Ammended native deal.II preconditioners and solvers for use in LinearOperators.

Improved: Native deal.II preconditioners can now be directly wrapped as
LinearOperators. This allows them to be used in the construction of more complex
linear solvers, such as where the approximate inverse to a matrix is to be
defined as a preconditioner to said matrix.

New: Added a LinearOperator test for deal.II SparseMatrix solvers and
preconditioners.

Added a test to check that the various combinations of deal.II solvers and
preconditioners (for the SparseMatrix type) work with the linear_operator and
inverse_operator functions. By 'work' one means that they both compile and also
produce a sensible answer.

Note that the preconditioners are expected to act as per usual (i.e. in the
preconditioner slot in inverse_operator) as well as a standard matrix type in
linear_operator. This is necessary as they will be used in this context later
when a schur_matrix_operator and approximate_schur_matrix_operator is developed.

Fixed: Reinitialised (zeroed) range vectors in the construction of an
inverse_operator before the solve calls. This corrects a bug wherein the
starting point of the solver was garbage leading to potential divergence in the
linear solver.

Merge pull request #1773 from asartori86/manifold_on_boundary

added set_all_manifold_ids_on_boundary(b_id,man_id)

added set_all_manifold_ids_on_boundary(b_id,man_id)

Merge pull request #1774 from tjhei/use_minor_dealii_version

define deal.II version always as X.Y.Z

define deal.II version always as X.Y.Z

Merge pull request #1772 from QiaoLei-88/step33_do_schlieren_plot

correct vector dimension check in step-33.

correct vector dimension check in step-33.

Merge pull request #1764 from drwells/mapping-q1-redundancy

Mapping q1 redundancy

Merge pull request #1766 from bangerth/fix-compilation

Fix compilation of (currently unused) header file.

Fix compilation of (currently unused) header file.

Remove the internal::MappingQGeneric namespace.

The diff git came up with is much more complex than what was actually
changed. This commit moves all the functions that were in
internal::MappingQGeneric into internal::MappingQ1 and places the new
combined namespace at the top of the file.

Remove duplicate copies of MappingQ1 functions.

During refactoring we ended up with two nearly identical copies of the
same three functions.

Merge pull request #1722 from Rombur/vector_space_vector

[RFC] Add VectorSpaceVector class.

Merge pull request #1761 from kronbichler/master

Set correct ghost layer for multigrid levels with periodic boundary conditions

More tests, including adpativity

List change

Add test

Fix ghost layer on MG levels for periodic boundary conditions

Merge pull request #1714 from tjhei/opencascade_build

update opencascade instructions

Merge pull request #1758 from asartori86/debug_release

made CMAKE_BUILD_TYPE=DEAL_II_BUILD_TYPE as default for external libraries

made DEAL_II_BUILD_TYPE default for external libraries

Merge pull request #1757 from tamiko/fix_system_libs

CMake: Update list of system libraries

Merge pull request #1756 from masterleinad/branch_abs_for_int

Add header file for std::abs(int)

Merge pull request #1421 from tamiko/branch_fix_step45

Replace obsolete step-45 with new version

Redesign step-45 to support existing functions for periodic boundary conditions

Documentation: Allow for @cond, @endcond skip statements in example steps

Modify the program2doxygen perl script such that statement enclosed with
@cond SKIP and @endcond are filtered:

//@cond SKIP
[.. everything that is ignored ..]
//@endcond

CMake: Update list of system libraries

Add header file for std::abs(int)

Merge pull request #1755 from masterleinad/branch_mapping_fe

Fixup order of template arguments in mapping_fe_field.h

Fixup order of template arguments in mapping_fe_field.h

Merge pull request #1753 from QiaoLei-88/namespace_placeholders

define namespace dealii::std_cxx11::placeholders

Merge pull request #1751 from bangerth/omit-petsc-trilinos-files

Omit PETSc/Trilinos wrappers when building without these libraries.

define namespace dealii::std_cxx11::placeholders

Merge pull request #1741 from drwells/mpi-seek-set

Check for MPI_SEEK_SET with CMake.

Merge pull request #1750 from tjhei/fix_parallelepiped

Fix parallelepiped

fix copyright year

Merge pull request #1733 from bangerth/further-FEValues-cleanups-36

Remove references to MappingQ1.

Omit PETSc/Trilinos wrappers when building without these libraries.

When building without PETSc, Trilinos, or SLEPc, the files we compile are empty.
There is no point doing so, so exclude them from compilation if they are not
needed.

changelog

remove duplicate code

Fix subdivided_parallelepiped

- missing reorder_cells() would generate unconnected cells
- faces had wrong boundary indicators (if colorizing)

Check for MPI_SEEK_SET with CMake.

