Merge pull request #6830 from masterleinad/backward_compatibility_6816

Restore backward-compatibility for #6816

Merge pull request #6829 from davydden/minor/fix_hdf5_test

fix failing HDF5 test

Restore backward-compatibility for #6816

Merge pull request #6824 from dangars/clang_format_version

Choose the clang-format version

Merge pull request #6797 from masterleinad/back_interpolate_overload_resolution

Fix overload resolution for FETools::back_interpolate

Merge pull request #6784 from masterleinad/indent_example_step-45

examples/step-45: Update indenting and modernize

fix failing HDF5 test

Merge pull request #6799 from masterleinad/deprecate_p_d_headers

Also deprecate the p::d::[Block]?Vector header files themselves

Remove sparsity_patterns

Merge pull request #6804 from davydden/examples/step36_indentation

improve indentation of step-36 and minor cleanup

Merge pull request #6803 from davydden/examples/step18_indentation

improve indentation of step-18 and minor code cleanup

Merge pull request #6802 from davydden/examples/step8_indentation

update indentation in step-8 plus minor code cleanup

Choose the clang-format version

Merge pull request #6826 from Rombur/cuda_fix

Fix comments from  #6303

Merge pull request #6827 from davydden/minor/constraints

minor code cleanup in dof_tools_constraints

improve indentation of step-8 and minor cleanup

improve indentation of step-36 and minor cleanup

update indentation in step-8 plus minor code cleanup

minor code cleanup in dof_tools_constraints

Merge pull request #6825 from davydden/minor/reflow_comments_constr

reflow comments in dof_tools_constraints.cc

Move functions in cuda_solver_direc from internal to anonymous namespace

Merge pull request #6821 from masterleinad/fix_matrix_free_headers

Fix comments in @code blocks in matrix_free headers

use range loop

reflow comments in dof_tools_constraints.cc

Merge pull request #6808 from masterleinad/fix_autopilot_cuda

Fix using DEAL_II_INVOKE_AUTOPILOT with CUDA enabled

Merge pull request #6816 from davydden/feature/vector_data_ranges

extend/rename get_vector_data_ranges() to return extra element in the…

minor documentation fixes

Fix comments in @code blocks in matrix_free headers

Merge pull request #6815 from masterleinad/fix_formatting_data_out_base

Improve formatting in base/data_out_base.cc

Merge pull request #6812 from tamiko/switch-default-indent

contrib/utilities: rename to indent and indent-all

fix tests to work with the four element tuple

extend/rename get_vector_data_ranges() to return extra element in the tuple to represent DataComponentInterpretation

Improve formatting in base/data_out_base.cc

Merge pull request #6813 from davydden/minor/range_loop_in_write_vtu_main

range loop in write vtu main

add shortcuts for elements of the tupls

use range loop in write_vtu_main

Merge pull request #6809 from masterleinad/fix_msvc_compile

Define FE_NedelecSZ with a spacedim argument.

Merge pull request #6811 from davydden/doc/reflow_incode

reflow incode comments

update build system and documentation

fixup

contrib: update auxiliary scripts

contrib/utilities: rename to indent and indent-all

reflow incode comments more

reflow incode comments

Merge pull request #6810 from masterleinad/fix_macos_indent

Fix macOS indenting

Add a few blank lines

Fix macOS indenting

Define FE_NedelecSZ with a spacedim argument.

Fix using DEAL_II_INVOKE_AUTOPILOT with CUDA enabled

Merge pull request #6805 from tamiko/remove_volatile

remove DEAL_VOLATILE

remove DEAL_VOLATILE

Deprecated in 9.0.0. Good to go (and volatile is terminally broken for
threats anyway).

Merge pull request #6695 from drwells/generate-lapack-bindings

Generate lapack bindings

Merge pull request #6798 from masterleinad/remove_redundant_namespace

Remove redundant namespace identifier

Also deprecate the p::d::[Block]?Vector header files themselves

Merge pull request #6795 from bangerth/tolerance

Allow refine_fraction+coarsen_fraction to be slightly larger than 1.0.

Remove redundant namespace identifier

Merge pull request #6725 from jthano/trilinos_v_reinit_linear

TrilinosWrappers::MPI::Vector::reinit check parallel_partitioner is_ascending_and_one_to_one

Changelog entry

Fix back_interpolate overload resolution

Add a changelog entry.

