Merge pull request #4773 from bangerth/active-fe-index-2

Be careful for which cells and objects we allocate hp DoF indices.

Merge pull request #4776 from drwells/remove-std-isnan-check

Remove checks for various isnan functions.

Merge pull request #4779 from tjhei/trilinos_include_and_warnings

trilinos as system includes, guard warnings

trilinos as system includes, guard warnings

Merge pull request #4762 from masterleinad/nullptr_coeffs

Allow the create_* functions to be called with nullptr coefficients

Merge pull request #4777 from drwells/fill-in-invalid-iterator

Add additional functions to InvalidAccessor.

Add additional functions to InvalidAccessor.

This was originally written by Luca Heltai and is necessary for the
patch removing the Boundary classes.

Merge pull request #4774 from masterleinad/fix_warning_geometryinfo

Fix clang warning in grid/grid_in.cc

Use a clearer way to empty arrays.

Test for inequality instead.

Remove checks for various isnan functions.

This PR removes

DEAL_II_HAVE_ISNAN
DEAL_II_HAVE_STD_ISNAN
DEAL_II_HAVE_UNDERSCORE_ISNAN

in favor of using std::isnan, which is a C++11 function, instead.

Merge pull request #4761 from tamiko/do_not_set_precision

DataOutBase: Do not modify precision of ostream

Merge pull request #4760 from tamiko/fix_a_test_6

base/anisotropic_?: make tests more robust

Fix clang warning in grid/grid_in.cc

Be careful for which cells and objects we enumerate DoFs.

Be careful for which cells and objects we allocate hp DoF indices.

The patch itself is actually pretty small -- we just have to occasionally exclude cells
when we loop over them, specifically of they are artificial. The patch, however, is
far larger because we replicated the same code for cells, faces, and vertices for
the 1d, 2d, and 3d implementations. I didn't feel like making the same changes
3 times over, so I refactored these things into functions that deal with cells,
faces, and vertices. This makes the overall patch rather large.

Update tests in numerics/

Update tests in hp/ and lac/

Update tests in bits/

Update tests in base/

add a changes entry

DataOutBase: Do not modify precision of ostream

Merge pull request #4766 from masterleinad/disable_project_q_hierarchical

Disable project_q_hierarchical_03

Disable project_q_hierarchical_03

Merge pull request #4765 from tamiko/silence_a_warning

Disable two gcc 7.1.0 diagnostics for external includes

Merge pull request #4740 from tamiko/constrained_linear_operator

constrained_linear_operator: use ConstraintMatrix iterators

update comment

Merge pull request #4764 from drwells/remove-unused-string

Remove an unused std::string.

Disable -Wint-in-bool-context for external includes

Remove an unused std::string.

Disable -Wimplicit-fallthrough for external includes

Allow the create_* functions to be called with nullptr coefficients

Merge pull request #4709 from jppelteret/material_boundary_id_4672

Change the number type of material_id and boundary_id

Merge pull request #4763 from kronbichler/delete_unnecessary_changelog

Remove unnecessary changelog.

Remove unnecessary changelog.

Merge pull request #4759 from tjhei/tensorized_mappingq

fix bug in tensorized MappingQGeneric

base/anisotropic_2: increase output precision

base/anisotropic_1: increase output precision

base/anisotropic_1: compare floating point numbers with tolerance

fix bug in tensorized MappingQGeneric

logical fix for #4664

Merge pull request #4756 from tjhei/remove_compute_level_verts

remove p::d::Triangulation::compute_level_vertices_with_ghost_neighbo…

Update test output

Fix tests (compilation issues; remove unnecessary casts)

Fix instantiation

Change the number type of material_id and boundary_id

Merge pull request #4758 from tamiko/remove_a_test_2

Bugfix: Actually delete the right test...

Bugfix: Actually delete the right test...

Merge pull request #4757 from tamiko/remove_a_test

opencascade/(arclength_boundary_01|plane_intersection_01): remove tests

opencascade/(arclength_boundary_01|plane_intersection_01): remove tests

Remove two failing tests that hit a bug in opencascade libraries
(versions 6.7.0 - 7.1.0) related to closed, periodic curves. We test the
same functionality already in other opencascade tests, so nothing is
lost.

remove p::d::Triangulation::compute_level_vertices_with_ghost_neighbors()

- never used/tested because GMG uses a different strategy to communicate DoFs

fixes #4627

Merge pull request #4755 from tamiko/fix_a_test_5

mpi/locally_owned_dofs_per_subdomain_02: Add an output variant

mpi/locally_owned_dofs_per_subdomain_02: Add an output variant

Another test that gives different results due to metis.

