Merge pull request #10293 from tjhei/master-doxygen-fixes

Master doxygen fixes

[9.2] fix step-70 doxygen formula

fix broken formula (no & allowed in multline)

switch to mathtt

[9.2] fix step-69 doxygen formula

this works with and without mathjax

Merge pull request #10289 from tamiko/fix_python_wrapper_tetss

contrib/python_wrapper: set environment correctly

contrib/python_wrapper: set environment correctly

Merge pull request #10280 from bangerth/70-2

Link in step-70 pictures and videos.

Merge pull request #10139 from peterrum/dofhandler_policy_distribute_dofs_on_level

Simplify internal::DoFHandlerImplementation::Policy::ParallelDistributed::distribute_dofs_on_level()

Merge pull request #10283 from MFraters/fix_bug_in_symmetric_tensor_unroll

expand symmetric tensor 24 test, testing unrolling of component indices for higher dim than 3.

Merge pull request #10286 from peterrum/celldata_move_implementation

Move implementation of CellData to the correct file

Move implementation of CellData to the correct file

fix bug in symmetric tensor unrolled_to_component_indices function.

Also link in 3d results.

Link in step-70 pictures and videos.

Merge pull request #10275 from bangerth/70

More updates to step-70

Merge pull request #10272 from tjhei/step-70-unused-variable

step-70: remove unused variable

Merge pull request #10271 from tjhei/step-70-fix-petsc

step-70: add missing compress() call

Merge pull request #10269 from tjhei/step-70-petsc-fix

Rename a variable in step-70 to better match its intent.

Leave more references to step-70.

step-70: remove unused variable

step-70: add missing compress() call

fixes #10270

fix PETSc step-70 compilation

candidate for 9.2

Merge pull request #10266 from masterleinad/fix_python_test

Fix python test with input file

Fix python test with input file

Merge pull request #10257 from tamiko/fix_a_test_2

sacado/helper_scalar_coupled_3_components_01_4: avoid race condition

Merge pull request #10259 from bangerth/70

Edits for step-70.cc

Make a function simpler to read.

Move a function.

Update documentation inside the step-70.cc file.

Simplify some code.

Rename the penalty parameter.

Move a piece of code to a better location.

Use mpi_communicator instead of MPI_COMM_WORLD.

Simplify more pieces of code.

Simplify a piece of code.

Add a reference to step-70.

Merge pull request #10256 from tamiko/fix_a_test

Edits to the in-code documentation of step-70.

Merge pull request #10258 from masterleinad/fix_some_tests_lapack_werror

Fix doxygen issue.

Make it clear to doxygen that "2018." at the beginning of a line is
not an attempt to create a numbered list...

Fix some tests failing without LAPAPCK support and with -Werror

sacado/helper_scalar_coupled_3_components_01_4: avoid race condition

arpack/step-36_ar_with_iterations: Remove iteration count

Merge pull request #10249 from tamiko/fix_complex_number_product_type

Workaround: Add additional complex ProductTypeImpl specializations

mark code snippet as workaround slated for removal

improve test and add symmetric variant as well

add a test

Merge pull request #10244 from bangerth/70

Edits to introduction and results section of step-70

Workaround: Add additional complex ProductTypeImpl specializations

The workaround introduced in 32ecab6 needs an additional variant to
deduce the product type of Tensor<..., complex<Number>> and
complex<Number> correctly.

Co-authored-by: Daniel Arndt <arndtd@ornl.gov>

Edits to the results section of step-70.

Minor edits to the introduction of step-70.

Merge pull request #10228 from peterrum/step70-fixwarning

Merge pull request #10235 from drwells/fix-bbox-0

Merge pull request #10245 from tjhei/update-copyright-act-3

update copyright years

Merge pull request #10241 from tjhei/copyright-script-go-deeper

fix update-copyright not going 2 levels deep into src/include

update copyright years

with fixed script from #10241 and after a lot of other changes came in.

