Merge pull request #624 from bangerth/minor-vector-cleanups

Minor vector cleanups

Fix another occurrence of allocate() in the serialization load function.

This also uncovers a memory leak we had.

Ensure we don't create a memory leak.

Since all arguments to Vector::allocate() are the same, remove it.

Move assertion whether we are out of memory to the location where we allocate it.

Merge pull request #623 from tjhei/simd_intel_part2

move EnableOpenMPSimdFor struct into parallel.h so it is public
use in tests/lac/intel-15-bug

move EnableOpenMPSimdFor to parallel.h, update test

- move EnableOpenMPSimdFor struct into parallel.h so it is public
- use in tests/lac/intel-15-bug

Merge pull request #620 from bangerth/introduce-DeclExceptionMsg

Introduce DeclExceptionMsg.

Convert ExcInternalError to DeclExceptionMsg.

Introduce DeclExceptionMsg.

Merge pull request #619 from bangerth/remove-exceptions-without-arguments-4

More work to make exceptions more meaningful.

Merge pull request #622 from drwells/remove-deprecated-mpi-macro

Remove use of `DEAL_II_COMPILER_SUPPORTS_MPI`.

Remove use of `DEAL_II_COMPILER_SUPPORTS_MPI`.
This macro was removed in favor of `DEAL_II_WITH_MPI` in early 2015;
see `doc/news/changes.h` for more information.

Merge pull request #608 from tjhei/no_long_double_simd

[WIP] Disabled SIMD vector operations for certain types

Disable SIMD vector operations for certain types

Disable long double SIMD instructions on ICC. This is to work around a
bug that generates wrong code at least up to intel 15 (see tests/lac
/vector-vector, tests/lac/intel-15-bug, and the discussion at
https://github.com/dealii/dealii/issues/598).

More work to make exceptions more meaningful.

Merge pull request #614 from bangerth/remove-exceptions-without-arguments-2

Significantly improve another exception that currently does not print any text.

Address Timo's concerns during review.

Merge pull request #618 from bangerth/remove-exceptions-without-argument-3

Remove assertion without argument.

Specifically, replace ExcNumberNotFinite with a way to provide both this number and a (lengthy) explanation of what may possibly have caused this problem.

Remove assertion without argument.

Specifically, replace ExcNumberNotFinite with a way to provide both this number and a (lengthy) explanation of what may possibly have caused this problem. I see my students struggle with this error.

Merge pull request #615 from tjhei/add_interpolate_assert

add size assert to VectorTools::interpolate

add size assert to VectorTools::interpolate

Significantly improve another exception that currently does not print any text.

Merge pull request #612 from bangerth/fix-thinko

Fix a thinko that in its current state makes no sense at all.

Fix a thinko that in its current state makes no sense at all.

Merge pull request #611 from bangerth/remove-exceptions-without-arguments

Remove exceptions without arguments.

Merge pull request #606 from QiaoLei-88/Step33CrankNicolsonFix

Step33 update (Crank-Nicolson scheme  & artificial viscosity)

format indentation and delete deprecated code

remove explicit memory allocation

Fix up previous commit. Improve other error messages.

Replace a common exception without argument by something that has a significant amount of descriptive text explaining what is happening.

Replace a common exception without argument by something that has a significant amount of descriptive text explaining what is happening.

Merge pull request #609 from tjhei/nocxx11_test_fixes

no cxx11 test fixes

one more 'spacial'

Improve grammar in exceptions.

Replace an exception without argument.

In this case, the exception is really an internal error that indicates an inconsistent state of our data structures. There isn't really a good reason to not use ExcMessage with some descriptive text.

Remove an exception that is declared but not actually used any more.

Remove an exception that is declared but not actually used any more.

Replace an exception without argument.

In this case, the exception is really an internal error that indicates an inconsistent state of our data structures. There isn't really a good reason to not use ExcMessage with some descriptive text.

Replace an exception without argument.

In this case, the exception is really an internal error that indicates an inconsistent state of our data structures. There isn't really a good reason to not use ExcMessage with some descriptive text.

no cxx1 test fixes

Fix two tests that won't compile without c++ 11

Responses to review comments

Repair indentation style

Merge pull request #607 from tjhei/intel_bug

add failing test on intel 15

add failing test on intel 15

This adds a simplified version of vector-vector.cc that fails in release mode on Intel.

Trim all trailing white blanks

Update URL of vedio image file in the result part

Merge pull request #604 from bangerth/more-tensor-fixes-2

More tensor fixes 2

Provide even more specializations of ProductType in non-C++11 mode.

Merge pull request #603 from tjhei/sparse_mic_optimization

SparseMIC optimization

Explicitly provide ProductType for Tensor<rank,dim> in non-C++11 mode.

Explicitly provide ProductType for Tensor<1,dim> in non-C++11 mode.

Provide more specializations of ProductType for the non-C++11 case.