Merge pull request #4749 from bangerth/simplify-meshworker

Reduce MeshWorker complexity by removing an undocumented preprocessor #define.

Merge pull request #4752 from tamiko/add_missing_instantiations

ShapeInfo<...>::reinit: add missing instantiations

restructure

add a changelog entry

add missing instantiations

Merge pull request #4751 from tamiko/fix_a_test_4

add an output variant

add an output variant

The number CG iterations changed slightly. At some point we will have to
rewrite this test...

Merge pull request #4750 from tamiko/fix_a_test_3

trilinos/solver_control_06: Add output variants

trilinos/solver_control_06: Add output variants

Newer trilinios print the warning string (that we sometimes get and that
is already present in the original .output files) without a leading ~/.

Thus add another output variant.

Merge pull request #4746 from bangerth/fix-markup

Fix markup in step-56 intro headings.

Merge pull request #4748 from tamiko/fix_a_test_2

sharedtria/communicate_active_fe_indices_(01|02): add output variants

Reduce MeshWorker complexity by removing an undocumented preprocessor #define.

add a test variant

Merge pull request #4747 from tamiko/fix_a_test_1

petsc/solver_03_precondition_parasails: Update forgotten test output

add a test variant

petsc/solver_03_precondition_parasails: Update forgotten test output

Fix markup in heading.

Our scripts, as well as doxygen, need a bit of help here.

Merge pull request #4743 from masterleinad/fix_coverage

Fix creation of coverage information

Fix creating coverage information

Merge pull request #4744 from bangerth/fix-1

Restore true cell owners before setting up DoF data structures.

Restore true cell owners before setting up DoF data structures.

This is necessary when using a parallel::shared::Triangulation because
there, we want to enumerate DoFs on *all* cells, not just some, and so
we need to know who owns them etc and what the active_fe_index is.

Merge pull request #4664 from masterleinad/mapping_generic_tensor

Use tensorized evaluation in MappingQGeneric

constrained_linear_operator: use ConstraintMatrix iterators

Merge pull request #4724 from masterleinad/usecheck_solver_petsc

Use check_solver_within_range in PETSc(serial) tests

Merge pull request #4733 from bangerth/remove-unused-function

Remove a function that is now no longer used.

Merge pull request #4738 from drwells/remove-boost-bind-compiler-bug

Remove DEAL_II_BOOST_BIND_COMPILER_BUG.

Merge pull request #4732 from drwells/remove-member-var-specialization-check

Remove DEAL_II_MEMBER_VAR_SPECIALIZATION_BUG.

Remove DEAL_II_BOOST_BIND_COMPILER_BUG.

Reverts 0d2f17a9840 and d92bec4da6d.

Merge pull request #4731 from drwells/remove-gcc-4.4-check

Remove a check for GCC 4.4.

Merge pull request #4739 from tamiko/constraint_matrix_iterator

Implement ConstraintMatrix::get_lines()

Merge pull request #4741 from drwells/remove-type-qualifier-bug

Remove DEAL_II_TYPE_QUALIFIER_BUG.

add a news entry

add a test

Add ConstraintMatrix::get_lines() that returns a range of line iterators

Rename ConstraintLine::line to ConstraintLine::index

Make ConstraintMatrix::ConstraintLine a public member class

Merge pull request #4736 from drwells/remove-more-memory-consumption

Remove more memory consumption tests.

Changelog entry

Fix up tests

Use tensorized evaluation in MappingQGeneric if supported

Remove DEAL_II_TYPE_QUALIFIER_BUG.

This was a work around for a GCC 4.3 bug which has since been fixed.

Reverts 092bb3fc40b.

Remove DEAL_II_MEMBER_VAR_SPECIALIZATION_BUG.

This workaround is no longer necessary in any compiler that we support.

Reverts 1699cced170.

Merge pull request #4734 from drwells/remove-explicit-constructor-bug

Remove DEAL_II_EXPLICIT_CONSTRUCTOR_BUG.

Remove more memory consumption tests.

Merge pull request #4728 from tjhei/mg_lvl_apply

add MGLevelObject::apply()

Remove DEAL_II_EXPLICIT_CONSTRUCTOR_BUG.

This workaround is no longer necessary in any compiler that we support.

Reverts 8cba8cc3f1.

Remove a function that is now no longer used.

We use boost serialization, rather than setting up a fixed-sized buffer
into which we memcpy things.

Remove a check for GCC 4.4.

We no longer support this compiler.