Merge pull request #5872 from masterleinad/fix_ice_icc15

Fix another ice for ICC-15

Fix another ice for ICC-15

Merge pull request #5828 from drwells/split-expensive-files

Split expensive files

Merge pull request #5864 from masterleinad/fix_unused_sundials

Fix unused variables in SUNDIALS wrappers' destructors

Merge pull request #5863 from bangerth/doc-update

Expand on the explanation of update_quadrature_points.

Fix unused variables in SUNDIALS wrappers' destructors

Merge pull request #5859 from drwells/new-cylindricalmanifold-ctor

Require a Tensor for an argument that indicates direction.

Merge pull request #5849 from masterleinad/fix_float64

Deal with the remaining Float64 output files

Merge pull request #5854 from masterleinad/fix-coverity

Fix issues discovered by Coverity

Expand on the explanation of update_quadrature_points.

Remove some extra underscores.

Require a Tensor for an argument that indicates direction.

Fix issues discovered by Coverity

Merge pull request #5851 from masterleinad/clang_unused_parameters

Allow detecting unused parameters using clang

Merge pull request #5856 from masterleinad/fix_bundled_warnings

Fix bundled warnings

Merge pull request #5847 from tjhei/doxygen_sundials

document sundials namespace

Fix warnings for bundled muParser

Fix warnings for bundled boost

Merge pull request #5855 from masterleinad/replace_last_boundary_occurence

Replace last Boundary occurences in the test folder

Merge pull request #5805 from dangars/gmsh-test

Add Transfinite Line

Merge pull request #5853 from drwells/unused-scalapack

deal with unused variable warnings in scalapack bindings and bundled code.

Remove tria_boundary.h and replace Boundary<2>::FaceVertexNormals

Merge pull request #5852 from drwells/remove-cylindermanifold-specialization

Remove the hidden CylindricalManifold<dim, 3> code.

document sundials namespace

otherwise it doesn't appear in doxygen.

Suppress warnings in bundled packages.

comment out unused variables in scalapack bindings.

Mark some functions as 'inline' to avoid warnings.

Now that we have more instantiation files, not every auxiliary function is used
in every translation unit: get around the warning by marking functions as
inline.

In addition: avoid using an anonymous namespace here, since we use
SPLIT_INSTANTIATIONS_INDEX.

Replace the last Boundary object in the tests

Split fe_values.cc into more instantiation files.

This is currently the most expensive file to compile: with GCC 7.2 and all
libraries but adol-c installed, this file requires 4.5 GB and 170s to (just for
one of two instantiation files). This commit adds four additional instantiation
files to lower the memory requirements below 3 GB per translation unit.

Here is some profiling information:

debug, master:
165s, 4 GB
170s, 4.5 GB
(335 s total)

release, master:
182s, 3.6 GB
194s, 3.9 GB
(376s total)

debug, feature:
37s, 1.7 GB
63s, 2.6 GB
31s, 1.5 GB
87s, 2.7 GB
58s, 2.6 GB
79s, 2.7 GB
(355s total)

release, feature:
 37s, 1.5 GB
 71s, 2.4 GB
 32s, 1.5 GB
103s, 2.6 GB
 69s, 2.3 GB
 96s, 2.6 GB
(408s total)

Improve a check for the mapping degree.

Clean up the included headers a bit.

Split the grid tools instantiations.

This commit splits the grid tools instantiation files in two: one file deals
with instantiations for DoFHandlers and Triangulations and the other deals with
instantiations of just Triangulations. Here is the timing information:

before this patch:
debug:
grid tools: 74s, 3.6 GB

release:
grid tools: 97s 3.9 GB

after this patch:
debug:
grid tools: 31s, 1.8 GB
grid tools dof handlers: 48s, 2.4 GB

release:
grid tools: 46s, 1.9 GB
grid tools dof handlers: 65s, 2.4 GB

This lowers the high water mark for memory usage with only a small impact on the
total compilation time.

Add another LAC unity file.

The current unity time and memory consumption is:p
debug:
unity 0: 73s 2.6 GB
unity 1: 68s 2.9 GB
release:
unity 0: 104s 2.6 GB
unity 1:  94s 3.2 GB

with three unity files we lower the high water mark for memory and require
slightly less compilation time:

debug:
unity 0: 63s 2.4 GB
unity 1: 37s 1.9 GB
unity 2: 39s 1.8 GB
release:
unity 0:  87s 2.2 GB
unity 1:  51s 2.0 GB
unity 2:  57s 1.9 GB

Split data_out_dof_data instantiations.

