Add to documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23011 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent a few places in our usual style.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23010 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Say what we do.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23009 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed bad MPI_CONSISTENCY with PETSc, prepare for new

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23008 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Interpolation of boundary values for 1d curves in 2d didn't always work because it assumes that the left neighbor of the right neighbor is the current cell. Which is now no longer true.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23007 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure this test dies if it should deadlock.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23006 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Say how many seconds were waited before killing the job.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modified the code a little bit to make it similar to step-4
Remove a few redundant lines of code

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23004 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Enable FEFaceValues and friends also for faces of 1d cells.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23003 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use proper return type.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23001 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also introduce MGDoFAccessor<0,1,spacedim>.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@23000 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a grammar fail.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add documentation for the new vertex iterator (a.k.a. DoFAccessor<0,DH<1,spacedim> >).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22998 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

OK, enough of the playing around. Killing jobs this way doesn't work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22997 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

failing interpolate boundary 1d in codim==1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22996 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Talk about how to extend the program in the direction of slightly crazier domains.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22995 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22994 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22993 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fiddling with a multiplier for the wait time doesn't seem to work. Rather use what WALLTIME says, and set WALLTIME to one hour. Let's see if that works better.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22992 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More minor simplifications.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22991 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove executable property.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22990 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22989 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22988 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the awkward map a returned value, rather than a reference argument.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22987 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix missing std::

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22986 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Explain what we are seeing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22985 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Specialize functions for 3d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22984 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22983 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22982 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set props.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22981 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a better solver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22980 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor doc updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22979 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make this whole thing more similar to step-4.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22978 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid problem with markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22977 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

DataOut was not prepared to deal with processors that have no locally owned cells at all. Once fixed, DataOutBase was not prepared to deal with no patches. Fix this.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22976 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use proper syntax in test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22975 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix latex markup problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22974 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List Andrea and Seba.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22973 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Increase wait time even more...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22972 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only allocate memory for the direction flags if we really need them, i.e. for the codim>0 case.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22971 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify testcase slightly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22970 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a warning when instantiating Tensor<1,0>.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22969 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify code some more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22968 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22967 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make code a bit simpler to read.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22966 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test that currently fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22965 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove an unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22964 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22963 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Multiply WALLTIME with the number of processors. Let's see if that gets the
number of spurious failures back down.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22962 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor edit in direction_flags

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22961 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Increase the timeout since we are on multicore systems.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22960 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add Seba.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22959 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Install a thread that terminates the program after a time determined
by the WALLTIME environment variable. This kills the program in the
case of deadlocks, rather than letting it hang forever. This is
necessary since the time limit we specify with 'ulimit' only affects
CPU time, not actual wall time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22958 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also set the time limit as an environment variable that programs can query.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22957 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename image file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22956 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add Luca's text.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22955 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to step-38.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22954 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22953 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to step-38.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22952 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

FEValues with mapping Q1, now uses direction_flag to return the
oriented normal for meshes of dim<spacedim

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22951 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22950 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22949 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo and remove unused variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22948 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22947 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document direction flags better.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22946 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bad markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22945 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implementation of direction_flags for dim=spacedim-1 meshes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22944 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upon closer thought, there is actually no point in serializing the contents of the Subscriptor base class since we don't want to later overwrite whoever has subscribed to an object when reading it back in.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22943 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rather than re-implementing things use them from the common header file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22942 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly implement operator== for ParameterHandler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22941 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

OK, this was one of the weirder bugs I've found recently: when we do
  #include <vector>
we expect that either (i) make_dependencies ignores this dependence
because it can't find the file <vector> anywhere, e.g. because it
doesn't know the path to system header files, or (ii) enter the proper
dependency to the file if it does know where to find the file.

But what happened in the tests/serialization directory is that it
found a *subdirectory* named 'vector' and added it to the list of
dependencies. And 'make' then tries to re-build this directory by
compiling (using an implicit rule built into 'make') the executable
'vector' from 'vector.cc', which fails because the implicit rule of
course doesn't know anything about where deal.II include files reside,
etc. Completely strange.

So the solution is to ignore directories, if we happen to find
them. In the process, I also replaced the use of std::istream to
test-open a file (which weirdly succeeds for directories, although you
can't read from it) by uses of stat(), which should be faster as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22940 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a warning.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22939 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix another failure caused by assuming that the left neighbor of the right neighbor is the current cell.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22938 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When codim=1, we can't take for granted that the left neighbor of the right neighbor is the current cell.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22937 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention serialization.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22936 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

List codim-1 changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22935 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move entries to their correct section. Remove entry on step-38 for now since
it isn't quite finished yet.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22934 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add necessary output directories.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22933 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Be less conservative when comparing sparsity patterns.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22932 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

No need any more to provide operator== in the test file since it is now available in the class itself.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22931 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modify test for vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22930 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add new tests for serialization.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22929 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add functions for serialization.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22928 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix copy of matrix values.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22927 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a class that is now no longer needed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22926 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid output to the screen.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22925 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22924 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set svn:ignore.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22923 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22922 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Neighborship information is unreliable in the codim-1 case for 1d
meshes. Avoid using it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22921 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make DoFRenumbering::component_wise work also for the codim=1 case.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22919 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add initializer for Quadrature

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22918 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed integrate difference, and updated step-38 to reflect the new functionality.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22917 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added test for gradient differences on codim one surfaces.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22916 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test for PETSc vectors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22915 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added a new constructor for PETScWrappers::Vector that takes an existing PETSc Vec that was created by the user and is only wrapped for usage.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22914 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also revert r22891 for the same reason. The changes that caused the failure were in configure.in/aclocal.m4 before that patch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22913 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert 22903 since it make the autotester choke.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@22912 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d