Hand-optimize a case in the hot path of the symmetric_gradient function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17931 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a cast to make a conversion valid in code that's dead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17930 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard more explicit specializations to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17929 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard more explicit specializations to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17928 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard more explicit specializations to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17927 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard an explicit specialization to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17926 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mark a bunch of explicit specializations as inline to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17925 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Guard two explicit specializations to avoid multiple definitions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17924 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove accidentally copied files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17923 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the ability to query for the values/gradients/... of a single component of a vector valued finite element function at the quadrature points of a FEValues object.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17922 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document FEValuesViews changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17921 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo the previous change: it actually proved counter productive: Compilers are better at CSE than one can apparently do in source code...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17920 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do some common subexpression elimination by hand.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17919 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change the way we store data to keep thing accessed at the same time together in memory. Also reduce the number of indirections through this scheme.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17918 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a field no longer needed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17917 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add specializations for symmetrize for the various dimensions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17916 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17915 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cache even more data to make the case of primitive elements more efficient.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17914 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modify the FEValuesViews classes so that they compute a bunch of things already at construction time. This should make them much faster when you use them to evaluate stuff. On the other hand, it makes construction much more expensive and so the previous approach of creating them on the fly every time someone wrote fe_values[velocities] doesn't work any more. Rather, create all possible views objects at construction time of the FEValues object and simply return a reference to one of them when a view is requested.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17913 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also move the functions that deal with vertex dofs to the accessor implementation rather than keeping them in the DoFHandlers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17907 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

There was another error in the new get_function_*.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17905 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected one mistake.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17904 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The previous implementation of FEValues::get_function_values/gradients/hessians() was rather inefficient. The submitted version is more than twice as fast for get_function_values and 20% faster for get_function_hessians. Changed the order of the loops, read FEValues data using pointers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17903 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem where we overwrite things we've figured out before when TRILINOS_DIR is given through an environment variable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17900 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a bunch more functions from the DoFHandler classes to the DoFAccessor Implementation class. This is, after all, the only location where these functions are called.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17899 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid one problem with missing references by moving functions around a bit. This also avoids one gratuitous indirection for each call of get/set_dof_index. Several other similar functions remain to be treated, however.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17897 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a few function stubs that are never called but that older compilers want to have a reference to (they're referenced from dead code and gcc 4.0 doesn't seem to eliminate it whereas newer versions of gcc appear to do).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17893 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around the problem that gcc4.0 doesn't make member classes (and their respective members) friends in the same way as members. The problem is described a bit more in the comment to the Implementation class in tria.cc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17892 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document anisotropic refinement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17891 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document interfaces to Trilinos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17890 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document the codimension one changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17889 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix up an entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17883 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove outdated file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17879 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move new boost version into place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17878 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove boost 1.36.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17877 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Import boost 1.37.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17876 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed a couple of missing spacedims

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17875 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated function parser version

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17874 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update a couple of entries atfer the merge.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17872 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some stuff from the branch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17871 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add new testcases from the branch that wouldn't let themselves be copied.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17870 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an oversight in the number of iterations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17869 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the codim_one tests. For some reason, svn doesn't let me merge this directory so I explicitly check it out here and add it; unfortunately, this destroys the history, but that can be gotten from the branch archive.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17868 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do most of the merge from branch_codimension_one. A few bits are still missing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17867 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge branch_codimension_one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17866 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17863 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

corrected a weird comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17857 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slighty re-write one entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17847 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17843 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17842 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added function DoFTools::make_zero_boundary_constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17841 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated output for new settings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17827 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplified the temperature rhs assembly. Use IC preconditioner for temperature system instead of SSOR. Could skip two parameters in artificial viscosity call.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17826 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use IC preconditioner for temperature system.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17825 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify documentation in one point.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17813 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an obvious error in time step calculation. Need to think about efficiency, though.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17811 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improved the function that adds a Trilinos sparse matrix to another.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17810 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove svn:mergeinfo property.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17787 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use the usual format of reporting problems when a test fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17780 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Say what we are doing. This gives a better feedback of what's actually happening in particular if one uses 'make -jX'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17779 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing header file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17778 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cosmetic change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17769 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Made the collective add and set functions a bit faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17767 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When running in multithreading mode, the lock is changed in a const function. Made it mutable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17766 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

ConstraintMatrix::distribute_local_to_global() uses now collective add operations into sparse matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17765 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slight update in SparseMatrix collective add/set functions. Add some more documentation about the residual computation for the Bicgstab solver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17764 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an error in collective add function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17763 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put entry into the right section. Rewrite a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17761 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

SLEPc Log file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17759 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Autodetect SLEPc based on the PETSc config

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17758 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The deal.II SparseMatrix class can now set a FullMatrix of data at once, as can all block matrices derived from BlockMatrixBase. Other arrays can be set at once as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17754 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use row-wise addition into matrices also for PETSc wrappers matrix. When building a parallel PETSc matrix from a sparsity pattern, set the option NO_NEW_ENTRIES.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17751 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Touch up in a few places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17750 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reimplement parts of the VectorTools::interpolate_boundary_values (in the process taking care of a TODO) to make sure it doesn't use insane amounts of compute time by re-computing the same information over and over again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17745 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a missing assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17740 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When initializing the Trilinos sparse matrix, use an Epetra_CrsGraph as in intermediate object. That saves some computing time in setup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17727 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected some more errors in Trilinos sparse matrix collective add functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17713 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an error when adding/setting a FullMatrix to the Trilinos sparse matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17712 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The function TrilinosWrappers::SparseMatrix::add() that sets more than one element can now elide zero elements in the array.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17697 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected an error in add() and set function of Trilinos sparse matrix. Some more performance enhancements.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17694 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update of the tests of collective Trilinos add and set functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17693 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo the changes in 17683.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17692 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Inline the functions that add elements to Trilinos sparse matrices and vectors. These functions are called very frequently, and it is hence advantageous to let the compiler know the number of added elements, so it can optimize some loops away.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17684 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added some tests for Trilinos collective add and set operations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17683 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added some tests for Trilinos collective add and set operations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17682 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduced a few add() and set() functions for Trilinos matrices that allow to set several elements at once. We will need to rewrite ConstraintMatrix::distribute_local_to_global in order to use this new capability.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17678 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed the vmult_add function to make it a bit faster. Had to re-introduce the assertion I removed before.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17677 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed an unnecessary assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17676 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Accelerated the addition into vectors a bit by directly calling the relevant functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17675 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added the way elements are inserted/replaced/added into Trilinos matrices. Adding elements into the global stiffness matrix one by one using add() should now take between 30 and 50 precent less time than it did before.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17674 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update comment. Do not try to duplicate information that is available elsewhere since it becomes obsolete so quickly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17665 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated some Makefiles.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17659 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

If Lapack functions were called but we didn't link with lapack, then we just created an exception object but forgot to throw it. Oops.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17657 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

If Lapack functions were called but we didn't link with lapack, then we just created an exception object but forgot to throw it. Oops.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17656 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correctly implement gauss_jordan using LAPACK.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17655 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge the new inversion code into the general template.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17650 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a class types_are_equal to allow a couple of template tricks.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17649 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

We do not need the Cuthill-McKee renumbering when using AMG on the Stokes system (actually, it makes the GMRES solver take 1 to 2 iterations more).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17646 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed an issue with define flag for Xgetri.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17644 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplified a bit of code in AMG preconditioner init.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17643 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d