Fix a bug when using mmult in parallel for Trilinos matrices

Add requirement for EpetraExt when using Trilinos

Merge pull request #7089 from drwells/add-Table-iterators

Add table iterators

Add matrix iterators to Table (and FullMatrix).

This generalizes the work done in b4b71dc9f60 by adding more template parameters
to the iterator and accessor classes for TransposeTable: the new version is now
used in Table (and thus FullMatrix).

The old FullMatrix::const_iterator has been completely removed (since the new
version provides both const and non-const iterators).

Merge pull request #7097 from bangerth/conditional

Use std::conditional instead of a switch class.

Use std::conditional instead of a switch class.

Merge pull request #7094 from masterleinad/cudawrappers_sparse_matrix_unique

Use unique_ptr in CUDAWrappers::SparseMatrix

Merge pull request #7096 from davydden/feature/asserts_mpi_partitioner

add asserts and comments in MPI::Partitioner

simplify the zero fix

add a note why we have zeros in first_index

add asserts and comments in MPI::Partitioner

Merge pull request #7081 from drwells/affineconstraints-modernization

AffineConstraints modernization

Merge pull request #7090 from AlexanderBlank/add_parameter_handler_get_with_path

ParameterHandler get from subsection

Merge pull request #7087 from bangerth/doc-update

Add some discussion about extractors.

Add some discussion about extractors.

Rename functions allocating and deleting

Merge pull request #7042 from masterleinad/serial_periodic_refinement

Consider periodic neighbors during grid refinement in serial

Use unique_ptr in CUDAWrappers::SparseMatrix

Merge pull request #7082 from masterleinad/improve_cudawrappers_smartmatrix

Some improvements for CUDAWrappers::SparseMatrix

Simplify some logic in Triangulation::prepare_coarsening_and_refinement

Added overloads for ParameterHandler getters to accept a subsection path so that data from a subsection below the current one can be retrieved while keeping the ParameterHandler const. Also added tests and documentation of this feature., minor text changes.

Merge pull request #7072 from masterleinad/fix_cuda_wrappers_copy_assignment

Fix CUDAWrappers::Vector copy assignment

Use line_n for line number in AffineConstraints.

'line' is presently used for both ConstraintLine objects and the index
of ConstraintLine objects: this commit makes things clearer by always
refering to the index as 'line_n'.

Convert an internal function into a lambda.

Merge pull request #6863 from drwells/add-cylinder-grid

Add a grid for the flow past a cylinder benchmark.

Merge pull request #7086 from masterleinad/replace_fixed_int_power

Replace Utilities::fixed_int_power by Utilities::pow

Add tests

Update a comment about which FEValues extractors are available.

Changelog entry

Add a move assignment operator for CUDAWrappers::SparseMatrix

Implement CUDAWrappers::SparseMatrix::print*

Merge pull request #7083 from masterleinad/cuda_assert_nothrow

AssertNothrowCUDA and AssertNothrowCusparse

Replace Utilities::fixed_int_power by Utilities::pow

Merge pull request #7085 from kronbichler/avoid_deprecated_pow

Avoid deprecated fixed_int_power

Avoid deprecated fixed_int_power

Merge pull request #7078 from drwells/fix-sign-warnings

Fix some sign comparison warnings.

Merge pull request #7032 from kronbichler/matrix_free_interleaved_dof_storage

Add interleaved dof storage for DG to MatrixFree

Remove extra table.h inclusions.

Changelog entry

Use AssertNothrowCuda

Add Nothrow variants to CUDA and CUSPARSE assert

Change CUDAWrappers::size_type to int

Merge pull request #7079 from drwells/duplicated-branch-warnings

Fix some duplicated branch warnings.

Merge pull request #7080 from drwells/mapping-manifold-initlog

Ensure initlog() is used in tests/manifold and tests/mappings.

Convert some loops in AffineConstraints to range-for loops.

Use references instead of pointers.

There is no null pointer check later on, so its a bit cleaner to just check
indices and then get a reference.

Ensure initlog() is used in tests/manifold and tests/mappings.

Fix some duplicated branch warnings.

Fix some sign comparison warnings.

Use Utilities::CUDA functions and use variable names consistently

Add documentation.

