes.

Augment documentation.

Update the specification of how we implement C++11 range-based for loops.

Link to the new documentation module (still coming up).

Document C++11 features and interaction.

Merge pull request #83 from bangerth/return-invalid-value

Follow a suggestion by k3daevin:
In TriaAccessor<2,3>::measure(), return a NaN instead of -1e10
to make the error condition clearer.

Merge pull request #82 from agrayver/high_order_nedelec

Fix project_boundary_values_curl_conforming for high-order FE_Nedelec

Return a NaN instead of just a very large value to make the error condition
clearer.

Add test output

Fix test for project_boundary_values_curl_conforming

Add test for project_boundary_values_curl_conforming

Fix bug in project_boundary_values_curl_conforming related to the wrong indexing of high-order DoFs in internals::compute_face_projection_curl_conforming.

Merge pull request #81 from tamiko/new_testsuite_track

Testsuite: Remove 'Nightly' Track, add 'Continuous'

Testsuite: Small documentation update

Testsuite: Remove 'Nightly' Track, add 'Continuous'

This commit removes the obsolete support for a 'Nightly' track and adds a
new 'Continuous' track. The idea is that in future 'tester' uses
exclusively the 'Regression Test' track and simserv04 uses 'Continuous'.

Both testing sites have different strategies: tester goes through all
commits with one configuration (for 32 and 64 bit indices), simserv04 just
checks the latest merge available but for a number of compilers and
configuration. The current mix of test results is just confusing and very
horrible to read :-/

Merge pull request #80 from bangerth/doc-fixes-6

Minor documentation fixes.

Minor documentation fixes.

Merge pull request #70 from tjhei/parallel_condense

ConstraintMatrix::condense() working with parallel distributed vectors

Merge pull request #78 from tamiko/silence_warning

Silence a warning and reindent.

Silence a warning

A logical construct of the form "EXPR && EXPR || EXPR" in manifold_lib.cc
triggered a bunch of warning. Silence them by explicitly enclosing the
intended precedence: (EXPR && EXPR) || EXPR.

Also run reindent on the file.

Merge pull request #75 from luca-heltai/travis_mixed_compilation

Removed release builds from the Travis tests.

Merge pull request #74 from guidokanschat/doxygen_steps_missing

Fix a bug in doxygen causing missing tutorials

The tutorial steps were missing in the online documentation.
This bug fix makes them reappear by creating the string of input directories and files only after the list has been competed.

Removed release builds.

Fix a bug in the generation of the input string for doxygen... now the tutorial should appear again in the online documentation

Merge pull request #73 from tjhei/pr_documentation

update notify_ready_to_unpack() documentation

update notify_ready_to_unpack documentation

Merge pull request #72 from masterleinad/fix_Epetra_Import

Adjust TrilinosWrappers::VectorBase::add

Adjust TrilinosWrappers::VectorBase::add according to the fix of [Bug 6079] Epetra_Import does not work for anything but Zero flags

Merge pull request #61 from luca-heltai/travis_ci

Setup Continuous Integration on Travis CI

Let's see what happens...

add test

improve patch slightly

Merge pull request #67 from luca-heltai/function_manifold_chart

Function manifold chart

patch by Alexander Grayver for condense()

Merge pull request #69 from bangerth/doc-fixes-6

Fix a typo in the documentation of MappingChart.

Provide some more documentation.

Made FlatManifold tolerance relative.

Refactored ManifoldChart to ChartManifold.

Refactored FunctionManifold.

Added relative tolerance, and better comment for owns_pointers.

Merge pull request #65 from bangerth/fix-muparser-if

Change the parsing of functions in muparser.
muparser requires that there be no space between the name of a function and its argument
list. This is incompatible to the behavior we had with fparser that allowed for spaces
in this position. To allow for backward compatible behavior, this patch changes the
parsing in such a way that it eats spaces after the function name for all built-in
and deal.II-defined functions before passing the expression to muparser.

This addresses bug #218 at https://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=218 .

