Merge pull request #13867 from zjiaqi2018/large-count-mpi-io

LargeCount MPI_write/read_at

Merge pull request #13846 from marcfehling/occ-76

Restore compatibility with OpenCASCADE >= 7.6.0

Merge pull request #13835 from bergbauer/NonMatching_MappingInfo

Implement class NonMatching::MappingInfo

LargeCount MPI_write/read_at

Merge pull request #13894 from bangerth/unicode

Merge pull request #13892 from zjiaqi2018/fix-step-81-warnings

Fix step-81 complex number warnings

Avoid unicode and correct 10-5 -> 10^-5.

Merge pull request #13883 from kronbichler/documentation

Remove another inclusion of hanging_nodes_internal.h. Documentation.

Merge pull request #13893 from drwells/fix-arkode-3-and-4

Fix arkode 3 and 4

address comments

Implement class NonMatching::MappingInfo

Merge pull request #13897 from kronbichler/compile_warning

Merge pull request #13457 from peterrum/distribute_local_to_global_by_interpolation

Allow to average values in parallel::distributed::SolutionTransfer

Avoid warning regarding unused variable

Fix compile warning in step-50

Merge pull request #13888 from bangerth/std

Qualify int*_t and uint*_t with std::.

Use static_assert to ensure correct type

Remove another inclusion of hanging_nodes_internal.h. Documentation.

Merge pull request #13896 from drwells/fix-cgal

Fix compilation with CGAL.

Fix compilation with CGAL.

Merge pull request #13885 from drwells/fix-lc-mpi-clobbering

Fix a problem with combining MPI::LargeCount and PETSc.

Merge pull request #13850 from tjhei/wrapcomments-update

wrapcomments.py update

Merge pull request #13879 from tjhei/add_large_vtu_test

add large vtu test

Merge pull request #13887 from tjhei/simplex-dox-relates

doxygen: don't use @ingroup simplex

Merge pull request #13872 from kronbichler/reduce_cost_hanging_nodes

Fix the ARKODE 4 test.

Fix ARKODE 3 test.

This works with both 5.4 and 6.2 now.

fix step-81 warnings

Merge pull request #13753 from luca-heltai/cgal-variadic_criteria

Variadic template parameter for CGAL Mesh criteria

Merge pull request #13886 from tjhei/dox_fix

Merge pull request #13880 from tjhei/fix_parallel_vtu_footer

Qualify int*_t and uint*_t with std::.

Fix a problem with combining MPI::LargeCount and PETSc.

PETSc, in petsclog.h, implements logging by redefining all MPI functions as
macros, e.g.,

    #define MPI_Send_c(buf,count,datatype,dest,tag,comm) \
    ((petsc_send_ct++,0) || PetscMPITypeSize((count),(datatype),(&petsc_send_len)) || MPI_Send_c((buf),(count),(datatype),(dest),(tag),(comm)))

This only works when all MPI declarations are made before these macro
definitions. Hence this library won't work with PETSc unless we include headers
in the right order.

Work around this by removing the MPI_ prefix from these function definitions.
Since we put these functions in our own namespace there is no need for them to
have the same names as the normal MPI functions.

Merge pull request #13884 from kronbichler/simplify_access_to_map

Use map::find rather than insert to avoid creating temporary

doxygen: don't use @ingroup simplex

fixes #13509

Merge pull request #13793 from drwells/sundials-version

Require SUNDIALS 5.4 or later.

fix doxygen comment

wrapcomments.py update

- stop it from actually wrapping comments
- add documentation
- remove unnecessary \

rename test output

add comment

Use map::find rather than insert to avoid creating temporary

MatrixFree: Do not construct hanging nodes structure for non-adapted meshes

Merge pull request #13875 from tjhei/vtu-large-error

vtu zlib: assert max size

Merge pull request #13874 from kronbichler/fix_test_communicate_mg_ghost_cells

Merge pull request #13878 from kronbichler/runtime_mf_rt

fix parallel .vtu missing footer

add large vtu test

A a test that writes a .vtu file with parallel IO that is larger than
4GB.