Merge pull request #7063 from masterleinad/avoid_exception_slicing

Avoid slicing when throwing in Assert

Merge pull request #7076 from bangerth/glossary

Reference the 'coarse mesh' glossary entry.

Merge pull request #7073 from bangerth/trilinos

Fix links to the trilinos website.

Reference the 'coarse mesh' glossary entry.

Fix links to pages that no longer exist.

Also use valid HTML.

Move global deal_II_exceptions variables into the internals namespace

Merge pull request #7070 from bangerth/muparser

Document a problem with the FunctionParser class.

Merge pull request #7062 from bangerth/glossary

Add a glossary entry for the term 'coarse mesh'.

Fix links to the trilinos website.

Add a glossary entry for the term 'coarse mesh'.

Merge pull request #7068 from masterleinad/introduce_compiler_cuda_aware

Fix CUDAWrappers group documentation

Merge pull request #7061 from marcfehling/vardata-soltrans

Enable 'hp::DofHandler' for 'p::d::SolutionTransfer'.

Make some cudaError_t variables const

Merge pull request #6984 from davydden/feature/storage

add a FiniteSizeHistory class to store objects

Changelog entry

Add GMRES test for CUDAWrappers::Vector

Use unique_ptr for storing the pointer to device memory

Add test for CUDAWrappers::Vector::print

Document a problem with the FunctionParser class.

Enable 'hp::DofHandler' for 'p::d::SolutionTransfer'.

Merge pull request #7069 from masterleinad/fix_cuda_wrapper_vector_print

Fix wrong symbol in CUDAWrappers::Vector::print()

Fix wrong symbol in CUDAWrappers::Vector::print()

Add more function and classes to the CUDAWrappers group

Mark functions usable in CUDA kernels differently

Introduce DEAL_II_COMPILER_CUDA_AWARE

Merge pull request #7066 from masterleinad/unused_variable_mesh_loop

Avoid warning regarding unused variable in MeshLoop

Merge pull request #7065 from masterleinad/restrict_fe_enriched_color

Restrict a bunch of tests to only run if all requirements are fulfilled

Merge pull request #7050 from alexrobomind/mgcd_init_fix

Fix for MGConstrainedDoFs behavior in presence of refinement edges across periodic boundary conditions

Avoid warning regarding unused variable in MeshLoop

Merge pull request #7064 from bangerth/brace-initializers-2

Simplify the initialization of a variety of objects.

Merge pull request #7059 from dangars/template_instantations_doc

Fix documentation of template instantiations

Document Sacado as optional dependency

Restrict a bunch of tests to only run if all requirements are fulfilled

Fix path in the documentation

Restrict fe_enriched_color_07 to only run with PETSc support and real scalar type

Simplify the initialization of a variety of objects.

Avoid slicing when throwing in Assert

Modified MGConstrainedDofs to not crash across periodic boundary refinement edge, added test

Fixed incorrect generation of interface DoFs

Indentation fix

Modified to use extract_inner_interface_dofs instead of a new function

Removed MGTools::extract_inner_or_periodic_interface_dofs from source file

make indent

Re-added removed line (keeps diff smaller)

Addressed first part of requested changes

Addressed a few more change requests

More changes addressed

Renamed in tests/multigrid dof_06.* constrained_dofs_05.*

Added changelog entry

Updated MgTools::extract_non_interface_dofs

make indent

Merge pull request #7060 from bangerth/brace-initializers

Use brace initializers for default arguments.

Add a link to channel_with_cylinder in the TFI documentation.

Add a GridGenerator function for flow past a cylinder.

Refactor the minimal vertex distance in GridGenerator.

This is useful in a few other GridGenerator functions.

Merge pull request #7051 from masterleinad/deprecate_mgtools_extract_non_interface_dofs

Deprecate MGTools::extract_non_interface_dofs

Merge pull request #7057 from Rombur/cuda_misc

CUDA preprocessor guard

Merge pull request #7049 from drwells/add-manifold-extrusion

Add manifold extrusion

Indent correctly.

Use brace initializers for default arguments.

Fix documentation of template instantiations

The instantiations for long double and std::complex<long double> were removed in commit 352537aca

This fixes the documentation

Merge pull request #7058 from dangars/fix_bug_active_fe_transfer

Fix bug in template instantiations of active_fe_indices_transfer.cc