Deal with some outstanding documentation issues (missing classes in doxygen documentation).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@28022 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove now obsolete code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@28021 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace SparseMatrix::global_entry by iterators.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@28020 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove cmp files that are out of date

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@28014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

optionally allow running the testsuite with numdiff

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@28013 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put the attribute on the RefinementListener class rather than all the
member functions. This has the advantage that we can cleanly compile
the library.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@28012 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update a couple comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@28011 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a deprecated function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@28010 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid use of deprecated function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@28009 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve a few comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@28005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove generated file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@28002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a misplaced curly bracket.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@28001 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Distinguish between Generalized and Jacobi Davidson solvers. Keep backward comparibility for deal.II 7.3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@28000 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

mention new FE_Q_DG0 finite element in changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove currently unsupported tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27998 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27997 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem where we needed to call compress() in ConstraintMatrix::condense.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27996 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add space after = in test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27995 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace x_to_the_dim by Utilities::fixed_power

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27993 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

workaround for warning 'deleting object of polymorphic class type boost::error_info<...> which has non-virtual destructor'

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27992 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set file properties properly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27991 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide standard file header.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27990 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clean up code slightly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27989 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Two more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27987 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a better way to identify the end of a row.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27986 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify a statement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27985 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid more uses of a deprecated function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27984 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace calls to deprecated functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27983 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace two untested and undocumented functions by a call to MatrixTools::apply_boundary_values.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27982 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mark two functions as deprecated.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27981 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undeprecate a couple of functions that aren't by themselves evil, just slow or lead to big memory consumption. There are good reasons to use them in some places, though. Add a few notes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27980 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove the last two uses of a deprecated function from this file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27979 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the other places with pow(...) as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27978 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mark a couple of variables as const.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27977 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a compiler error with gcc 4.1.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27976 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify function. The shortcut doesn't reliably work because it assumes that
neither of the two iterators is past-the-end. If we were to check this in the
shortcut, then this would negate the benefits of the shortcut to begin with.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27975 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

reintegrate branch branch_feqdg0

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27974 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another baby step towards getting rid of global_entry().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27973 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First step towards getting rid of the last occurrence of SparseMatrix::global_value.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27972 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finally fix that bugger of a bug...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27971 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test, to figure out what's going on in matrix_tools.cc these days...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27970 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix code in a couple of places to avoid an assertion. There is another
problem somewhere, though.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27969 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only clean up memory if PETSc hasn't done that itself yet.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27968 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27967 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finally make compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27965 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid one more call to deprecated function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27962 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix implementation of SparseMatrix::iterator::operator- for the general case. Add a test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27961 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Try to avoid using something gcc 4.1.2 doesn't appear to understand.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27960 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid use of deprecated function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27959 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename an argument to a function to make its intent clearer.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27958 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix another case where a conversion to non-deprecated functions went wrong.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27957 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid use of SparseMatrix::global_entry in one more place. Many more to come.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27956 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a bunch of functions to the iterator class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27955 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a few stray semicolons.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27954 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an incorrect conversion to avoid a deprecated function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27953 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid use of deprecated function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27952 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More avoidance of deprecated things.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27951 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid use of deprecated numbers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27950 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an assertion that was incorrectly changed when converting deprecated
function calls.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27949 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Discuss deprecation notices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27945 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rewrite entry in a bit more detail.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27943 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge the changes made to the sources on the branch_deprecated branch. This introduces a lot of places where we get warnings right now. In an ideal world, these would have been fixed on the branch. However, and unfortunately, the branch_deprecated is off branch_cmake, neither of which can currently be tested on the regression tester machine. Consequently, it is difficult to do incremental changes on the branch because one doesn't get to see the effects of these changes in the tests. It may just be a way to get the warnings fixed sooner, rather than later.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27942 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Apply forgotten patch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27941 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove now redundant include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27940 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust after merge.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27939 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27936 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove branch marker again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27933 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid deprecated types and variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27932 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend Utilities::int_to_string to up to 10 digits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27931 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update Makefile for step-50 to disable compilation if Trilinos or p4est is missing

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27926 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

leave todo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27923 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove references to mg_dof_accessor.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27922 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

mark mg_dof_accessor.h deprecated and remove it everywhere

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27921 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Force reconfigure also when template arguments or dealii templates change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Delete MGDoFHandler from matrix free class. These features are now present in DoFHandler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27919 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Silence warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27918 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ensure compilation without p4est.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27917 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compilation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27916 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update changes.h: MGDoFHandler is deprecated

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27913 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

reintegrate branch merge_mg_into_dof_handler

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27912 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update link to the new changelogs (websvn).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27906 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add trilinos 11.0.3 as supported

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27905 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update link to the new changelogs (websvn).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27904 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unnecessary line.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27899 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Fahad Alrashed: Add a possibly different PETSc Viewer object to PETScWrappers::MatrixBase::write_ascii().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27898 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Fahad Alrashed: Overload PETScWrappers::MPI::Vector::print to make sure the right thing happens in parallel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27897 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Fahad Alrashed: Add PETScWrappers::VectorBase::write_ascii.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27896 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27877 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a few out-of-bound array accesses. Refill some comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27865 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix iterator types.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27864 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The std::map that stored pointers to Jacobians could lead to a situation where the pointers became invalid. Store the actual data in the map now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27862 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Two more MPI_Allreduce commands that should not be called when using a single processor.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27861 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27860 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid calls to MPI_Allreduce for vectors where only one processor participates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27859 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid compiler warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27858 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Hm, that doesn't work. Try std::fpclassify instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix another one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27856 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27855 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid an ambiguity between ::fpclassify and std::fpclassify with recent Intel compilers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27854 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an issue with the Intel compiler (reported by Ted Kord).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27853 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d