Add tests.

Allow refine_fraction+coarsen_fraction to be slightly larger than 1.0.

This allows using 0.6 and 0.4, for example, when refining and coarsening meshes.

Use extra pressure mass matrix

Indent step-45

Modified reinit function to check if parallel_partitioner is_ascending_and_one_to_one and then pass this result to make_trilinos_map. The reason for this check is that if the check returns true, then make_trilinos_map may be able to create a linear epetra map.

added draft test

Added test. Test passes

Modified reinit function to check if parallel_partitioner is_ascending_and_one_to_one and then pass this result to make_trilinos_map. The reason for this check is that if the check returns true, then make_trilinos_map may be able to create a linear epetra map. Also added test and test output.

Fixed issues related to test and added change log

Renamed test files so that mpi test will happen. Also made minor edits to test file

Merge pull request #6789 from masterleinad/no_cuda_deprecated

Don't use __attribute__((deprecated)) with CUDA

Don't use __attribute__((deprecated)) with CUDA

Merge pull request #6786 from masterleinad/avoid_constraint_matrix_headers_h

Avoid constraint matrix headers h

Merge pull request #6787 from masterleinad/reintroduce_function_map_h

Reinsert dofs/function_map.h includes

Merge pull request #6771 from tamiko/affine_constraints_tests

AffineConstraints Cleanup #1: Switch all tests to AffineConstraints<double>

Merge pull request #6769 from masterleinad/fix_intel_compiling

Fix compiling with older Intel compilers

Avoid including constraint_matrix.h in examples

Avoid constraint_matrix.h in include/deal.II

Reinsert dofs/function_map.h includes

Merge pull request #6698 from masterleinad/clang_format_git_hook

Add clang-format git pre-commit hook

Merge pull request #6783 from bangerth/remove-unused-variables

Remove unused variables.

Move preprocessor check and add comments

Merge pull request #6776 from tamiko/remove_verbose_handler

Exceptions: Do not set verbose terminate handler

Merge pull request #6772 from tamiko/affine_constraints_deprecation

AffineConstraints Cleanup #2: Add file deprecation and add a note

Merge pull request #6768 from masterleinad/modernize-deprectated-headers

Use clang-tidy's modernize-deprecated-headers

Remove $ signs to indicate a prompt

reword comment

update documentation

Rephrase comment and update copyright year

Add clang-format git hook

indent_common.sh: Add a REPORT_ONLY mode

If REPORT_ONLY is set to true, indent and indent-branch only report
errors without actually modifying any files.

Remove unused variables.

Merge pull request #6775 from tamiko/update-step-1

examples/step-1: Update indenting

Merge pull request #6773 from tamiko/affine_constraints_documentation

AffineConstraints Cleanup #3: Update glossary entries

Exceptions: Do not set verbose terminate handler

All of this is entirely redundant nowadays. libstdc++ defaults to
setting the verbose terminate handler since (almost) forever. So all we
end up doing is setting something that is already the default.

Remove it.

Rationale:

 - libstdc++ (gcc) switched to __gnu_cxx::__verbose_terminate_handler a
   long time ago [1].

 - libc++ (clang) has its own verbose terminate handler. And above code
   snippet never worked there [2]:

Example:

```

struct my_exception : public std::runtime_error {
  my_exception() : std::runtime_error("Nope, not with me") {}
};

int main() { throw my_exception(); }
```

libstdc++:
terminate called after throwing an instance of 'my_exception'
  what():  Nope, not with me
zsh: abort (core dumped)  ./a.out

libc++:
terminating with uncaught exception of type my_exception: Nope, not with me

[1] https://gcc.gnu.org/onlinedocs/libstdc++/manual/termination.html

[2] The DEAL_II_HAVE_VERBOSE_TERMINATE check fails for libc++ because
    (of course) no __gnu_cxx:: namespace is available...

step-1: Reflow two paragraphs

doc/glossary: Update glossary on constraints

doc/glossary: Update trivial references to AffineConstraints

AffineConstraints: Improve wording and add a note

add a deprecation notice

Fix accidental renaming

tests: Adjust test output

tests: rename ConstraintMatrix to AffineConstraints

tests: Fix includes

Merge pull request #6777 from masterleinad/fix_includes_boundary

Add missing include files in boundary_*.h