examples/step-1: Remove explicit reset_manifold

We have restructured our internal manifold handling and the explicit
call to reset_manifold is not necessary any more. (Indeed the
description why this reset is necessary is now factually wrong.) Let's
not confuse the unsuspecting user and remove this part.

Thanks to Mateusz Marciniak for pointing this out.

Merge pull request #7634 from masterleinad/fix_nvcc_wrapper

Use Trilinos functions and types for preconditioners

Merge pull request #7630 from bangerth/doc-update-87

Document semantics of Triangulation::begin/end_*().

Merge pull request #7487 from davydden/bugfix/pbc_constraints

Sort equality constraints for periodic bc, add two tests for make_periodicity_constraints

Merge pull request #7635 from tamiko/fix_typo

Fix a typo

fix a typo

Merge pull request #7632 from bangerth/private

Make the internals of class Vector 'private:'.

Merge pull request #7589 from masterleinad/improve_hdf5

Improve HDF5 files

Use MueLU::CreateEpetraPreconditioner

Use Teuchos::RCP for Trilinos preconditioner type

Remove a duplicate 'private:' marker and move a function declaration.

Merge pull request #7631 from bangerth/duplicate

Remove a duplicate 'public:' specifier.

Merge pull request #7587 from bangerth/doc-update

Update the documentation of VectorTools::project.

Fix test output

Improve HDF5 files

Make the internals of class Vector 'private:'.

Merge pull request #7537 from marcfehling/cell-data-transfer

Introduced p::d::CellDataTransfer.

Merge pull request #7603 from masterleinad/more_clang-tidy

Enable more clang-tidy checks

Remove a duplicate 'public:' specifier.

Update the documentation of VectorTools::project.

Merge pull request #7620 from drwells/deprecate-VectorSlice

Deprecate VectorSlice.

Document semantics of Triangulation::begin/end_*().

Check consistency for all mpi/periodicity tests

Ensure mpi/periodicity_06 has consistent output

Merge pull request #7626 from tjhei/doxygen_fixes

fix doxygen errors

DofTools: Use a range-based for loop

tests: Fix mpi/periodicity_07 test

add two tests: one pass and another still broken

update bits/periodicity tests due to ordering of equality constraints

make_periodicity_constraints: sort dofs when adding equality constraints

When we add add equality constraints of the form dof2 = c dof1, we now
ensure that dof2 > dof1. This helps to avoid having inconsistent
equality constraints for different MPI processes.
Unfortunately, we can only do this if both, dof2 and dof1 are not
constrained. Otherwise the order is forced.

Merge pull request #7585 from bangerth/exceptions-2

Fix a number of exceptions in Triangulation::begin/end/last_...().

Fix a number of exceptions in Triangulation::begin/end/last_...().

Merge pull request #7625 from tjhei/doxygen_formula_style

Doxygen formula style

Merge pull request #7624 from tjhei/doxygen_formula_errors

fix doxygen formula errors

fix doxygen errors

Merge pull request #7618 from drwells/use-vector-data-fixes

Avoid the old &vec[0] idiom when possible.

doxygen: add missing newcommand for HTML output

latex formulas in doxygen HTML output without mathjax would not work
because of a missing newcommand. This is now fixed.

fix doxygen formula errors

see #7623

Merge pull request #7621 from masterleinad/fix_release_warnings

Fix warnings in Release mode

Fix warnings in Release mode

Merge pull request #7619 from masterleinad/fix_nvcc_wrapper

Fix compiling with nvcc_wrapper as C++ compiler

Deprecate VectorSlice.

ArrayView offers the same functionality but in a more general way.

This PR reimplements VectorSlice as a class inheriting from ArrayView,
which automatically gives us all of the right conversions.

Modify AssertVectorVectorDimension slightly to satisfy nvcc_wrapper

Avoid boost::container::small_vector::emplace_back

Fix a conversion from SymmetricTensor to Tensor

Disable a test when compiling without complex support

Merge pull request #7614 from tamiko/restructure_set_periodicity

DoFTools: restructure set_periodicity_constraints

Replace &vec[0] with vec.data() or vec.get().

This is more explicit and also works correctly when the array is
nullptr.

address comments

Merge pull request #7507 from masterleinad/clang-7-compress-debug-sections

Use debug flags when checking for compress-debug-sections

Disable modernize checks instead of enabling

modernize-use-equals-delete

modernize-use-equals-default

modernize-redundant-void-arg

Use debug flags when checking for compress-debug-sections

Merge pull request #7617 from masterleinad/fix_clang-4-warnings

Fix clang-4 warnings

Fix clang-4 warnings

Merge pull request #7615 from drwells/add-data-ptrs

Add Vector::data and AlignedVector::data.

