Merge branch 'master' of https://github.com/dealii/dealii

Merge pull request #45 from guidokanschat/doxygen_cleanup

Some cleanup of doxygen issues:
simplify doxygen input path
reduce warnings from thousands to hundreds as long as major code is undocumented
fix displayed include paths in doxygen output
fix some of the warnings

Merge pull request #53 from bangerth/fix-nedelec-interpolation-matrix

Patch by Alexander Grayver: Fix face interpolation between FE_Nedelec elements.

This patch fixes a bug in the FE_Nedelec::get_face_interpolation_matrix related to the wrong indexing of the DoFs located on element faces. This patch ensures that the code produces an interpolation matrix with full column rank meaning that all DoFs of the FE with lower order are constrained.

Patch by Alexander Grayver: Fix face interpolation between FE_Nedelec elements.

This patch fixes a bug in the FE_Nedelec::get_face_interpolation_matrix related to the wrong indexing of the DoFs located on element faces. This patch ensures that the code produces an interpolation matrix with full column rank meaning that all DoFs of the FE with lower order are constrained.

Improve the documentation for the new initialize methods.

simplify doxygen input path
reduce warnings from thousands to hundreds as long as major code is undocumented
fix displayed include paths in doxygen output
fix some of the warnings

Implement new initialize method for Trilinos AMG preconditioner: It can be based on an Epetra_RowMatrix object. We can use this code path for the standard initialize method with TrilinosWrappers::SparseMatrix as well.

Merge pull request #51 from tjhei/fix_data_attach

fix, test, document Triangulation::register_data_attach

 * fix a bug in an assertion
 * add a test
 * document how the CellStatus in the callback function works

add documentation to register_data_attach

add test

fix wrong assert in notify_ready_to_unpack

The offset will always be >=4 because we store the CellStatus in the
data sent to p4est in front of the user data. This means the smallest
offset will 4, no matter how much data is attached.

Merge pull request #49 from bangerth/fix-instantiation

Fix an instantiation.

Fix an instantiation.

The existing instantiation works, but is not in line with the actual
declaration of the function. This may or may not be the problem with
the failing tests here http://cdash.kyomu.43-1.org/viewTest.php?onlyfailed&buildid=10664
that result from a missing instantiation.

Merge pull request #48 from bangerth/doc-fixes-5

Fix an outdated reference to fparser. Add a link.

Merge pull request #47 from tamiko/address_testsuite_issues

This pull_request addresses several minor issues with the testsuite:

More fixes with references that are now outdated.

Fix an outdated reference to fparser. Add a link.

Testsuite: Also use '<>=,' as numdiff separators

This commit addresses issue #38: We have several tests in which numdiff
fails to recognize a number, because the output contains some unknown
delimiters, such as one of "<>=,".

Testsuite: Update a comment

Testsuite: Move forgotten file to correct location

All testsuite stuff is now under ./tests. Consequently,
macro_pickup_tests.cmake should also be moved.

Merge pull request #46 from Rombur/time_step_petsc

Add empty virtual destructors for TimeStepping and RungeKutta.

Add empty virtual destructors for TimeStepping and RungeKutta.

Merge pull request #43 from guidokanschat/new_multigrid_tests

Fix logical problems in MGConstrainedDoFs and rewrite step 16

Fix minor issues in multigrid tests

Update documentation of step 16

Merge pull request #44 from oneliefleft/master

Correct a minor violation of coding standards in Petsc wrappers

Fix a typo...

Correct a minor violation of coding standards.

all existing multigrid tests verified with fixed MGConstrainedDoFs
new test for Neumann data

use new logic in multigrid assemblers and switch step 16 to MeshWorker

implement deprecated get_refinement_edge_boundary_indices()

Fixing problems with MGConstrainedDoFs

Merge pull request #42 from tamiko/fix_cxx11_setup

CMake: Fix various bugs in check_01_cxx_features

CMake: Fix various bugs in check_01_cxx_features

This commit fixes a typo of the "-std=c++0x" fallback found by Chad Balen
(mailing list).

Furthermore, the fallback logic was also broken (as reported by Wolfgang).

Merge pull request #40 from bangerth/doc-fixes

Fix numerous doxygen markup problems.

Doxygen got bent all out of shape in various places because formulas were opened
but not closed, and a number of other markup problems as well.

Merge pull request #39 from bangerth/add-patch-generators-2

Rename DoFTools::map_global_to_patch_dof_indices() to get_dofs_on_patch().

Follow Timo's suggestion and revert the mapping from map_global_to_patch_dof_indices(). Consequently, also rename the function to get_dofs_on_patch(). Adjust the test.

