Merge pull request #2986 from bangerth/remove-unnecessary-typename

Remove unnecessary 'typename'.

Remove unnecessary 'typename'.

This also avoids a resulting error with older versions of GCC.

Merge pull request #2981 from gassmoeller/get_cell_iterator_from_cellid

Add a way to get a cell_iterator from a CellId

Merge pull request #2982 from drwells/remove-effect-free-statements

Remove some statements that don't do anything.

Correctly increment a step counter.

This was caught by cppcheck.

These were caught by cppcheck.

Add entry to changes.h

Add a way to get a cell_iterator from a CellId

Merge pull request #2980 from drwells/add-ParameterHandler-xml-file-assert

Assert input stream validity when reading XML.

Assert input stream validity when reading XML.

As was discovered in 2bc6f8c810, every other ParameterHandler method
that takes an input stream argument and reads from it throws an
exception if the input stream is not in a valid state.

Merge pull request #2978 from bangerth/improve-copyright-script

Also include HTML files when updating copyright years.

Merge pull request #2976 from bangerth/change-affiliation

Change the location of video lectures and publications from TAMU to Colorado State.

Merge pull request #2975 from bangerth/grammar-police

Grammar police: Let comments start with the verb infinitive.

Grammar police: Let comments start with the verb infinitive.

Also include HTML files when updating copyright years.

Merge pull request #2974 from drwells/fix-parameter-handler-tests

Load the correct parameter file in some tests.

Change the location of video lectures and publications from TAMU to Colorado State.

Load the correct parameter file in some tests.

Commit bd1b0e5606a performed a mass rename where some of the test files
lost track of their input files.

Merge pull request #2971 from drwells/fix-test-matrix-tests

Move testmatrix.h in the remaining tests.

Move testmatrix.h in the remaining tests.

This commit finishes the work started in bea2270a943, where
tests/lac/testmatrix.h was renamed to tests/testmatrix.h.

Merge pull request #2963 from tjhei/petsc_reinit_prec

Allow PETScWrappers::Precondition* re-init

update

Merge pull request #2967 from tjhei/move_tests_sparsity

move sparsity tests into separate folder

Merge pull request #2968 from tjhei/typo_1

typo fix

typo fix

move sparsity tests into separate folder

Merge pull request #2950 from bangerth/convert-symmetrictensor-to-tensor

Implement the conversion of a SymmetricTensor<4,dim> to Tensor<4,dim>.

Merge pull request #2965 from drwells/add-missing-error-code-asserts

Add some missing error code asserts.

Merge pull request #2964 from drwells/use-more-const-references

Prefer const reference to const value.

Merge pull request #2962 from drwells/redo-epsflagsbase-assignment

Don't possibly dereference a null pointer.

Merge pull request #2961 from drwells/rewrite-mpi-check

Rearrange some MPI ifdefs to make cppcheck happy.

Allow PETScWrappers::Precondition* re-init

This PR allows re-using a preconditioner object by calling initialize()
more than once. Update documentation while we are here.

Merge pull request #2956 from tjhei/remove_compressed_sp

Remove compressed SparsityPattern classes

Rearrange some MPI ifdefs to make cppcheck happy.

Don't possibly dereference a null pointer.

Since this code checks that the dimension really is not 1 we can get rid
of this case, which would result in an ill-formed reference.

remove duplicate tests

Add some missing error code asserts.

These were caught by cppcheck.

Prefer const reference to const value.

These were caught by cppcheck.

Merge pull request #2945 from bangerth/convert-pointers-to-unique-ptrs

Convert Triangulation members from pointers to unique_ptrs.

Merge pull request #2959 from bangerth/fix-test

Fix a test by not using a C++11 statement GCC 4.6 balks at.

Fix a test by not using a C++11 statement GCC 4.6 balks at.

Adjust test outputs.

Convert two more members of Triangulation from raw pointers to std_cxx11::unique_ptrs.

Convert Triangulation::faces from a raw pointer to a std_cxx11::unique_ptr.

Allow (de)serialization of std_cxx11::unique_ptrs also in C++98 mode.

This just requires forwarding to the corresponding functions for the
boost::scoped_ptr class.

Merge pull request #2957 from drwells/remove-unused-variables

Remove some unused variables.

Remove some unused variables.

These were found by cppcheck.

changelog

rephrase tutorial

update documentation

fix test output

update/delete/rename tests

remove CompressedSparsityPattern classes

[Block]Compressed*SparsityPattern classed got deprecated in March 2015
for DynamicSparsityPattern. Remove them and corresponding tests.

Merge pull request #2954 from drwells/remove-duplicated-tests

Remove duplicated tests.

Merge pull request #2953 from drwells/split-tests/bits-05

Move all FullMatrix tests into tests/full_matrix/.

Remove duplicated tests.

