Move 'using MPI_Comm = int' et al to a separate header.

Most of the time we only need declarations of MPI classes (like MPI_Comm) and
not our own utility functions in headers. To this end, we can just put mpi.h (or
our equivalent stub declarations) in a separate header and use that most of the
time.

Merge pull request #14181 from drwells/refactor-mutex-wrapper

Move Threads::Mutex to a dedicated header.

Most files don't need anything in Threads other than Threads::Mutex so we can
decouple them from TBB et. al. by moving this class to its own header.

Merge pull request #14174 from drwells/refactor-sacado

Get things working with adol-c too

Don't include Sacado.hpp in base/numbers.h.

Sacado.hpp, when preprocessed, is over 200,000 lines. We can get things working
in an equivalent way by using argument dependent lookup instead.

Add some missing headers.

Other changes in this PR necessitate these additions.

Merge pull request #14175 from peterrum/TensorProductMatrixSymmetricSumBase_memory_consumption

Implement TensorProductMatrixSymmetricSumBase::memory_consumption()

Implement TensorProductMatrixSymmetricSumBase::memory_consumption()

Merge pull request #14172 from luzpaz/typos/tests

Fix typos in tests/ subdirectory

Fixed indentation

Fix typos in tests/ subdirectory

Merge pull request #14101 from gfcas/vector_tools_project_1

Vector tools project 1

Clean up of VectorTools::project functions

Merge pull request #14168 from luzpaz/typos

Revert fix in previous commit per request

Fix various typos

Fix typos found in source/, include/, and doc/
Found via `codespell -q 3 -S ./bundled,./doc/news -L ba,commend,nd,pres,ro,rotat,stoer,workd`

Merge pull request #14039 from bangerth/isend-irecv

Merge pull request #14165 from drwells/fix-tutorial-graph

Merge pull request #14150 from luca-heltai/fix-has-hanging-nodes

Fix generation of the tutorial graph.

A new code gallery program has quotes which we need to escape in its tooltip.

Merge pull request #14162 from tamiko/fix_compilation

Fix a typo in deal.II/base/numbers.h

Merge pull request #14161 from drwells/petsc-cleanup-1

Bump the minimum PETSc version number.

Fix a typo in deal.II/base/numbers.h

The refactoring done in b1883d9cbf2dfa8452ebb109d580096453f7e10f
introduced a typo that wasn't spotted by our CI. Fix this.

Remove some old PETSc workarounds.

Require PETSc 3.7.0 or newer.

This is six years old at this point.

Merge pull request #9937 from masterleinad/remove_even_more_deprecation

Remove PETScWrappers deprecations

Merge pull request #14158 from tamiko/remove_find_package_override

CMake: remove find_package override

Merge pull request #14041 from luca-heltai/compute_affine_transformation_codim1

`QSimplex<dim>::compute_affine_transformation()` in co-dimension one and two

Fixed clang-tidy.

Added a fix.

Failing test.

Merge pull request #14157 from tjhei/epic-doxygen

Fix doxygen groups in many places

CMake: use proper FIND_PACKAGE call in python bindings setup

CMake: remove find_package override

more fixes

Merge pull request #14104 from gfcas/mass_operator_doc

AssertThrow for BlockVector usage in MassOperator

Merge pull request #14131 from bergbauer/test_fe_eval_shift

Add test for FEEvaluationShift with FE_Q and FE_DGQ

Merge pull request #14132 from bergbauer/get_affine_constraints

MatrixFree: Implement get_affine_constraints()

Implement get_affine_constraints()

epic doxygen fixes

It turns out that grouping using @{ and @} only works if it is inside a
doxygen comment like /** */ and not inside a normal comment /* */. This
meant that most of our groupings were incorrect.

- fix @{ and @}
- avoid using /*! which is equivalent to /**
- make some formatting prettier

Merge pull request #14152 from tjhei/mf_nans

qualify namspace for MSVC

otherwise MSVC tries to use
numbers::internal from signaling_nan.h

matrix-free FEEvaluation: initialize with nan

Initialize the internal scratch_data of FEEvaluation with signaling_nans
in debug mode.

