A few PETSc helper functions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18131 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the remaining private functions of the DoFTools class into an internal namespace that only lives in the .cc file. No need to expose implementation details and cluttering up the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18129 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

comparison files adjusted for roundoff errors due to changes in Mapping

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18128 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

transformations moved into Mapping

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18127 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tests for Trilinos sparsity pattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18119 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more functions in TrilinosWrappers::SparsityPattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18118 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to set up MPI_InitFinalize for Trilinos programs to make them work for both serial and MPI compilers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18113 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The step-33 tutorial program now uses Trilinos wrapper classes almost everywhere, which reduces the amount of code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18112 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The Timer class can now also return the wall time for a calculation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18111 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Timer class can now also return the wall time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18105 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

roundoff

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

roundoff

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18103 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

use new Piola transform for vector valued functions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18102 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the ability to do things like  'export CXX="g++ -pg" ; ./configure', i.e. pass a program PLUS arguments through CXX.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18101 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a couple of warnings by xlC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18100 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ignore test zero boundary constraints generated files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18099 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test zero boundary constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18098 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a dummy return value in an unreachable place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18097 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a silly bug in xlC by shuffling the order of include files. xlC otherwise won't recognize an explicit instantiation of a class template member template.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18096 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use XX="$abc" instead of XX=$abc to avoid problems when abc is a variable that contains spaces. Also remove a left-over from the time when we used kdoc for documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18093 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18092 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

finite elements use new transform functions now

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new Mapping::transform implemented, but not used

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

eliminate offset from old Mapping::transform functions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

roundoff

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

roundoff

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

introduce function transform() into Mappings

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected the make_mass_function that had a bug when assembling together with right hand side functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18072 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo one unnecessary change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide some more Trilinos preconditioners and solvers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Projection of functions can be done more efficiently by simulaneously creating mass matrix and right hand side vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18061 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention license.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18056 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid complaints by doxygen that it can't find a link to a parameter escaped by a hash mark.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18055 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove ambiguous language.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some old cruft that happened to be still in this program.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18052 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix doc markup in a number of places. Move one internal function from the private section of the class to the .cc file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18044 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention Trilinos parallel sparsity pattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18042 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated step-32 to use parallel Trilinos sparsity pattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18041 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a fixed test. Rename one that still fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18039 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add comments. Fix code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18037 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a cache of column indices to improve the speed of the Trilinos sparsity pattern generation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18036 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do another cast to placate gcc3.3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18035 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify (a bit tediously) two more sets of functions into common templates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18034 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18031 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A reduced version of kelly_crash_01

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo accidental change in Trilinos block solver.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18022 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added a function TrilinosWrappers::SparsityPattern that can generate distributed sparsity patterns for use with Trilinos sparse matrices.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18021 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Write the cast in a different way in hopes to make it compile with gcc 3.3.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make memory_consumption() more accurate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18013 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18012 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed multiple instantiations when both 1d and 2d libs are linked against a program.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18011 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove totally outdated test references for the MIPSpro compiler. This compiler is not capable anymore to compile deal.II anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18007 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add changes entries for the last three commits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18006 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bring patch deal.II_DLR@5590 (leicht) to deal.II: Test anisotropic embedding and restriction matrices of FE_Q.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bring patch deal.II_DLR@5588 to deal.II (leicht): Supply anisotropic restriction and embedding matrices for FE_Q.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18004 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generalize test to handle anisotropic children. Test new functionality from patch 18002.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18003 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bring patch deal.II_DLR@5587 to deal.II: Let the functions tranforming mother to child coordinates (and vice versa) handle anisotropic children.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bring bug fix from deal.II_DLR@6149 to deal.II: Remove a (serious) bug where we created wrong meshes in 3D cases with both anisotropic refinement and non-standard line orientation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18001 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

The test output had changed due to patch 16450: Fixed bug in find_cells_adjacent_to_vertex. Now update the test refs accordingly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@18000 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A few functions could be made faster by smarter access to the mapping data.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the misleading output of an assertion in a few places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17993 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile. How did this work for Guido?

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17986 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

replace a restriction by a warning in the documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17981 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

enable computation of embedding matrices for elements not supporting anisotropic refinement

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17980 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use get_function_laplacians for the residual.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17974 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ensure that FEValuesExtractors objects are copyable.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17968 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix caption of an entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17967 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Properly guard a mutable variable in the MappingQEulerian class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17962 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor cleanup: Make a couple of variables const and move initialization appropriately.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17961 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a couple of functions in a second version.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17960 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a single space character rather than a string with a single space.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17958 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

do fail last

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17957 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment on two recent changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17956 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17955 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add get_function_laplacians() methods in FEValues class, improve performance of get_function_xxx in views, use new functions in step-31 and step-32.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17954 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent the whole file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17952 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17951 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

In get/set_dof_values, make use of the cache of DoF indices for non-hp DoFHandlers to avoid memory allocation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17950 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a statement to the correct place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17949 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo Toby's accidental change of AC_INIT which also had the unfortunate consequence of breaking a bunch of tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17948 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Apply the same changes here as we did for step-31.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17945 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document new FEValuesViews features.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17944 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Hopefully make compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17943 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use extractors of function values to only get at velocities rather than all components.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17942 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17941 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17940 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also provide ways to extract symmetric gradients and divergences.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17939 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17938 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also optimize get_function_gradients/hessians.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17937 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Optimize the get_function_values function in Vector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17936 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use extractors to access only the velocity values.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17935 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make test pass.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17934 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

First version of get_function_* for Vector extractors. The code is not optimized and fe_values_view_14 currently still fails.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17933 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the declaration of a few member classes to the .cc file -- they are not used anywhere outside the implementation of this class and so their definition doesn't need to be seen to everyone who uses the header file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17932 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Hand-optimize a case in the hot path of the symmetric_gradient function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17931 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a cast to make a conversion valid in code that's dead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@17930 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d