These tests are complete duplicates (exact same source and output file)
of other tests. I found them by running

    $ md5sum tests/*/*cc | awk '{print $1}' | sort | uniq -d
    0be8a61d11d01d793df126ad14932c6e
    5c1929a43e16b989065ae8d325c29136
    6587df713735d2c99f43cc2212550ed4
    97de58c85ba5c0b00905a8d402712381
    9ca74160ee9756c6e64b475c9539c239
    c42ec6af54ccc4af92035a3a9a078830
    c8c0be1052e2f6f64bbaa36b7ebe8d95
    e200c88ddc7bbb442d760a1be01a6a1d
    ea545bb72f77c0f4ac7133479340f92e

and then, for each particular MD5sum, running something like

    $ md5sum */*cc | grep 0be8a61

to locate the tests. For the sake of record, here are the (formerly)
duplicated tests:

0be8a61d11d01d793df126ad14932c6e
grid/grid_in_gmsh_02: same as grid/grid_in_gmsh_01

5c1929a43e16b989065ae8d325c29136
bits/chunk_sparse_matrix_03b: same as bits/chunk_sparse_matrix_03a

6587df713735d2c99f43cc2212550ed4
grid/have_same_coarse_mesh_04: same as grid/have_same_coarse_mesh_02

97de58c85ba5c0b00905a8d402712381
bits/sparse_matrix_03b : same as bits/sparse_matrix_03a

9ca74160ee9756c6e64b475c9539c239
dofs/accessor_02: same as dofs/accessor_01

c42ec6af54ccc4af92035a3a9a078830
grid/get_finest_common_cells_04 : same as grid/get_finest_common_cells_02

c8c0be1052e2f6f64bbaa36b7ebe8d95
grid/grid_out_05: same as grid/grid_out_03

e200c88ddc7bbb442d760a1be01a6a1d
bits/fe_field_function_vector_03: same as bits/fe_field_function_03

ea545bb72f77c0f4ac7133479340f92e
manifold/tria_accessor_point_03: same as manifold/tria_accessor_point_02

Move all FullMatrix tests into tests/full_matrix/.

We have, at the time of writing this, 177 distinct full matrix tests, so
it is worth making a directory just for them.

Merge pull request #2949 from bangerth/dont-use-nothrow

No longer use 'throw()', use 'noexcept' instead.

Add a changelog entry about deprecated language features.

Use DEAL_II_NOEXCEPT instead of 'throw()'.

Merge pull request #2952 from bangerth/disable-test-without-metis

Disable a test that requires METIS if not configured with METIS.

Disable a test that requires METIS if not configured with METIS.

Add changelog entry.

Add test.

Implement the conversion of a SymmetricTensor<4,dim> to Tensor<4,dim>.

Introduce a way to say throw()/noexcept generically.

This is necessary because newer C++ standards deprecate 'throw()', but
older ones do not support the more modern replacement 'noexcept'.

Merge pull request #2946 from davydden/fix/gmg_coarse_smoother

fix a SmartPointer bug in MGCoarseGridApplySmoother

fix a SmartPointer bug in MGCoarseGridApplySmoother

Merge pull request #2936 from class4kayaker/MGLO_clear_entry

Update changes.h for MGLevelObject::clear() change

Merge pull request #2942 from drwells/improve-indentation-script

[WIP] Use an explicit suffix on unindented backup files.

Merge pull request #2943 from tjhei/add_newlines

add newlines at end of files

add newlines at end of files

Merge pull request #2938 from davydden/feature/gmg_coarse_smoother

GMG: coarse smoother and linear operator

Merge pull request #2941 from bangerth/fix-signature-of-rand

Fix signature of our rand/srand implementations.

minor fixes in GMG unit tests

Use an explicit suffix on unindented backup files.

Merge pull request #2769 from danshapero/tria-move

Move constructor for Triangulation

Added move constructor to Triangulation

Fix signature of our rand/srand implementations.

Since these are functions in our own namespace -- that happen to have the
same names as ones in the std:: namespace, but really independent -- there
is no reason not to use our own conventions. Specifically:
- make input arguments 'const'
- remove the deprecated 'throw()' specification.

minor fixes in doxygen of MGCoarseGridApplySmoother

Update changes.h for MGLevelObject::clear() change

Merge pull request #2939 from drwells/fix-compilation-without-trilinos

Fix compilation without Trilinos.

Merge pull request #2909 from tjhei/integrator_divergence

Extend LocalIntegrators::divergence and LocalIntegrators::GradDiv

Fix compilation without Trilinos.

an entry in changes.h

GMG: add MGCoarseGridPreconditioner to apply a few steps of smoother at the coarse level

Merge pull request #2933 from loylick/bugfix

Fixed linker error under VS2013, moved definition of format_version v…

Added const modifier to format_version variable.

changelog

deprecate functions, simplify code, cleanup

- cleanup
- update tests
- deprecate some functions
- simplify code

grad-div residuals added and tested for consistency
grad-div removed from file divergence.h

add divergence integrators

GMG: make it possible to use as a LinearOperator

Merge pull request #2922 from class4kayaker/deprecate_MGL_clear

Rename and deprecate MGLevelObject::clear()

Merge pull request #2908 from tjhei/parallel_block_relaxation

Implement parallel GMG block relaxation

implement parallel RelaxationBlock

- use a ghosted vector in RelaxationBlock
- introduce VectorType in base class RelaxationBlock
- update test for parallel RelaxationBlock
- add documentation

parallel RelaxationBlock

- template RelaxationBlock::step on vector type
- instantiate for Trilinos
- add test

Merge pull request #2930 from drwells/update-default-constructor-explanation

Redo the explanation of a default constructor.

Fixed linker error under VS2013, moved definition of format_version varible from a header to cc file.

Merge pull request #2932 from davydden/fix/parpack_warning

parpack: fix compiler warning