Merge pull request #13869 from kronbichler/speed_up_n_active_entries_per_batch

Speed up the function MatrixFree::n_active_entries_per_cell_batch

Merge pull request #13864 from kronbichler/fix_complex_mf

Reduce run time of matrix-free RT tests

Merge pull request #13876 from tjhei/update_large_tests

update large IO test output

Merge pull request #13807 from luca-heltai/cgal-compute_quadrature_over_region

Compute Quadrature formula over a general poly

Compare with interpolate() in test

Changelog

New test case by Pascal Kraft

Make VectorTools::project compile with complex numbers

update large IO test output

vtu zlib: assert max size

We only support VTU output where each compressed section (on a single
MPI rank) is less than 4GB. This is a reasonable limit, but we should
assert this instead of writing corrupted data.

Merge pull request #13871 from kronbichler/remove_header_inclusion

Merge pull request #13870 from kronbichler/avoid_deprecated_interface

Allow to call communicate_mg_ghost_cells in 1D

Compute Quadrature formula over a general poly

Speed up the function MatrixFree::n_active_entries_per_cell_batch

Remove inclusion of unneeded header

MatrixFree: Avoid use of deprecated n_components_filled

Merge pull request #13865 from gassmoeller/prevent_endless_loop

Prevent endless particle loop during refinement

Merge pull request #13856 from dealii/dependabot/github_actions/actions/checkout-3

Bump actions/checkout from 2 to 3

Merge pull request #13863 from pengfej/fixing_grammar_mistakes_in_comments

Fixing grammar mistakes in comments

Merge pull request #13854 from bangerth/empty

Optimize Utilities::pack/unpack for empty objects.

Merge pull request #13862 from bangerth/typo

Fix a grammar mistake.

Prevent endless particle loop during refinement

Fixing grammer errors

Fixing grammer errors

Merge pull request #13861 from bangerth/assert

Add a missing assertion in the XDMF writer.

Merge pull request #13816 from kronbichler/simplify_renumber_dofs

Use GridTools::exchange_cell_data_on_ghosts for DoF renumbering

Merge pull request #13860 from bangerth/mv

Properly tag an output file.

Merge pull request #13858 from kronbichler/fix_bug_global_coarsening

Fix bug for global coarsening: Must allow invalid proc id

Fix a grammar mistake.

Modernize code.

Add a missing assertion in the XDMF writer.

Properly tag an output file.

Document what it means for a type to be trivially copyable.

Switch the answer-less CA algorithms to the empty type.

Document the special casing in the pack()/unpack().

Optimize Utilities::pack/unpack for empty objects.

Fix bug for global coarsening: Must allow invalid proc id

Use GridTools::exchange_cell_data_on_ghosts for DoF renumbering

Merge pull request #13847 from simonsticko/add_missing_changelogs

Add a changelog for the new CutFEM functionality in NonMatching.

Merge pull request #13852 from tjhei/changelogs

missing changelog entries

Add a changelog for the new CutFEM functionality in NonMatching.

Merge pull request #13673 from pengfej/myowndealii

Upgrade write_vtu_in_parallel based on mpi large IO update

Merge pull request #13851 from pengfej/updating_read_write_at_functions

Use LargeCount MPI_write_at and MPI_read_at functions

Merge pull request #13849 from tjhei/doxygen-format-2

doxygen comments: @ref fixes

Merge pull request #13855 from tamiko/step_81_mention-authors

Step-81: add authors to intro.dox

Bump actions/checkout from 2 to 3

Bumps [actions/checkout](https://github.com/actions/checkout) from 2 to 3.
- [Release notes](https://github.com/actions/checkout/releases)
- [Changelog](https://github.com/actions/checkout/blob/main/CHANGELOG.md)
- [Commits](https://github.com/actions/checkout/compare/v2...v3)

---
updated-dependencies:
- dependency-name: actions/checkout
  dependency-type: direct:production
  update-type: version-update:semver-major
...

Signed-off-by: dependabot[bot] <support@github.com>

Step-81: add authors to intro.dox

Updating write at and read at functions.

forgot to include the big mpi file

removing empty line

missing changelog entries

doxygen comments: @ref fixes

A few more @ref fixes missed in #13836

Restore compatibility with OpenCASCADE >= 7.6.0

Merge pull request #13845 from marcfehling/occ-gte

Introduce DEAL_II_OPENCASCADE_VERSION_GTE