rename vectors to vector_tools

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25806 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix markup problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25805 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

move mpi namespace from trilinos_block_vector.h into new trilinos_parallel_block_vector.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25802 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25793 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25792 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25782 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add ip residuals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25781 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

ip residuals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25780 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

rename files for Matthias

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25778 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add cell residuals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25777 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add cell residual

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25776 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make sure people read step-40 before step-32.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25775 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

scalar boundary residuals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25773 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

boundary residuals

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25772 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow some matrix-vector ops to run on distributed objects.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25771 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent and minor text edits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25768 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updating tests for the point_value_history class
Two new tests have been added, point_value_history_02 tests the added functionality for vector fields.
point_value_history_03 tests the added functionality for scala fields.
point_value_history_01 tests backwards compatibility of the class. Note that the .cc file is unchanged. The output has changed slightly due to the new format of data files and status output, hence cmp/generic is updated.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25764 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Changed the method of specifying components from a list to a component mask.
Documented above changes, and provided comments clarifying that GridTools::find_active_cell_around_point can be used in the add_point(s) methods.
White space changes to improve the code structure.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25763 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

a first version of the documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25760 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

document support for clang

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25759 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid modifying a vector that has ghost elements.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25758 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25757 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

link PETSc 3.1+ to libpetsc instead of libpetsccall to fix linking on gcc 4.7

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25756 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update refs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25754 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

start testing laplacian

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25753 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disallow modifying operations on vectors with ghost elements.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25751 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More links into the glossary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25749 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify a glossary entry.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25748 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Be more verbose in the description of parameters.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25747 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add Frobenius inner product of two Tensor of rank 2

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25746 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add Patterns::Map. Also fix a number of minor issues with Patterns::List.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25745 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add several references to the glossary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25744 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Uwe Koecher: Avoid warnings about unused variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25743 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also set -m64 in CFLAGS if we do so in CXXFLAGS.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25742 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix list of authors of a patch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25741 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25740 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor edits. Make a function private that doesn't have to be in the
public interface.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25739 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem with Intel+MPI.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25738 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25737 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

document test better

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25736 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make test crash

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25735 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25734 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test for trilinos 10.12.1

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25733 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix introduced bug.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25732 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make deal.II deal with the situation that p4est might install into lib64/ instead of lib/.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25731 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use AC_SUBST instead of 'export'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25730 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a problem with the Cray C++ compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25729 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

added instantiations for parallel::distributed::Vectors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25728 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Piesewise multiplication of PETSc vectors and redocument.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25727 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make DoFTools::make_zero_boundary_constraints work in parallel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25725 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Abort if we can't produce the Makefile.dep file, whether or not the make_dependencies program terminated with an error.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25724 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Come up with a test that actually works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25723 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25722 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Several more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25721 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test for finite residual

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25720 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25719 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Restore comment and fix projection on faces.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25718 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replaced projection-based interpolation by explicit interpolation formulas wherever possible.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25717 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixed bug in find_active_cell_around_point

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25716 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed bug in find_active_cell_around_point. See the testcases bits/find_active_cell_8 and _9

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25715 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test for find_active_cell_around_point on a disconnected grid.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25714 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update publication

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25713 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update publication

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25712 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo an accidental checkin.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25711 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25710 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Go through changes.h and make it more consistent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25709 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Corrected the expected values.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25707 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update of the expected results

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25706 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test for find_active_cell_around_point. At the time of writing, this test fails, but the problem is identified and worked on.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25705 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more modifications to have consistency in various initializations of the partitioner.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25703 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct initialization of partitioner (bug pointed out by Martin Steigemann).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25702 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Route output into the output file, not onto the screen.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25701 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25700 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25699 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25698 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable one warning for Intel ICC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25697 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a conversion operator from VectorView to Vector. The problem is that
this operator here:

                                     /**
                                      * Implicit cast to const
                                      * Vector<Number>. This cast
                                      * allows the use of this object
                                      * everywhere a const
                                      * Vector<double> is required.
                                      */
    operator const Vector<Number> &() const;

will never be called as per the C++ standard because VectorView is derived
from Vector<Number> and the standard says this:

    A conversion function is never used to convert a (possibly cv-qualified)
    object to the (possibly cv-qualified) same object type (or a reference to
    it), to a (possibly cv-qualified) base class of that type (or a reference
    to it), or to (possibly cv-qualified) void.

Note the piece about the base class. In other words, the presence of the
operator in the current implementation has no impact since it will never be
called.

This also fixes the following warning from ICC:

/scratch/bangert/p/deal.II/1/deal.II/include/deal.II/lac/vector_view.h(173): warning #597: "dealii::VectorView<Number>::operator const dealii::Vector<PetscScalar={double}> &() const [with Number=PetscScalar={double}]" will not be called for implicit or explicit conversions
      operator const Vector<Number> &() const;
      ^
          detected during:
            instantiation of class "dealii::VectorView<Number> [with Number=PetscScalar={double}]" at line 925 of "/scratch/bangert/p/deal.II/1/deal.II/include/deal.II/lac/parallel_vector.h"
            instantiation of class "dealii::parallel::distributed::Vector<Number> [with Number=double]" at line 1023 of "/scratch/bangert/p/deal.II/1/deal.II/source/numerics/error_estimator.cc"
            instantiation of "void dealii::KellyErrorEstimator<1, spacedim>::estimate(const dealii::Mapping<1, spacedim> &, const DH &, const dealii::Quadrature<0> &, const dealii::FunctionMap<spacedim>::type &, const InputVector &, dealii::Vector<float> &, const std::vector<bool, std::allocator<bool>> &, const dealii::Function<spacedim> *, unsigned int, dealii::types::subdomain_id_t={unsigned int}, dealii::types::material_id_t={unsigned char}) [with spacedim=1,
                      InputVector=dealii::parallel::distributed::Vector<double>, DH=dealii::DoFHandler<1, 1>]" at line 156 of "/scratch/bangert/p/deal.II/1/deal.II/source/numerics/error_estimator.inst"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25696 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modified how the PointValueHistory class supports vector fields to allow a more consistent interface.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25695 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also remove coverage files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25693 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test that verifies what we get from the many MemoryConsumption functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25692 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement the memory_consumption() function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25691 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

mention that trilinos 10.10.2 is broken too

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25690 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use proper output file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25689 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25688 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties correctly on a few stragglers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25687 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set properties correctly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25686 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the same bug as before but in a similar function.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25685 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25684 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor indentation change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25683 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the same bug as before in several more places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25682 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-indent and untabify.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25681 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify code.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25680 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Several more tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25679 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make an input argument const to allow temporary objects. Break out a common idiom and re-factor it into a function of its own.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25678 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make tests more specific.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25677 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25676 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update copyright notice.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25675 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a target for coverage.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25674 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25673 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Handle the fact that Mapping::transform_real_to_unit_cell can now also
throw exceptions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@25672 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d