fix test output

indent

changelog entry

fix colorized hyper_cube_slit

GridGenerator::hyper_cube_slit() was setting the wrong boundary ids when
colorize was set to true.

Merge pull request #3173 from bangerth/updates-to-the-P1NC-element

Update the P1NC element implementation.

Update the P1NC element implementation.

Specifically, this updates the class documentation for language
and clarity. It also tightens up the code in a number of places.

Merge pull request #3182 from bangerth/fix-tests

Correct ParameterHandler test outputs.

Correct test outputs.

On my desktop, I have not installed numdiff yet, and these tests fail because
there are either differences in whitespace, or there is a trailing colon on
a line. Neither seem to bother numdiff, but they bother regular diff. Fix this
by checking in corrected versions of these output files.

Merge pull request #3177 from bangerth/doc-update

Fix formatting of doc text.

Merge pull request #3178 from masterleinad/fix_style

Fixup all the other ':: '

Merge pull request #2753 from masterleinad/martin_extrapolate

FETools::extrapolate rebased

Fix related tests

Hide parallel implementation and use guards for vtk test output

Make sure to receive messages from the correct round

Add dealii comment blob and split extrapolate into an own file

Entry to changes.h

Fix doxygen documentation

guard implementation by check for p4est

Make C++03 conforming

Add tests

Fix implementation

Restructure fe_tools_interpolate.cc

move p4est wrappers

Fix some includes for rebasing

FETools::extrapolate: add forward declaration

FETools::extrapolate: Working on the extrapolate algorithm on distributed parallel grids

Fixup all the other ':: '

Fix formatting of doc text.

Merge pull request #3176 from bangerth/fix-style-issue

Eliminate an unnecessary space.

Eliminate an unnecessary space.

Merge pull request #3172 from bangerth/doc-update

Update the description of ConstraintMatrix::print().

Merge pull request #3155 from Rombur/trapezoid

Add GridGenerator for a general quadrilateral/general hexahedron.

Add GridGenerator for a general cell.

Merge pull request #3170 from kronbichler/documentation_fe_evaluation

Augment documentation

Merge pull request #3174 from JaeryunYim/master

Add a description of the addition of FE_P1NC

Merge pull request #3119 from kronbichler/master

Restrict the complete defect at once to the coarse level.

Merge pull request #3175 from luca-heltai/manifold-fix-2

Fix #3165

Add a description of the addition of the class FE_P1NC.

Fixed bug in SphericalManifold for 3D case.

When R>>1 and C != Point<spacedim>(), SphericalManifold
computed directions by subtracting the center twice.

Merge pull request #3171 from bangerth/reimplement-2d-grid-orientation-fixes

Apply the fixes requested by @tjhei in #3166.

Augment documentation of FEEvaluation

Merge pull request #2851 from JaeryunYim/master

P1 nonconforming finite element on quads : FE_P1NC

Merge pull request #3115 from davydden/feature/fe_enriched

FE_Enriched

Merge pull request #3122 from drwells/parameterhandler-exceptions

Parameterhandler exceptions

Update the description of ConstraintMatrix::print().

Merge pull request #3168 from masterleinad/remove_manifold_warning

Remove warning about hidden function

Apply the fixes requested by @tjhei in #3166.

Merge pull request #3166 from bangerth/reimplement-2d-grid-reorientation

Reimplement 2d grid reorientation

Merge pull request #3169 from kronbichler/fix_trilinos_vector_mpi

Make compile without MPI

Make compile without MPI

Remove warning about hidden function

remove an empty line

Minor edits on the description.

Edit indents.

Edit the functions related with face & subface data.
- Add get_face_data(), get_subface_data()
- Fix fill_fe_face_values(), fill_fe_subface_values()

Edits for the Hessian.

Merge pull request #3167 from bangerth/fix-typo

Fix a typo.

Edit the codes for the tests.
- remove the macros: '#define PRECISION'
- edit spacings

Fix a typo.

Edit indents.

Make the algorithm backward compatible by replicating a previous (harmless) bug.

Reimplement the 2d implementation of edge orientation.

The old implementation, written in 2003 by Mike Anderson, is quite concise
and of high quality. But it is not extensively documented, and is
unnecessarily hard to read because it uses different conventions for names
etc than we use in the rest of the library.