Fix a typo.

Then continue to add some more to the documentation in the form of an example.

Added changelog

Added two test files for FunctionManifoldChart

Added FunctionManifoldChart

Merge pull request #63 from tamiko/fix_manifold_instantiations

This commit reverts the quick fix in commit 982b0683.

The issue why we encountered unresolved references to
dealii::FlatManifold::FlatManifold(dealii::Point, double)
etc. was due to boilerplate instantiations of Triangulation::get_manifold
for cases with spacedim < dim (in order to make TriaAccessor happy).

This commit fixes the issue by using a nullptr-dereference in order to
return an invalid object - the specific code throws an error message before
that and should actually not be reachable at all.

Merge pull request #66 from tjhei/fix_doxygen_warnings

fix several doxygen warnings

Also update the parsing of all other builtin functions.

Fix instantiation issue with FlatManifold properly

This commit reverts the quick fix in commit 982b0683.

This commit closes #56

The issue why we encountered unresolved references to
dealii::FlatManifold<3, 2>::FlatManifold(dealii::Point<2, double>, double)
etc. was due to boilerplate instantiations of Triangulation::get_manifold
for cases with spacedim < dim (in order to make TriaAccessor happy).

This commit fixes the issue by using a nullptr-dereference in order to
return an invalid object - the specific code throws an error message before
that and should actually not be reachable at all.

fix several doxygen warnings

Merge pull request #64 from tamiko/cleanup_whitespace

This commit reindents some manifold and tria related files in order to
remove some bogus whitespace.

Take the chance to cleanup whitespace and indent

Restore backward compatible by converting 'if (' to 'if(' in expressions we pass down to muparser.

Fixed Matthias suggestions.

Removed also build tests, added osx

Merge pull request #60 from bangerth/fix-instantiations

Eric Heien reports that he can't compile deal.II on one Mac machine with missing
symbols. I think we just forgot to instantiate them.

Added .travis.yml

Fix missing instantiations.

Eric Heien reports that he can't compile deal.II on one Mac machine with missing
symbols. I think we just forgot to instantiate them.

Reindent some of the documentation and code.

Merge pull request #59 from tjhei/fix_latex_formula

fix error in latex formula

Merge pull request #58 from tjhei/fix_doxygen_generation

Fix steps no longer in doxygen documentation

fix error in latex formula

eqnarray can not have more than two &s.

add steps back to doxygen

This fixes the bug introduced in 17479c593.

Merge pull request #57 from luca-heltai/hot_fix_manifold

Fix missing instantiations introduced with merges 6a36497 and
commit bfe1138.

This closes #56

Instantiated all possible Manifolds, FlatManifolds and ManifoldCharts

Merge pull request #54 from luca-heltai/cylindrical_manifold

CylindricalManifold implementation

Made CylindricalManifold derived from Manifold instead of FlatManifold.

Merge pull request #55 from bangerth/tutorial-fixes

Write the steps in lowercase.

Remove a duplicate section (thanks to Martin Kronbichler for pointing it out).

Write the steps in lowercase.

This way, the filter script can replace them automatically with references to
the corresponding pages for each of the tutorial programs. This does not
currently work on http://dealii.org/developer/doxygen/deal.II/Tutorial.html .

Added cylindrical Manifold and two tests.

Merge pull request #50 from luca-heltai/manifold_id_step0

This is the first backward compatible version of the manifold id branch. Four methods were added to a class named Manifold, which contains a subset of the Boundary methods. Boundary is now derived from FlatManifold. This fixes issue #27.

Fixed spelling and indentation.

Replied to most comments by Wolfgang.

Fixed constness of sub_manifold in ManifoldChart, fixed a few comments.

Fixed constness in a few places.

Removed references for simple doubles, and removed empty lines.

Added back references to quad when they are arguments of get_new_point

Made get_default_quadrature query itself the manifold when vertices are not available on subobjects.

Fixed instatiations for invalid Triangulations.

Fixed last reference, and failing test.

Some changes to the documentation.