Fix numerous doxygen markup problems.

Doxygen got bent all out of shape in various places because formulas were opened
but not closed, and a number of other markup problems as well.

Rename DoFTools::map_global_to_patch_dof_indices() to get_dofs_on_patch().

Follow Timo's suggestion and revert the mapping from map_global_to_patch_dof_indices().
Consequently, also rename the function to get_dofs_on_patch(). Adjust the test.

Merge pull request #37 from bangerth/add-patch-generators

Infrastructure functions for local problems on patches

The functions DoFTools::count_dofs_on_patch() and
DoFTools::map_global_dofs_to_patch_indices() help set up
linear systems on patches.
This is joint work with Arezou Ghesmati.

Add more functions that deal with the infrastructure for solving local problems on patches around cells.

The functions DoFTools::count_dofs_on_patch() and DoFTools::map_global_dofs_to_patch_indices() help set up linear systems on patches. This is joint work with Arezou Ghesmati.

Merge pull request #35 from bangerth/doc-fixes-3

Improve the documentation of VectorTools::create_point_source_vector().

Merge pull request #33 from bangerth/doc-fixes

Improve the wording of an exception.

Merge pull request #36 from bangerth/doc-fixes-4

Update documentation a bit.

Update documentation a bit.

Reading through the documentation of some of the functions in DoFTools, there are a number of functions for which I can't quite figure out what exactly they do. This updates a couple of places, but more work remains. In particular, I have no idea from the description of what DoFTools::make_single_patch() does.

Improve the documentation of VectorTools::create_point_source_vector().

The previous version of the documentation was not exactly clear as to what the 'orientation' argument actually referred to.

Merge pull request #34 from bangerth/doc-fixes-2

Update the documentation of VectorTools::project_boundary_values() to make it clearer.

Update the documentation of VectorTools::project_boundary_values().

This had apparently confused a user on the mailing list earlier today, so structure the
documentation better.

Improve the wording of an exception.

I ran into this exception and couldn't figure out what's wrong without looking at the source code.

Merge pull request #32 from bangerth/doc-fixes

Improve documentation of the mapping cartesian class.

Merge pull request #31 from bangerth/improve-error-message

Wolfgang.
This is in response to an email on the mailing list that showed an error message that wasn't particularly helpful.
Improve error message.

Improve documentation.

Improve error message.

This is in response to an email on the mailing list that showed an error message that wasn't particularly helpful.

Merge pull request #30 from bangerth/move-reports-master

Wolfgang. This file (lost in the conversion from svn to git) was moved to http://www.dealii.org/reports.html since the actual reports are already there. This patch redirects the links there as well.

Fix links to doc/reports/index.html.

Fix links to doc/reports/index.html.

This file (lost in the conversion from svn to git) was moved to http://www.dealii.org/reports.html since the actual reports are already there. This patch redirects the links there as well.

Merge pull request #29 from dealii/fix-testsuite-omission

Wolfgang.
This file was apparently forgotten during the manifold branch merge. Update it to the correct output.

Update a test output file.

This file was apparently forgotten during the manifold branch merge. Update it to the correct output.

Merge pull request #28 from tamiko/fix_installation

Fix installation.

Fix installation.

Well, it seems we forgot to update doc/CMakeLists.txt to install the new
README.md file...

Merge pull request #20 from luca-heltai/pr_switch_to_markdown

Switched README to md format.

Changed the README in such a way that a markdown syntax parser
recognizes code blocks, links and title. Moved it to README.md

Switched README to md format.

Implemented Matthias' suggestions.

Merge pull request #26 from tamiko/fix_includes_in_steps

Matthias: This commit fixes up a regression introduced with commit
06a70ba
that removed unnecessary includes of base/multithread_info.h. Both steps
need them for multithread_info.n_threads()

Add missing includes to step-17 and step-18

This commit fixes up a regression introduced with commit
  06a70bad3cbbcbb6abc51e12f29e3b5dfffb928a
that removed unnecessary includes of base/multithread_info.h. Both steps
need them for multithread_info.n_threads()

Merge pull request #25 from bangerth/doc-fixes-vector

Restructure documentation.

Put all member functions into one of the doxygen sections. Split
sections so that they make more sense.

Merge pull request #24 from bangerth/doc-fixes

Fix doxygen formatting.

Some of the member functions in smartpointer.h did not have documentation
according to a format that doxygen would pick up.

Merge pull request #23 from bangerth/fix-changelogs

Remove a file forgotten when converting the changelogs.

This file should have been removed in yesterday's conversion of the
changelogs from html to doxygen format, but I forgot to delete it. This PR
fixes the oversight.

