Merge pull request #3932 from sairajat/master

Fixes bug in Pattern::Selection

Fix indentation

Fix Tests

Merge pull request #3966 from drwells/remove-petsc-vector-base-copy

Remove the PETSc VectorBase copy operator.

Fixed Typo and added comment in output of test

Added space at end

Make VectorBase::operator= private and undefined.

This operator was formerly implicitly defined, which provides, almost surely,
the wrong behavior since the underlying Vec will then be destroyed twice.

Since both inheriting classes (Vector and MPI::Vector) define their own
operator= overloads this operator is also not necessary.

Fix, and deprecate, a PETSc parallel vector copy constructor.

The former implementation of this copy constructor contained a subtle bug: since
VectorBase::operator= is implicitly defined, calling it simply copies (byte for
byte) the members of a VectorBase. This is erroneous because now two different
destructors will call VecDestroy on the underlying Vec.

The fix is simple: (nearly) preserve the current behavior by just deep copying
the vector.

Since one should never have an explicit instance of VectorBase (and there is no
reasonable way to copy a parallel vector and then enforce a possibly different
local_size) this constructor I also marked this constructor for deprecation: one
should use one of the concrete classes (Vector or MPI::Vector) in applications.

Reindent some sample code comments.

Merge pull request #3963 from drwells/fix-block-vector-deprecation-warning

Fix a deprecation warning in user codes.

Merge pull request #3961 from drwells/fix-clang-warnings-2

Fix some clang warnings.

Merge pull request #3964 from drwells/remove-preceding-underscore

Rename an identifier that started with an underscore.

Rename an identifier that started with an underscore.

Identifiers starting with a single underscore followed by a capital letter are
reserved by the C standard.

Fix a deprecation warning in user codes.

Since supports_distributed_data is deprecated, instantiating a BlockVector
raises a deprecation warning in user codes. Fix this by simply using the type
trait replacement.

Merge pull request #3962 from masterleinad/restrict_test

grid_out_per_processor_vtu_02 requires METIS

Remove some unused function arguments.

grid_out_per_processor_vtu_02 requires METIS

Silence some warnings in OpenCascade.

Clang complains that OpenCascade checks whether or not a certain undefined macro
evaluates to true. Get around this with diagnostic guards.

Merge pull request #3960 from kronbichler/classify_tests_with_p4est

Mark tests that need p4est

Mark tests that need p4est

Merge pull request #3959 from masterleinad/fix_distribute_flux_sparsity_pattern

Fix mpi/distribute_flux_sparsity_pattern

Fix mpi/distribute_flux_sparsity_pattern

Merge pull request #3953 from tjhei/test_checksum

replace call to md5sum in tests

Merge pull request #3952 from tcclevenger/write_mesh_per_processor_as_vtu_fixed_bug

fixed bug in write_mesh_per_processor_as_vtu, added test

Added change to doc/news/minor

Merge pull request #3955 from davydden/doc/submit_symmetric_gradient

fix documentation of FEEvaluationAccess<dim,dim,Number>::submit_symme…

fix documentation of FEEvaluationAccess<dim,dim,Number>::submit_symmetric_gradient

replace call to md5sum in tests

fixed bug in write_mesh_per_processor_as_vtu, added test

Previous implementation did not account for non-distributed multilevel
hierarchy or active cells having different level_subdomain_id and
subdomain_id.

made requested changes

typo in changes. GridOut function, not GridTools

Merge pull request #3947 from jppelteret/trilinos_lin_ops-enable_deal_II_solver

Enable deal.II solver use with Trilinos LinearOperator

Fix comment indentation

Enable deal.II solver use with Trilinos LinearOperator

By making a distinction between an `inverse_payload` created for
Trilinos solvers/preconditioners and all other solver/preconditioner
types, we allow a `TrilinosPayload` to be created when the
solver/preconditioner is incompatible with `Epetra_Multivector`. In
turn, it is now possible to use the deal.II solvers (e.g.
`dealii::SolverCG<TrilinosWrappers::MPI::Vector>`) with `Trilinos`
`LinearOperator`s as such a call no longer results in a compiler error.

Merge pull request #3931 from jppelteret/fix_tests_03

Refactor schur_complement operator

Test: Make lac/schur_complement_05 a bit more robust

Do not output residuals and convergence numbers. We now only check
whether we do the right thing by comparing the difference of the result
to a reference computation.

Merge pull request #3951 from Rombur/step_18

Fix typo.

Fix typo.

Merge pull request #3950 from dealii/revert-3914-fix_tests_3

Revert "Tests: output variants for opencascade 6.9.1"

Revert "Tests: output variants for opencascade 6.9.1"

Merge pull request #3914 from tamiko/fix_tests_3

Tests: output variants for opencascade 6.9.1

Merge pull request #3946 from davydden/tests/fe_enriched_step_36

use jacobi preconditioner in fe_enriched test eigenproblems

Merge pull request #3940 from davydden/tests/parallel_block_vector_03

add extra output for parallel_block_vector_03

Merge pull request #3949 from masterleinad/reduce_fe_abf_02

Simplify fe/abf_02

Simplify fe/abf_02

tests: use jacobi preconditioner in fe_enriched test eigenproblems

Merge pull request #3945 from drwells/clang-warnings

Fix some simple clang warnings.

