Remove a file we have not needed for a long time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33134 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Group functions for more readable documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33133 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update documentation in a couple of places. Remove some code duplication.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33132 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent script files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33131 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure to generate all necessary symbols

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33126 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33125 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33124 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add notes for MUMPS.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33123 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document how to compile Trilinos with direct solvers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33122 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document how to compile Trilinos with direct solvers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33121 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend comment of direct solver class

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33120 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use alias to refer to multithreaded methods.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33119 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Try to avoid differences in roundoff by using weaker tolerance for Bicgstab solver

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33118 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Uwe Koecher: select among Trilinos solvers

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33117 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document which basic linear algebra functions are currently multithreaded.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33116 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the publications site to the top-level of dealii.org to provide it with a more 'corporate' feel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33115 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33114 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33113 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33112 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a couple of call changes for PETSc 3.5.0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33111 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

write a debug file with the first residual even if we converge in one step

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement some new Trilinos preconditioner. Tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33109 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide missing instantiations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33108 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add two.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33107 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33106 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33105 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed GridGenerator::merge_triangulations, Issue 197

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33103 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid Epetra_MultiVector with 0 vectors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33102 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33101 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another testcase that currently fails, see issue 197 (https://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=197).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33100 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Commit bug in Trilinos precondition

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33099 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify FEEvaluation routines considerably by merging all functionality into FEEvaluation. The internal implementation is done in internal::FEEvaluationImpl that provides the same efficient kernels as before, but frees the user from tedious selection of the appropriate kernel for the element in use.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33094 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add grad-div residual

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add debugging function

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33089 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to keep constrained entries also when giving both row and column indices if so requested.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Disable tests for Boost's Cuthill-McKee implementation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Also add tbb specific include directories to the list of user include dirs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve readability of version detection for p4est and Trilinos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tentatively provide fix that chooses thread-safe assembly code path also in other cases with Trilinos version >= 11.9. However, it requires one more fix in Trilinos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed the workaround for TrilinosWrappers::VectorBase::sadd when using different maps for version >=11.9, Issue 191

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

colorize hypercubes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33079 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

I'm proud to pass the 'CMake dunce cap' on to somebody else :->

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Port to version 3.0.0, part 1.

This commit sets the following policies to the old behaviour for CMake
3.0.0 or newer:

 - CMP0026: We query the library target for its name via the LOCATION
   property.

 - CMP0037: We override the 'help' targets in case of the Makefile
   generator. Because we can(tm).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33077 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Require the current version of deal.II.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33076 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve an error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More minor adjustments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33074 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove duplicate coefficient.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33073 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Explain purpose. Build on step-26.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33072 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Start to look over step-52. Adjust step-26 accordingly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33071 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to the documentation in a couple of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Escape a couple of words.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document in more detail what one line does and how to extend it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document in more detail what one line does and how to extend it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33067 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

introduce function to set single components in mask

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33066 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve documentation and add a missing const

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33065 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix some indentation issues.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33064 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use correkt grammr.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33063 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Introduce n_global_active_cells() also in dealii::Triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33062 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33061 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve error message and give some guidance on what to do.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33060 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide information with many of the FEValues* functions about which update_* flag needs to be passed for the function to work. This was a common problem during the workshop.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed bug in delete_duplicated_vertices, which was running only up to dim instead of spacedim when considering distance.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33058 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix missing space.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33056 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Cosmetic fixes wrt CMP0037 in CMake-3.0.0

 - Suppress policy warning CMP0037 when using CMake-3.0.0, or newer
 - restrict target redefinition to ".*Unix Makefiles" Generators
 - Cleanup help messages to advertise "make info" instead of "make help"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33055 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve documentation. Do not output the number of cells any more (only the number of active cells) because it is not often of great interest. Talk about it, though.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify the use of spaces before () in one place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33053 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust the name of the argument to make it clear that it refers to a
quadrature point.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33052 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33051 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix some more broken markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33050 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a broken markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33049 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fill in a missing title.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33048 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Michal Wichrowski: fix the same bug in a second place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33047 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some documentation and clarify an awkwardly explained concept.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33046 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide some more instantiations for the codimension 1 case.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33045 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Michal Wichrowski: Instantiate some functions for codimension 1.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33044 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Triangulation::has_hanging_nodes() and similar in parallel::distributed::Triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Triangulation::has_hanging_nodes() and similar in parallel::distributed::Triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33042 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make somewhat more general

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33041 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement FEEvaluation for FE_Q_DG0 elements

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify TrilinosSparsityPattern::is_compressed(), add test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33039 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify documentation in a number of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add something to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33037 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a function with the documentation it was previously missing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33036 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a useless line, as pointed out by Denis Davydov.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33035 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33034 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

documentation and formatting

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33033 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add access to system element

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33032 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove empty lines in output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33031 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add instantiation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33029 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a note that only pertains to versions that are by now older than a year.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33027 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33026 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug #220: a few typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33025 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify code a bit by moving a function from a public header file into an anonymous namespace in the .cc file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33023 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix documentation in examples related to disable-threads

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33019 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove a note about disable threads that is out of date

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33018 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33017 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Just filter libclang_rt*

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33016 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d