Restructure documentation.

Put all member functions into one of the doxygen sections. Split
sections so that they make more sense.

Fix doxygen formatting.

Some of the member functions in smartpointer.h did not have documentation according to a format that doxygen would pick up.

Remove a file forgotten when converting the changelogs.

Merge pull request #21 from bangerth/convert-changelogs

Integrate old changelog files into doxygen

Convert old changelog files from straight up .html to .h files that
will be parsed by doxygen. This will make all changelog files behave
the same way.

Convert old changelog files from straight up .html to .h files that will be parsed by doxygen.

This will make all changelog files behave the same way.

Merge pull request #15 from bangerth/doc-fixes-2

Introduce the concept of containers-of-cells and link to it in various places.

Merge pull request #13 from bangerth/doc-fixes

The previous version of the documentation basically stated why the function exists, not what it does. This is the focus of the new version. I also indented the arguments of this function and the (related) following one.

Merge pull request #17 from bangerth/fix_p4est_configuration

Fix p4est configuration

Add some description of when the last two IFs can happen in version
number recognition.

Introduce the concept of containers-of-cells and link to it in various places.

CMake: robust version extraction for P4Est

Make the version extraction in P4Est more robust: We should not rely on
the version string to define SUBMINOR and PATCH - this doesn't have to
be the case. So, always set P4EST_VERSION_SUBMINOR and
P4EST_VERSION_PATCH to "0" in FindP4EST.cmake if no valid number could
be extracted.

Rewrite the documentation of DoFTools::compute_intergrid_constraints().

The previous version of the documentation basically stated why the function exists, not what it does. This is the focus of the new version. I also indented the arguments of this function and the (related) following one.

Merge pull request #9 from bangerth/doc-fixes

Update documentation in include/deal.II/dofs/dof_tools.h

- Rename a documentation section to be more descriptive.
- Reshuffle some more functions and group them into appropriate categories. Not all functions are in categories yet, though, see http://www.dealii.org/developer/doxygen/deal.II/namespaceDoFTools.html

Merge pull request #10 from tjhei/p4est_update

[minor] compatibility fixes for p4est 1.0

Merge pull request #11 from tjhei/p4est_script

[minor] p4est-setup.sh can now also build from source directory

p4est-setup.sh can now also build from source directory

compatibility fixes for p4est 1.0

The deprecated type p4est_connect_type_t got removed in p4est >=1.0. Use
connect_type_t instead.

Update documentation of this file.

- Rename a documentation section to be more descriptive.
- Reshuffle some more functions and group them into appropriate categories. Not all functions are in categories yet, though, see http://www.dealii.org/developer/doxygen/deal.II/namespaceDoFTools.html

Merge pull request #8 from bangerth/add-patch-generators

Add GridTools::get_patch_around_cell().

Implement a function GridTools::get_patch_around_cell() extracts the
set of cells that surround a single cell. This is joint work with
Arezou Ghesmati.

Add some documentation.

Provide attribution.

Joint work with Arezou Ghesmati: Add GridTools::get_patch_around_cell().

Fix style issue.

Merge pull request #6 from bangerth/remove-multithread_info.h-includes

Remove #includes of multithread_info.h in files that don't need it.

Merge pull request #5 from bangerth/doc-fixes

Augment documentation.

The documentation of MultithreadInfo was unintelligible. It was also
incomplete in some places.

Remove #includes of multithread_info.h in files that don't need it.

Augment documentation.

The documentation of MultithreadInfo was unintelligible. It was also
incomplete in some places.

Merge pull request #4 from tamiko/fix_mesh_converter_tests

Testsuite: Fix path in mesh_converter tests

Merge pull request #3 from tamiko/fix_svn_keywords

Cleanup populated svn keywords

Testsuite: Fix path in mesh_converter tests

There was a forgotten path that still pointed to
./cmake/scripts/normalize.pl in the mesh_converter tests. Fix this.

Cleanup populated svn keywords

It seems that we had a lot of leftovers of accidentally populated $ID
svn keywords.

Merge pull request #2 from bangerth/replay-svn-revisions-33204-to-33205

Fix references to publications.html.

These revisions were apparently lost in the svn to git conversion because
the svn repo was still live when the conversion was already happening...

Replay svn revisions 33204 and 33205.

These revisions were apparently lost in the svn-to-git conversion.

Merge pull request #1 from bangerth/fix-publications.html-references

Fix references to publications.html.

References should now go to the entire window, not the 'body' frame.

Fix references to publications.html.

References should now go to the entire window, not the 'body' frame.