Avoid C++11'isms.

Add another template specialization for ProductType.

SparseMIC optimization

It seems like we are computing a mat-vec just to overwrite it a couple
of lines later. Remove it.

Merge pull request #602 from tjhei/sparse_mic_fixes

fix SparseMIC

Merge pull request #601 from tjhei/open_cascade_error

fix error in opencascade assert

fix SparseMIC

We need to initialize the decomposition before we can look at this->m()
and this->n(). Bug got introduced in 27b50d8.

Merge pull request #599 from tjhei/fix_warnings

fix compiler warnings

that got introduced in 61a893a (#197)

fix error in opencascade assert

fix compiler warnings

that got introduced in 61a893a (#197)

Merge pull request #597 from bangerth/add-test-4

Update Utilities::split_string_list

Add another test. Update another.

Clarify some of the corner cases of the split_string_list() function.

Merge pull request #197 from rosskynch/fix_project_bv_curl_conf

Fix project bv curl conf

Merge pull request #595 from mfherbst/master

Use AlignedVector::size_type in all of table.h

Merge pull request #596 from tjhei/petsc_mat_compress

PETSc mat compress

fix a few broken tests

Looks like somebody messed up the VectorOperation in compress() in many
places.

Add a test for a patch by Menno Fraters this morning.

add compress() error checks for PETSc vectors

remove compress without args from all PETSc sparse matrix types

- compress() without arguments was deprecated and now got remove
- replace redundant LastAction enum in by VectorOperation
- add additional compress() check.

Merge branch 'master' of https://github.com/dealii/dealii

Use AlignedVector::size_type in all of table.h

In all classes of table.h the type Use AlignedVector::size_type is now
used for the calculation of indices for the values vector and the
indexing of elements in the values vector.

Note: This commit changes the interface of the n_elements function
in TableBase<N,T>

Merge pull request #594 from MFraters/patch-1

empty string in split_string_list fix

Added project_boundary_values_curl_conforming_l2() to VectorTools for
use with FE_Nedelec elements in 2D & 3D.

This includes a test code included in tests/deal.II to check it works correctly.

This new function uses an L2-projection on edges and
faces (only edges in 2D, both for 3D) to compute
the constaints and factors in the residual from the edge
projection when computing the face constraints. The original
function project_boundary_values_curl_conforming() has
problems with non-rectangular faces, this one does not. The
function assumes that the face orientations are standard (e.g. a
sphere may cause problems due to mismatched face orientations).

The test shows that project_boundary_curl_conforming_l2() works on a
distorted cube (non-rectangular faces) for a simple test case
(polynomial function).

Merge pull request #593 from bangerth/remove-deprecated-functions-13

Remove deprecated function SparseLUDecomposition::decompose.

Changed evaluation order

Update documentation.

Remove the SparseLUDecomposition::decomposed variable.

It is only ever written to, never read.

Use AlignedVector::size_type in Table::operator()

Use AlignedVector<T>::size_type as the integer type to carry out the
calculation of the index in the values AlignedVector object for the
various operator() and el() functions of Table<N,T> and its explicit
specialisations.

empty string in split_string_list fix

When an empty string or a string with only spaces is given to this function, the split_string_list function will ask in line 222 for name[-1], which will result in unpredictable behaviour. I propose to prevent this by adding a condition that the length of the string may not be 0.

Merge pull request #576 from dakshinai/master

modified filtered_matrix tests to work with square matrices only

Remove deprecated function SparseLUDecomposition::decompose.

Merge pull request #591 from tjhei/wrapcomments

wrapcomments

Merge pull request #592 from tjhei/ez_const_fix

add missing const

add missing const

Doxygen was rightfully complaining

sneak in documentation improvements

run wrapcomments

manual edits to doxygen comments

update wrapcomments script

handle many additional doxygen commands correctly

Merge pull request #588 from bangerth/unique_ptr

Add a workaround class for std::unique_ptr that can also be used in the ...

Merge pull request #590 from kronbichler/master

Comment on the behavior of FE_TraceQ as compared to FE_Q.

Merge pull request #589 from mfherbst/master

Use AlignedVector::size_type in TableBase::position

Comment on the behavior of FE_TraceQ as compared to FE_Q.

Merge remote-tracking branch 'upstream/master'

Use AlignedVector::size_type in TableBase::position

Use AlignedVector<T>::size_type as the integer type to carry out the
calculation of the position of the element indicated by the
TableIndices<N> object.

This has the advantage that a potential integer overflow for Tables
with sizes less than max long int in each dimension, but with more than
max long int entries is prevented.

Merge pull request #585 from kronbichler/master

Enable make_hanging_node_constraints with FE_TraceQ.

Add test case for static condensation with FE_TraceQ.

Enable make_hanging_node_constraints with FE_TraceQ.

Patch by Anton Evgrafov.