Add test for FEEvaluationShift with FE_Q and FE_DGQ

Merge pull request #14154 from kronbichler/fix_possible_memory_leaks

FEEvaluation: Fix two places where the address sanitizer complained

Merge pull request #14153 from kronbichler/separate_array

MatrixFree: Use separate data arrays for two separate evaluators

Merge pull request #14143 from jppelteret/iterator_conversion_01

MatrixFree: Use separate data arrays for two separate evaluators

FEEvaluation: Fix two places where the address sanitizer complained

Merge pull request #14123 from tjhei/par-int-out-test

parallel intermediate out: compression levels

Update tutorials to use cell->as_dof_handler_iterator()

Merge pull request #14146 from bangerth/doc

Show a formula.

Merge pull request #14145 from marcfehling/intel-quicktest

Added quicktests to Intel workflow.

Merge pull request #14115 from kronbichler/avoid_some_expensive_loops

MatrixFree DoFInfo: Break out from some expensive loops

Show a formula.

Alternative implementation to convert iterators

Merge pull request #14149 from bangerth/enable-if-all

Declare 'enable_if_all_t' in analogy to std::enable_if_t.

Merge pull request #14089 from a-shahba/explicitInstanForDistribute_cell_to_dof_vector

Added explicit instantiations of DoFTools::distribute_cell_to_dof_vector

Merge pull request #14148 from bangerth/enable-if

Replace std::enable_if by std::enable_if_t throughout.

Merge pull request #14147 from bangerth/typename

Do not use 'typename' where not necessary.

Merge pull request #14114 from kronbichler/dofh_minor_reorganization

DoFHandlerPolicy: Avoid one write access to an array

Declare 'enable_if_all_t' in analogy to std::enable_if_t.

While there, also use it in fe_system.h.

Replace std::enable_if by std::enable_if_t throughout.

Do not use 'typename' where not necessary.

Specifically, we don't need it before 'std::enable_if_t' because we are not
referencing a nested type.

Merge pull request #13990 from NiklasWik/non-affine_piola

Non-affine piola transformation for mf RaviartThomas

Merge pull request #14142 from peterrum/fpe_grad_type

Fix type in FPE

Added quicktests to Intel workflow.

avoid deprecated names

Merge pull request #14144 from bangerth/58

Expand a discussion in step-58.

Merge pull request #14141 from peterrum/GridRefinement_other_tria_fix

p:d:GridRefinement: actually accept other types of triangulations

Merge pull request #14138 from bangerth/shrink

Reduce the volume of communication somewhat.

Merge pull request #14135 from bangerth/assert

Add some assertions about hypercube reference cells.

Merge pull request #14134 from bangerth/reference

Fix a reference.

Merge pull request #14126 from kronbichler/adjust_tolerance

Ensure to look at square of tolerances

Add some functions to convert active cell iterators

Expand a discussion in step-58.

Fix type in FPE

p:d:GridRefinement: actually accept other types of triangulations

Reduce the volume of communication somewhat.

Add some assertions about hypercube reference cells.

Merge pull request #14136 from bangerth/doc

Clarify documentation of p::s::T.

Merge pull request #14137 from bangerth/bits

Merge pull request #14139 from bangerth/increment

Use pre-increment operator.

Use pre-increment operator.

Use only enough bits in an enum as necessary.

Clarify documentation of p::s::T.

Fix a reference.

Merge pull request #14073 from peterrum/pst_communicate_refinement

Communicate refinement flags in p:s:T

Merge pull request #14072 from peterrum/GridRefinement_other_tria

enum class

deprecate VtkFalgs::ZlibCompressionLevel

Merge pull request #14125 from gfcas/doc_bib_entry

Fix reference entry

Merge pull request #13924 from kronbichler/faster_access_to_lines

Merge pull request #14128 from bangerth/range-based

Simplify a function by using range-based for loops.

Communicate refinement flags in p:s:T

Merge pull request #14116 from jh66637/copy_bnd_ids

Introduce copy_boundary_ids in merge_triangulation()

Merge pull request #14099 from peterrum/rpe_cell_data_vector

RPE: allow to evaluate cell-data vector

compute_affine_transformation in codim1 and codim2 case

Fix label fo bibtex entry