Added preliminary version of step-34. BEM.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18413 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem with the Intel icc 10.1 compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18412 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix initialization of unsigned integers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18410 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unnecessary friend declaration altogether.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18409 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix number of template arguments of a friend class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18408 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix number of template arguments of a friend class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18407 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a stray empty line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18406 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the warning message to the bottom of the output. Improve wording a tiny bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18405 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one instantiation of make_zero_boundary_constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18404 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Complete the implementation of inhomogeneous constraints in the ConstraintMatrix class. Need to write a function in VectorTools in order to enable the direct use with Dirichlet b.c.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18403 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify names of sparsity patterns with dealii:: to leave no doubt which ones
we mean.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18402 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify names of sparsity patterns with dealii:: to leave no doubt which ones
we mean.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18401 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a formula.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18399 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

How stupid of me to check in something that didn't even compile :-(

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18398 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend the number of meeting cells in max_couplings_per_cells for 2d (patch by milk klim <karamazv@rambler.ru>).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18397 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When Trilinos matrices are based on the same sparsity pattern, they can share the SP data if we initialize them correctly. This has been applied to step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18394 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix documentation and make GridRefinement a namespace

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18393 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

replace a lot of ExcInternalError by more meaningful ExcDimensionMismatch

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18392 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

replace links to test data pages by a more persistent link

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18391 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add inhomogeneity to the ConstraintMatrix class. Still need to write some new functions that can properly modify vectors when condensing inhomogeneous constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18390 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

mailing list link

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18389 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new directories

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18388 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

If using Trilinos, link with it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18385 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the dependence on Trilinos into the base libs (from the lac libs) since we reference some Trilinos symbols from libbase.so. (This came to the fore because the detached_ma27 program only links against libbase.so, not liblac.so.)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18384 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust to older compilers in which declaring
  friend class SparsityPatternIterators::const_iterator;
does not automatically also make
  SparsityPatternIterators::const_iterator::Accessor
a friend.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18379 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Refer to member function as
  const_iterator::Accessor::visit_present_row ()
not
  SparsityPattern::const_iterator::Accessor::visit_present_row ()

(This worked because we had
  struct SparsityPattern
  {
      typedef SparsityPatternIterators::const_iterator const_iterator;
  };
).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18378 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List trilinos before blas on the command line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18373 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18372 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use 'entries.back()' instead of '*--entries.end()' which is not only easier to
read but also compiles with the SGI compiler.

Re-indent inline functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18363 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Include <sstream> instead of <ostream> and hope that it provides the right
declarations. The old way failed with the SGI compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18362 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move DEAL_II_NAMESPACE_OPEN to where it belongs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18358 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't let doxygen see some inline functions since it complains that it doesn't know which declaration they belong to.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18354 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

DETAILS_AT_TOP has become obsolete with doxygen 1.5.7

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18353 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update output file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18352 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set variable to correct size before passing to DoFTools::count_dofs_per_component.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18351 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set output array to correct size and only output elements that were actually written to.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18350 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set output array to correct size and only output elements that were actually written to.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18349 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set variable to correct size before passing to DoFTools::count_dofs_per_component.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18348 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one more testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18340 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix erroneous resizing of output argument in count_dofs_per_component/block.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18339 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to tutorial.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18338 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a problem with doxygen not finding the matching declaration of a function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18337 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix language based on feedback.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18336 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add language

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18335 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18334 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more things to make step-32 more similar to step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18323 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Optimized constructor of Trilinos matrices on one processor. This makes assembly and some other initialization operations a bit faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18322 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the compute_viscosity function 'const'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18312 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the compute_viscosity function 'const'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18311 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bring step-32 back in line with step-31 (at least for the moment, so that we can compare more easily): revert to artificial viscosity with beta=0.015, alpha=1; use gravity pointing upward; introduce the factor of 2 in the Stokes matrix that makes the difference between the symmetric gradient and the gradient.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18310 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reset to the same testcase as in step-31 so we can compare.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18308 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A patch by Victor Prosolin <flyaway1212@gmail.com> that fixes an oversight: When we write GMSH version 2 files, we also need to treat vertices properly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18305 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Notice server name change for svn.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18303 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Dummy Trilinos objects need to be generated with MPI_COMM_SELF rather than MPI_COMM_WORLD in order to avoid dead-locks when only using subcommunicators.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18302 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update comments in Trilinos AMG preconditioner.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18300 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix testcase for good this time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18298 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix two issues that for whatever reason only on mac osx wouldn't compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18297 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove apparent leftover from times when I was trying out things with boost.graph.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18283 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

We can do the writing into Trilinos vectors better. Create a reference to daxpy in Lapack templates (not used anywhere right now, but can be nice to have).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18282 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A few small changes that make the program a bit faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18281 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also rename ThreadMutex->Mutex and ThreadCondition->ConditionVariable in non-MT mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18278 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Apply the changes that I accidentally submitted to the old server yesterday. Now the timer class makes sense in MPI, too, and the FEValues::get_function_xxx have a shortcut when the vector contains zeros.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18277 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Address the important problem that previously, whenever the last Threads::Thread<> object went out of scope, the location where a thread would deposit its return value was in deleted memory and thus potentially very bad. We now handle this by making sure that the thread itself keeps a lock on the destruction of the object in which the return_value is located, by keeping another shared_ptr to it, and only releases the lock whenever the return value has been deposited.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18272 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ignore report files I save for various svn revisions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18264 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put back in the code that (de-)registers threads and catches exceptions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18262 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement sensible copy semantics for the Mutex class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18260 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile on systems without cstdint.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18259 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add directories that apparently need to exist on x86_64 even though we don't appear to need them on x86.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18258 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-adjust tolerances again and produce new 'real generic' output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18257 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18256 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a few more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18255 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18251 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-apply Martin's patch 18223, since we now produce the correct instantiations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18248 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generate a number of instantiations automatically using the pre-processor. This should hopefully take care of the instantiations that were missing for Martin's change 18223.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18247 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an explicit instantiation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18246 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also compile for codim-1.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18245 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo Martin's patch 18223 for a moment since it leads to linker errors about an undefined function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18244 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revise the SPARSITY_PATTERN expansion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18243 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generate an expansion variable for sparsity patterns.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18242 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18235 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18234 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18233 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add required include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18232 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace a C assert() by our own Assert().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18231 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement Mutex and ConditionVariable using boost or C++0x support.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18230 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add include files for mutices and condition variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18229 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize a variable to avoid (spurious) warnings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18228 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check for a bug in gcc C++0x support.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18227 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only compile boost threads when threads are actually required.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18226 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update list of publications.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18225 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use CompressedSimpleSparsityPattern to create mass matrix sparsity pattern in project function, which uses less memory.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18223 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18222 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide the boost thread implementation only if the C++ compiler doesn't.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18221 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18220 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18219 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use boost threads instead of doing everything ourselves by hand calling POSIX and what not. Makes our code a lot simpler as well :-)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18218 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check for all those new C++0x header files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18217 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18216 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix HalfHyperShellBoundary in 3d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18215 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure we can use namespace std_cxx0x=std in C++0x mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18210 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d