This reimplementation uses standard conventions, and it uses the language and
symbols of a paper about to be submitted that concisely describes the algorithms
and data structures used in this algorithm. As an additional benefit,
it uses the standard vertex ordering of cells rather than the
old-style ordering used in the existing algorithm.

Following the algorithm without understanding the graph theoretical context
of the problem may be difficult, but because it uses the same symbols as in
the paper, should be easy enough if you have the paper.

Remove the spaces before semicolons.

Edits.

- remove FE_P1NC::get_nonzero_component().
- declare class InternalData.
- compute Hessians in get_data().

Make read_input print error messages again.

This commit partially restores the old behavior of read_input: this
function now prints out the exception message and returns
false. Previously this function printed all parsing error messages.

Some tests expected (see 79e0a380fb) read_input to raise a specific
exception message: those were fixed by calling parse_input instead.

Remove the parts for a graphical issue already resolved.

Use parse_input, not read_input, in tutorials.

read_input is now deprecated in favor of parse_input, which raises
exceptions.

Mention ParameterHandler exceptions in changes.h.

The last few commits change the behavior in an incompatible way by
raising exceptions on invalid input instead of using a return code.

Clarify error handling with PathSearch/read_input.

This commit keeps the same control flow if one tries to use this
function to write out default values to a file but gets rid of the
std::cerr messages (like the recent changes to read_input).

Use exceptions in ParameterHandler::read_input.

Use exceptions when reading XML parameter files.

Fix two XML files.

Fix tests to not use absolute paths.

Use exceptions in ParameterHandler::scan_line.

This commit overhauls the private function ParameterHandler::scan_line
to no longer use a boolean error code to mark failure; instead the
function will raise one of four new exceptions to precisely indicate
what went wrong.

This change broke a large number of ParameterHandler tests that handled
parsing failures: I modified those to print the exception messages to
deallog.

add FE_Enriched finite element

Merge pull request #3163 from bangerth/parallelize-compute_number_cache-3

In compute_number_cache(), only compute n_levels if necessary.

In compute_number_cache(), only compute n_levels if necessary.

Also, only populate the number_cache.n_(lines|quads|hexes)_level arrays if they are
actually used.

Merge pull request #3162 from bangerth/parallelize-compute_number_cache-2

Merge two loops in a number of related places.

Add changelog

Work on comments. Fix and test W and F cycles.

Restrict the complete defect at once to the coarse level.

Merge two loops in a number of related places.

Merge pull request #3161 from bangerth/doc-update-47

Convert a comment from old-style vertex numbering to the way we currently do it.

Merge pull request #3159 from bangerth/parallelize-compute_number_cache

Parallelize the operation of compute_number_cache().

Convert a comment from old-style vertex numbering to the way we currently do it.

The comment dates back to a time when we numbered vertices in quadrilaterals in counter-clockwise
sense. Fix this. While there, also re-wrap the comments.

Number continuation lines with their first line.

Since a continuation line in a parameter file consists of several lines
concatenated by trailing '\'s, use the first line number when printing
error messages to make things a bit clearer.

Change: get_linear_shape -> get_linear_shape_coefficients.

Add changelog entry.

Edit comments for the description.

Merge pull request #3148 from luca-heltai/fix-spherical-manifold

Implemented Praveen fix.

Merge pull request #3158 from bangerth/cleanup-changelog

Re-sort the changelog.

Parallelize the operation of compute_number_cache().

For these functions, the 3d version calls the 2d version which itself calls the
1d version. These operations can all run concurrently. All three include two
loops each over all cells/quads/lines, so there should be plenty to do to
amortize parallel execution.

The only tricky part is that the quad and hex functions accessed a variable
that was first set by the 1d function (number_cache.n_lines). This may now
no longer be available in time for the 2d/3d functions, and so they
need to compute this information themselves. This is cheap, fortunately.

Merge pull request #3157 from bangerth/doc-update-46

Update some comments for Triangulation::compute_number_cache().

Move some changes from 'general changes' to 'specific improvements'.

Move some changes from 'incompatible changes' to 'specific improvements'.

Clarify comments for compute_number_cache().

Reindent comments.

Merge pull request #3156 from bangerth/fix-typo

Fix a typo.

Fix a typo.

Merge pull request #3152 from bangerth/doc-update-77

Use latex formulas to describe tensor invariants.