This check was previously just embedded in a header, which caused some
confusing error messages, e.g.,

https://groups.google.com/forum/#!topic/dealii/2wPzS9wAzMM

This improves things by performing the check with CMake instead of
after (or during) compilation.

Merge pull request #1749 from bangerth/fix-warning-4

Fix a warning in optimized mode.

Fix a warning in optimized mode.

Merge pull request #1747 from bangerth/fix-non-mpi-compilation

Fix compilation without MPI.

Fix compilation without MPI.

This also fixes an issue where using std_cxx11::tuple did not work because
BOOST does not provide an operator< for it (C++11 appears to do so).

Merge pull request #1748 from bangerth/doc-update-37

Add something to the documentation.

Add something to the documentation.

Merge pull request #1746 from bangerth/fix-compilation

Fix compilation for non-C++11 compilers.

Merge pull request #1742 from danshapero/hotfix

Fix bug in compute_integrid_weights_2

Fix compilation for non-C++11 compilers.

Merge pull request #1740 from drwells/fix-doc-typos-5

Fix doc typos 5

Fix some erroneous names in the documentation.

For example: deal.II contains a 'DoFRenumbering' namespace and does not
contain a 'DoFRenumber' namespace. I removed references to the latter.

Add a missing noun to a sentence.

Fix some English word substitution typos.

In particular, this fixes substitution of 'loose' for 'lose' and 'ore'
for 'or'.

Fix some typos in the documentation.

Remove an incomplete sentence.

Fix bug in compute_integrid_weights_2

Merge pull request #1739 from QiaoLei-88/minorRefactor

a minor update on usage of increment operator

a minor update on usage of increment operator

Remove operator=, add operator*, and fix typo in the documentation.

Merge pull request #1738 from Rombur/fix_global_ID

Fix a bug in the grid_tools_local_to_global_vertex_id test.

Fix a bug in the grid_tools_local_to_global_vertex_id test.

Merge pull request #1736 from asartori86/fix_typo

Fix a couple of typos

fixed typos

Merge pull request #1735 from bangerth/fix-warning

Avoid a warning.

Merge pull request #1734 from bangerth/improve-error-message

Improve an error message

Avoid a warning.

Merge pull request #1720 from Rombur/global_vertex_id

Compute global index for the vertices

Get rid of an obscure exception with a poor message.

Instead, use a widely use variant.

Improve an error message.

Remove more references to MappingQ1.

This patch required some work by hand.

Mechanical changes to replace MappingQ1 by MappingQGeneric(1).

Merge pull request #1718 from agrayver/compute_intergrid_parallel

Make compute_intergrid_transfer_representation working in parallel

Add change entry

Minor fixes

Add test

Reindent

Make compute_intergrid_transfer_representation working for in parallel

Update documentation

Merge pull request #1730 from bangerth/update-step-7

Minor updates to the documentation of step-7.

Merge pull request #1729 from QiaoLei-88/TrilinosPrecAMG

Doc update and code refactoring of Trilinos AMG Preconditioner

refactor TrilonosWrapper::PreconditionAMG::initialize

doc TrilinosWrappers::PreconditionAMG::AdditionalData::constant_modes with more details

Merge pull request #1731 from drwells/fix-tparam-formatting

Fix some erroneous uses of @tparam.

Fix some erroneous uses of @tparam.

@tparam, unlike @param, starts a new paragraph where it is used. This
causes some strangely formatted documentation.

Add VectorSpaceVector class.

Minor updates to the documentation of step-7.

This implements suggestions by Hung-Chieh Chu.

Merge pull request #1726 from bangerth/further-FEValues-cleanups-35

Remove mention of MappingQ1 from the documentation.

Update tests.

Remove mention of MappingQ1 from the documentation.

In preparation to possibly deprecating MappingQ1 in favor of MappingQGeneric(1),
remove all mentions of MappingQ1 from the documentation.

Merge pull request #1725 from bangerth/further-FEValues-cleanups-35

Avoid using MappingQ1.

Remove a whole lot of uses of MappingQ1.

Rather, directly use MappingQGeneric, given that MappingQ1 is now
simply a shell to MappingQGeneric to preserve the name.

Merge pull request #1724 from bangerth/implement-unv-extension

Teach the UNV reader to understand more codes.

Run astyle.

Merge pull request #1723 from bangerth/update-step-42

Update to the step-42 documentation.

Add a changelog.

Teach the UNV reader to understand more codes.

This is a patch by Aslan Kosakian accompanied by a mesh sent by their group.

Update to the step-42 documentation.

This implements a suggestion by Korosh Taebi.

Merge pull request #1721 from alistairbntl/bdm_polynomials

Polynomials_bdm Documentation Edit

Polynomials_bdm Documentation Edit

  - The documentation suggests that the given functions are the
    the bdm shape functions when in fact they are the basis functions
    used to construct the bdm shape functions. I've reworded the
    documentation to clarify this point.