Merge pull request #588 from bangerth/unique_ptr

Add a workaround class for std::unique_ptr that can also be used in the ...

Merge pull request #590 from kronbichler/master

Comment on the behavior of FE_TraceQ as compared to FE_Q.

Merge pull request #589 from mfherbst/master

Use AlignedVector::size_type in TableBase::position

Comment on the behavior of FE_TraceQ as compared to FE_Q.

Merge remote-tracking branch 'upstream/master'

Use AlignedVector::size_type in TableBase::position

Use AlignedVector<T>::size_type as the integer type to carry out the
calculation of the position of the element indicated by the
TableIndices<N> object.

This has the advantage that a potential integer overflow for Tables
with sizes less than max long int in each dimension, but with more than
max long int entries is prevented.

Merge pull request #585 from kronbichler/master

Enable make_hanging_node_constraints with FE_TraceQ.

Add test case for static condensation with FE_TraceQ.

Enable make_hanging_node_constraints with FE_TraceQ.

Patch by Anton Evgrafov.

Add a workaround class for std::unique_ptr that can also be used in the non-C++11 context.

Merge pull request #581 from bangerth/doc-update-8

Better document FESystem.

Merge pull request #587 from bangerth/add-value_type-for-IndexSet

Add a local typedef IndexSet::value_type.

Fix typo.

Add a local typedef IndexSet::value_type.

Merge pull request #584 from drwells/add-data-filter-to-hdf5-test

Add data filter to hdf5 test

Merge pull request #586 from tjhei/doc_updates

documentation updates

improve TrilinosWrappers::PreconditionILU documentation

document SparsityPattern::bandwidth

Improved the style.
I ran astyle (deleted trailing whitespace) and removed some
commented-out code.

Removed deprecated call to `write_hdf5_parallel`.
This function has been superceded by one with the same name that
requires an additional parameter.

Use correct doxygen tag for video lectures.

Add a testcase.

Figure out and document a way to call the FESystem constructor with multiple base elements.

This is non-trivial in C++ before C++11 and in particular if one wants to
avoid memory leaks.

Reference video lectures.

Update a few comments.

Merge pull request #520 from Rombur/threads_init

Add set_thread_limit in step-9.

Add set_thread_limit in step-9.

Merge pull request #580 from bangerth/step-7-update

Update the documentation of step-7.

In particular, name the Method of Manufactured Solutions in the documentation.

Update the documentation of step-7.

In particular, name the Method of Manufactured Solutions in the documentation.

Merge pull request #575 from kronbichler/master

Improve documentation of VectorMemory in Solver

Merge pull request #578 from tamiko/fix_bundled_umfpack

CMake: Bugfix: Also install bundled Umfpack headers

CMake: Bugfix: Also install bundled Umfpack headers

With "sparse_direct.h" directly including "umfpack.h" we also have to make
sure to install the bundled header files...

Merge pull request #577 from tjhei/mpi_file_fixes

fix status parameter in MPI_File_write

fix status parameter in MPI_File_write

Reported by Thomas Geenen. Setting the MPI_Status* parameter to NULL is
not correct and fails with intel MPI. The correct argument to pass is
MPI_STATUS_IGNORE.

Improve documentation

Merge pull request #574 from bangerth/doc-update-7

Improve error messages.

Improve error messages.

Using bare exceptions without any explanatory text in so many places was a bad idea right from the beginning, though nobody seems to have noticed for a long time. This replaces a bare exception with an ExcMessage in a couple of places.

Merge pull request #572 from kronbichler/cleanup_mapping

Remove a few 1D specializations for mapping.

Remove a few 1D specializations for mapping.

The old implementation of MappingQEulerian only moved the vertices
in 1D, not interior points for higher order mappings. While it might
be debatable how useful non-linear mappings are in 1D, this was not
documented and lead to surprising behavior. By making the class more
general we can actually make our code base simpler because we can remove
a few template specialization and use the same code as in higher
dimensions.

Merge pull request #566 from kronbichler/fix_vector_memory

Put implementation (Growing)VectorMemory into .templates.h file

Merge pull request #571 from kronbichler/tensor_vs_point_fix

More Point vs Tensor fixes

More Point vs Tensor fixes

Put implementation (Growing)VectorMemory into .templates.h file

This enables users to provide instantiations of the class for non-deal.II
vector types and their use in Solver classes.

Reported by Karl Ljungkvist.

Merge pull request #568 from bangerth/further-tensor-fixes

More Point vs Tensor fixes.