Remove some unused variables.

This was caught by clang 3.9.

Check if a preprocessor variable is defined before use.

Clang complains about this with -Wundef on.

Merge branch 'master' of https://github.com/sairajat/dealii

Bug Fix in Patterns::Selection

Merge pull request #3936 from davydden/tests/memory_consumption_01

tests: extra output for memory_consumption_01

Merge pull request #3938 from davydden/tests/oce_step_create_write

extra output for OCE 0.18

Merge pull request #3943 from davydden/tests/no_flux_constraints_extra

extra output for no_flux_constraints when md5sum is not installed

Merge pull request #3941 from davydden/tests/fix_slepc_solve_04

fix slepc/solve_04

Bug Fix in Patterns::Selection

Fixed bug in Patterns::Selection

tests: extra output for no_flux_constraints when md5sum is not installed

tests: fix slepc/solve_04

Merge pull request #3937 from davydden/tests/metis_extra_output

extra output for METIS tests

tests: add extra output for parallel_blocK_vector_03

tests: extra output for OCE 0.18

tests: extra output for METIS tests

tests: extra output for memory_consumption_01

Merge pull request #3934 from tjhei/warn_unref

remove unused variable names

remove unused variable names

MSVC complains about this...

Merge pull request #3928 from masterleinad/fix_filtered_iterator

Fix Initialization of FilteredIterator from base class

Add test for copying FilteredOperator

Merge pull request #3918 from koecher/deprecate_supports_distributed_data_static_member

deprecates static support_distributed_data member of vector declarations

adds DEAL_II_DEPRECATED to PREDEFINED of doc/doxygen/options.dox.in

Fixes bug in Pattern::Selection

Merge pull request #3930 from tjhei/intel_inline_warning

remove intel warning about always_inline

Merge pull request #3850 from bangerth/add-abf-test

Add a test for the ABF element in 3d.

remove intel warning about always_inline

disable the following incorrect warning:
```
include/deal.II/base/tensor.h(824): warning #3415: the "always_inline"
attribute is ignored on non-inline functions
inline DEAL_II_ALWAYS_INLINE
```

Refactor SchurComplement operator.

Subsequent to the implementation of Payloads for LinearOperators, it is
necessary that compound operations such as this one be expressed in
terms of overloaded operations (operator+,* etc.) instead of in a
low-level format, with the operator functions v_mult etc. expanded
manually. This is because the payload is not correctly configured in the
latter case, and the operations defined on the Payload-level would not
align with those being performed by the higher-level LinearOperator
interface. When operator+,* etc. are called, the equivalent operations
for the payload are automatically set up.

Fix Initialization of FilteredIterator from base class

Merge pull request #3925 from masterleinad/update_fe_project_test

Update fe/fe_project_2d

Update fe/fe_project_2d

Merge pull request #3903 from tjhei/rework_instantiations

cleanup template-arguments.in

Merge pull request #3924 from drwells/boost-serialization-macro-warning

Avoid using 'defined' inside a macro.

deprecates static support_distributed_data member of vector declarations

Avoid using 'define' inside a macro.

This is technically illegal and clang rightfully complains.

Patch from https://github.com/boostorg/serialization/pull/49

fix expand-instantiations

- remove trailing newlines in pattern values
- skip spaces and newlines before first pattern
- report errors if pattern is not found

Merge pull request #3923 from tjhei/undo_static_assert

Revert #3861 "add new macro for static asserts"

Merge pull request #3891 from tjhei/step-57-fixes

update step-57

Merge pull request #3916 from tamiko/do_not_use_as_needed_in_check

CMake: Disable -Wl,--as-needed in DEAL_II_HAVE_USABLE_FLAGS

CMake: Disable -Wl,--as-needed in DEAL_II_HAVE_USABLE_FLAGS

This works around a serious regression with ld.bfd in combination with
-Wl,--as-needed when compiling a simple

  int main () { return 0; }

and linking against a *huge* list of (entirely unused) libraries.

See #3686

Tests: output variants for opencascade 6.9.1

Revert "add new macro for static asserts"

This reverts commit c9283e795004308c570f356da95f97562f62d112.

Merge pull request #3919 from masterleinad/fix_get_fe_by_name_01

Adjust tolerance for FE_ABF

Adjust tolerance for FE_ABF

Merge pull request #3907 from masterleinad/simplify_back_interpolate

Unify FETools::back_interpolate

Merge pull request #3921 from davydden/spherical_component

Functions::Spherical add component argument to svalue/sgradient/shessian

Merge pull request #3920 from davydden/workstream_hp

WorkStream: add a note on hp-FEM

Merge pull request #3910 from tamiko/fix_tests_1

Tests: Provide output variant

WorkStream: add a note on hp-FEM

Functions::Spherical add component argument to svalue/sgradient/shessian

Merge pull request #3912 from tamiko/fix_tests_2

Tests: Do not run to example steps in tests

Simplify FETools::back_interpolate

Merge pull request #3917 from masterleinad/rm_output_file_name

Remove output_file_name variable from tests

Get rid off output_file_name in tests

Move definition for TrilinosPayload destructor