Merge pull request #7609 from masterleinad/loop-convert_8

Last modernize-loop-convert changes

Merge pull request #7616 from drwells/fix-script-install-path

Fix the installation path for a script.

Fix the installation path for a script.

CMake rightfully complains that

CMake Error at cmake/scripts/CMakeLists.txt:56 (FILE):
  FILE COPY cannot find
  "/home/drwells/Documents/Code/CPP/dealii-dev/cmake/scripts/../contrib/utilities/indent.py".

doesn't exist: the script is in contrib/utilities, not cmake/contrib/utilities.

Add Vector::data and AlignedVector::data.

This improves compatibility with std::vector.

Merge pull request #7613 from drwells/rename-reserved-identifiers

Avoid reserved identifier names in AlignedVector.

DoFTools: restructure set_periodicity_constraints, part III

The last commit in this series fixes up the remainder of the
set_periodicity_constraints function.

Merge pull request #7611 from masterleinad/fix_vectorization_header

Fix more C-Style casts

Merge pull request #7604 from masterleinad/loop-convert_7

Use range-based for loop in base

Merge pull request #7588 from vishalkenchan/indent_clang_format

Add python indentation script that external projects can use.

Merge pull request #7612 from drwells/remove-semicolons-2

Remove some more unnecessary semicolons.

Merge pull request #7608 from masterleinad/fix_complex_petsc

Fix build warnings and errors for complex PETSc

Use range-based for loop in base/data_out_base.cc

Use range-based for loop in include/base

Use range-based for loop in source/base

Fix build warnings and errors for complex PETSc

Merge pull request #7610 from davydden/feature/dsp_iterators_default_constructor

add default constructor for DynamicSparsityPatternIterators::Accessor…

Avoid reserved identifier names in AlignedVector.

Names beginning with underscores are reserved.

DoFTools: restructure set_periodicity_constraints, part II

This commit simplifies a code path to identify "identity constraints". In
preparation for support for complex-valued interpolation matrices, the logic
has been slightly generalized to support arbitrary, nonzero scaling parameters.

This commit does not introduce a functional change.

Remove some more unnecessary semicolons.

DoFTools: restructure set_periodicity_constraints

This commit restructures the function set_periodicity_constraints. Over
the last years (and after fixing about a dozen periodicity related bugs)
this function has gotten out of control. The aim for this restructuring
is to put back some order into the function. This is achieved by:

 - Merging loops and if clauses that were redundant.

 - Minor code cleanup.

 - Switching to a different idiom:

   if(... special case ...)
     {
       // do special case
       continue;
     }

   // next special case

   This saves about 5 (!) levels of indentation and makes the control
   flow significantly more obvious to (a) comment on and (b) understand
   again later.

This commit does not introduce a functional change.

add default constructor for DynamicSparsityPatternIterators::Accessor and DynamicSparsityPatternIterators::Iterator

Fixup vectorization header

Fix include/fe

Fix source/fe

Fix include/lac

Fix source/lac

Fix include/matrix_free

Fix source/matrix_free

Merge pull request #7607 from drwells/vector-operation-constness

Mark some more things as const in Vector internals.

Mark some more things as const in Vector internals.

Add python indentatio script that external projects (using deal.II) can use. Fix pylint complaints. Added Changelog.

Merge pull request #7602 from tjhei/fix-clang-tidy-script

fix clang tidy script

Merge pull request #7598 from masterleinad/loop-convert_6

Use ranged-base for loop in numerics and multigrid

Merge pull request #7593 from drwells/remove-vector-view

Remove VectorView.

Merge pull request #7591 from marcfehling/fix-pre-distributed-refinement

Changed point at which p::d::Tria::pre_distributed_refinement is triggered.

remove muparser setting

do not allow bundled

fix clang tidy script

- fix additional args ($@)
- do not quote ARGS, otherwise it doesn't work

Changed point at which p::d::Tria::pre_distributed_refinement is triggered.

Merge pull request #7601 from masterleinad/use_modenize_use_nullptr

Use modernize-use-nullptr

Use ranged-based for loop in include/multigrid

Use ranged-based for loop in source/multigrid