Merge pull request #567 from tamiko/export_umfpack_include_dir

CMake: Bugfix: Also export suitesparse include directories in project config

More Point vs Tensor fixes.

CMake: Bugfix: Also export suitesparse include directories in project config

With 053bb82 a direct include of "umfpack.h" was introduced in
"sparse_direct.h" which makes it necessary for the user to have the umfpack
include directory location available

Closes #564

Merge pull request #565 from bangerth/more-tensor-fixes

More changes hoping to make the compiler happy with OpenCascade interfaces again

More changes hoping to make the compiler happy with OpenCascade interfaces again.

Merge pull request #562 from bangerth/tensor-fixes

Tensor fixes

Further fixes to accommodate new Point vs Tensor distinction.

Merge pull request #563 from bangerth/doc-updates-5

Doc updates for build_patches().

Doc updates for build_patches().

Remove a partial specialization that creates trouble due to ambiguity
and that looks wrong anyway.

Hopefully fix a few build regressions with opencascade (can't test here
since no opencascade installation locally available).

Merge pull request #560 from tjhei/multithread_deprecation

more multithread_info fixes

- initialize static members correctly when THREADS=OFF
- update documentation
- do not use deprecated multithread_info instance
- use n_cores() instead of n_cpus

fix multithread_info when THREADS=OFF

static members have to be initialized even if deal.II is configured
without multithreading.

more multithread_info deprecation fixes

Merge pull request #559 from guidokanschat/fix_multithreading_issues

Fix issues with multithreading off and remove deprecated usage

Fix issues with multithreading off

Merge pull request #558 from bangerth/update-product-type

Provide specializations for ProductType<T,T>. Add a test.

Provide specializations for ProductType<T,T>. Add a test.

Merge pull request #555 from bangerth/doc-fixes-12

Fix a number of doxygen issues.

Merge pull request #556 from bangerth/remove-deprecated-functions-13

Remove deprecated functions from SparseMIC and SparseLUDecomposition

Merge pull request #552 from bangerth/update-point

Rename template args of Point and Tensor

Update documentation in Point and Tensor.

In particular, document the intent of the various template arguments.

Remove deprecated functions from SparseLUDecomposition.

We can't have two @ingroup statements for one function, apparently.

Turns out that we cannot have @brief or @file commands used in a way that would document the current file. Make it a regular comment instead.

Refer to the proper parameter.

Wrap text where appropriate.

Reference a member the proper way.

Avoid referencing things doxygen doesn't know about.

Avoid a template argument to make doxygen happy.

Use only one of @file and @brief to make doxygen happy.

Fix up a dollar sign that otherwise trips up doxygen.

Remove deprecated function SparseMIC::reinit().

Merge pull request #550 from bangerth/doc-update-6

Minor doc update.

Minor doc update.

Merge pull request #549 from bangerth/update-info-for-set_thread_limit

Update a few comments that relate to set_thread_limit().

Update a few comments that relate to set_thread_limit().

Merge pull request #547 from bangerth/add-changelog-entry-2

Add a changelog entry for a patch from yesterday.

Add an entry for a recent patch.

Merge pull request #528 from bangerth/remove-deprecated-11

Remove deprecated functions SparsityPattern::get_rowstart_indices and SparsityPattern::get_column_numbers.

Merge pull request #543 from bangerth/add-test-3

Add a test for int*Tensor<1, double>

Merge pull request #524 from tjhei/multithreadinfo_instance

Do not allow instantiation of MultithreadInfo

Remove deprecated functions SparsityPattern::get_rowstart_indices and SparsityPattern::get_column_numbers.

These functions have also been deprecated for more than a decade as they leak the storage format of SparsityPattern to the outside.

Rename to follow usual naming conventions.

Add another test only for symmetric tensors.

Add a test.

Merge pull request #548 from bangerth/fix-typo-2

Fix a wrong reference: it should be super-, not semiconductors.

Fix a wrong reference: it should be super-, not semiconductors.

This was pointed out to me by Wei Zhao by email.

Merge pull request #546 from QiaoLei-88/fix-step-33-energy-term

Fix bug in energy source term according to Praveen C's report.

Fix bug in energy source term according to Praveen C's report.

    The energy source term due to gravity should be rho*g*v=g*momentum.

changelog

update tests

avoid using multithread_info

rework MultithreadInfo to have static members only

Merge pull request #544 from bangerth/use-product-type-in-symmetric-tensor

Implement the operator* for mixed types also for SymmetricTensor.

Implement the operator* for mixed types also for SymmetricTensor.