Merge pull request #10242 from marcfehling/fix-copyright

Fixed a few copyright years manually.

extend update-copyright script (missing files)

- fix not going 2 levels deep into src/include, reported in #10240
- add .cu files

Fixed even more copyright years manually.

Fixed a few copyright years manually.

Merge pull request #10236 from drwells/step-70-make-unique

Fix warning in step70

Specialize BoundingBox<0> to prevent instantiating BoundingBox<-1>.

A zero-dimensional bounding box doesn't make sense and causes weird problems
with intel's compiler when the compiler tries to instantiate
BoundingBox::cross_section().

We have to use this workaround and not something like

    BoundingBox<spacedim != 1 ? spacedim - 1 : 1, Number>
    cross_section(const unsigned int direction) const;

to make MSVC happy.

Merge pull request #10230 from tamiko/adjust_test_output_2

Test boost/extract_rep*_02: adjust test output for libc++

Add a reference for step-70.

Re-classify step-70 as a fluids dynamics tutorial.

Fix a formatting problem with step-60.

Specifically, if doxygen sees the end of a list, it sometimes gets confused and indents
the next line of text as well. That's annoying if the next line of text is the first line
of the commented program (or, more specifically, the heading for the commented program).

Merge pull request #10237 from drwells/step-70-spelling

Improve spelling in step-70.

Improve spelling in step-70.

Use std_cxx14::make_unique in step-70.

Merge pull request #10232 from luca-heltai/fix-doi-step-70

Updated doi.

Updated doi.

Test boost/extract_rep*_02: adjust test output for libc++

We have to adjust the output after
bfe81e2b89a39792ee48dd7d028e8860cc44551e also for the libc++ variant.

See 9038e6000b681910227e24302e964835a344ddf8

For reference, the difference between libstdc++ and libc++ output is as
follows:
```
--- extract_representative_set_02.with_p4est=true.mpirun=3.output       2020-05-15 09:27:53.256578723 -0500
+++ extract_representative_set_02.with_p4est=true.mpirun=3.output.libstdc++     2020-05-15 09:58:47.149994734 -0500
@@ -137,16 +137,16 @@
 0.5 -0.707107

 DEAL:1::-0.0732233 -0.0732233
-0.21967 -0.0732233
-0.21967 0.292893
+0.292893 -0.0732233
+0.292893 0.292893
 -0.0732233 0.292893
 -0.0732233 -0.0732233

-DEAL:1::0.21967 -1.11022e-16
-1 -1.11022e-16
+DEAL:1::0.21967 -0.0732233
+1 -0.0732233
 1 0.382683
 0.21967 0.382683
-0.21967 -1.11022e-16
+0.21967 -0.0732233
```

Merge pull request #10227 from kronbichler/warning_step-70

Fix warning in step-70

Fix warning in step-70

Merge pull request #10225 from kronbichler/adjust_test_output

Fix test output forgotten in #9969

Fix test output forgotten in #9969

Merge pull request #9078 from luca-heltai/step-70

Step 70

Merge pull request #10174 from luca-heltai/fix-find-cell-around-point

Fix find active cell around point.

Merge pull request #10220 from tjhei/test_parameter_handler_additional_file

tests: add additional output file for intel

Merge pull request #9969 from marcfehling/binary-search

Revisited binary search for parallel::distributed::GridRefinement.

Merge pull request #10215 from marcfehling/fix_10211

Bugfix: Cells may not receive any variable size data.

tests: add additional output file for intel

Merge pull request #10198 from bangerth/50

Updates to step-50

Bugfix: Cells may not receive any variable size data.

Review by Marc.

Fixed parameters_23.prm

Fixed indent.

Some minor changes. Add support for output directory.

- Changed the default values for the parameters for the 2D case. The default case should run easily and produce better results
- Finalized resulted for the 2D case
- Minor modifications to introduction

- Fixed indentation
- Corrected small typos /sentences in introduction
- Removed the automatic deletion of .vtk files for step-70

First draft of results

Fixed indent.

Working 3d.

Switched to FGMRES.

Fixed small issues.

Fix more typos and add a paragraph about particles

Fix some typos