This file currently requires 91s/3.9GB and 103s/3.3GB on debug and release,
respectively, with GCC7.2. With the split these are 53s/2.6GB - 52s/2.6GB and
60.5s/2.6GB - 59.1s/2.5GB: much better for memory usage.

Remove the hidden CylindricalManifold<dim, 3> code.

It turns out that we have converted enough compile-time dimensionality checks to
run-time dimensionality checks that we can use just one implementation for
CylindricalManifold instead of two.

Merge pull request #5846 from bangerth/step-dependencies

List for each tutorial what others it depends on.

Allow detecting unused parameters using clang

Merge pull request #5845 from bangerth/doc-update

Update documentation around hyper-balls and spherical manifolds.

Merge pull request #5834 from masterleinad/fullmatrix_size_type

FullMatrix size type

Merge pull request #5850 from masterleinad/fix_scalapack_10

Fix scalapack_10

Fix scalapack_10

Deal with the remaining Float64 output files

Changelog entry

Update test output

static_cast in full_matrix.templates.h

static_cast in lapack_full_matrix.h

Replace n_rows() by m(), n_cols() by n() in lapack_full_matrix.cc

Change size_type for LAPACKFullMatrix

Change size_type for FullMatrix

Use size_type in table.h for index access

Use std::size_t in table_indices.h for index access

Remove const_cast in lapack_full_matrix.cc

Use the type of the largest value in AssertIndexRange

List for each tutorial what others it depends on.

Update documentation around hyper-balls and spherical manifolds.

In particular, link to the discussion in the results section of step-6.

Merge pull request #5842 from jppelteret/add_dim_0_tensor_assignment_operator

Add operator assigning a scalar to a Tensor<0>.

Merge pull request #5843 from masterleinad/unused_dof_handler

Fix unused variables in dof_handler.cc

Fix unused variables in dof_handler.cc

Change the default value of a parameter from 0 to nullptr.

Facilitate casting between tensors of AD numbers to floats.

Add operator assigning a scalar to a Tensor<0>.

Merge pull request #5781 from BenBrands/scalapack

ScaLAPACKMatrix: add routines to save/load matrix to/from disc

Merge pull request #5841 from jppelteret/fix_5840

Remove a typedef thats unused when compiling in release mode.

Add Transfinite Line

Remove a typedef thats unused when compiling in release mode.

Fixes 5840.

Merge pull request #5827 from bangerth/sort-code-gallery

Sort entries to the code gallery by their name, not their directory name.

Merge pull request #5837 from QiaoLei-88/fix_icc15_compile

make icc 15 compiles on CentOS 7

Merge pull request #5836 from bangerth/fix-wording

Use less obscure wording.

Use less obscure wording.

Merge pull request #5838 from kronbichler/mf_dg_step1

Add macro for __restrict keyword.

Add macro for __restrict keyword.

Merge pull request #5831 from masterleinad/fix_periodicity_01

Fix mpi/periodicity_01

Merge pull request #5835 from Rombur/trilinos_documentation

Remove reference to a function that does not exist

satisfy icc 15 about template arguments of std::map's

Remove reference to a function that does not exist

Merge pull request #5833 from masterleinad/fix_enriched_ice

Fix ICC-16 ICE in fe_enriched.h

Workaround ICC compiler bug

Merge pull request #5832 from masterleinad/fix_typo_finitelement

Fix typo FinitElement

Fix typo FinitElement

Merge pull request #5826 from Rombur/cusparse_assert

Cusparse assert

Merge pull request #5714 from masterleinad/replace_hypersphere

 Replace HyperShellBoundary by SphericalManifold in tests

Add changelog entry

Add AssertCusparse macro to check that a cuSPARSE routine was successful

Improve documentation

Clean up

Replace HyperShellBoundary by SphericalManifold in tests

Fix else branch in SphericalManifold::normals_at_vertices

Fix mpi/periodicity_01

Merge pull request #5830 from kronbichler/fix_mg_transfer_mf

Fix matrix-free transfer for multi-components FE and p>10

Add changelog.

Add test.

Fix transfer for high polynomial degrees.

Merge pull request #5819 from drwells/project-to-object-tol

Improve tolerances for errors near zero.

Merge pull request #5711 from masterleinad/simplify_normal_spherical

Simplify implementation for normal_vector and get_normals_at_vertices in SphericalManifold

Sort entries to the code gallery by their name, not their directory name.

separated tests for copying sub-matrices

Merge pull request #5825 from Rombur/fix_cuda

Fix a bug in a CUDA vector constructor

Simplify implementation for normal_vector and get_normals_at_vertices in SphericalManifold

corrections_I

improve documentation and minor clean-ups