Merge pull request #12175 from peterrum/remove_names

Remove some names

Remove some names

Merge pull request #12140 from drwells/fix-intel-17-1

Fix compilation with intel 17, part 1

Merge pull request #12172 from masterleinad/fix_step-71

Address warnings about extra ';' in step-71

Merge pull request #12171 from tamiko/fix_test_02

mpi/data_out_hdf5_02: fix hdf5 output for dimensions 0 and 1

Merge pull request #12163 from peterrum/step77_typename

Step 77: add typename

Merge pull request #12169 from peterrum/fe_point_evaluation_zero

FEPointEvaluation: check if evaluation points are provided

Merge pull request #12165 from peterrum/generators_13

Update output of particles/generators_13

Merge pull request #12168 from peterrum/step-40-simplex-robust

Make output of tests/simplex/step-40 more robust

Address warnings about extra ';' in step-71

fix hdf5 output for dimension 0 and 1

Merge pull request #12161 from drwells/sparsity-pattern-exc

Use a better exception for handling missing sparsity patterns.

Merge pull request #12167 from peterrum/step-16-50-mpi-linear-operator

Fix PreconditionMG::get_mpi_communicator()

Merge pull request #12166 from peterrum/build_global_description_tree

Fix grid/build_global_description_tree

FEPointEvaluation: check if evaluation points are provided

Make output of tests/simplex/step-40 more robust

Merge pull request #12164 from peterrum/pex_cite

Fix cite for PEX

Fix PreconditionMG::get_mpi_communicator()

Fix grid/build_global_description_tree

Update output of particles/generators_13

Fix cite for PEX

Step 77: add typename

Merge pull request #11828 from peterrum/marching_cube

Add GridGenerator::MarchingCubeAlgorithm

Use a better exception for handling missing sparsity patterns.

Merge pull request #12159 from peterrum/update-copyright-2021

Update copyright years

Merge pull request #12157 from kronbichler/fix_empty_proc

p:f:Tria: Fix bug when a process does not own cells on a level

Update copyright years

Merge pull request #12158 from jppelteret/step-71-fixes_02

More doc fixes for step-71

Add test case

p:f:Tria: Fix bug when a process does not own cells on a level

Add GridGenerator::MarchingCubeAlgorithm

More doc fixes for step-71

Merge pull request #12156 from drwells/undeprecate-petsc-vector-set

Un-deprecate PETScWrappers::VectorBase::set.

Merge pull request #12154 from marcfehling/internal

Move `TemporarilyMatchRefineFlags` out of `internal` namespace.

Un-deprecate PETScWrappers::VectorBase::set.

We didn't implement import so there is no reason to deprecate this function yet.

Partially reverts 20a81f91beae2d022acebc833c1bca2321c67155.

Move `TemporarilyMatchRefineFlags` out of `internal` namespace.

Merge pull request #10393 from jppelteret/step-72

Step-72: The minimal surface equation using automatic differentiation (step-15 revisited)

Merge pull request #12153 from jppelteret/step-71-fixes_01

Fix some typos in doc for step-71

Merge pull request #12152 from bangerth/tests

Add the correct test.

Fix compilation with intel 17 (and a UCD bug).

In particular, the new function set_node_numbers sets up the internal node
numbers for patches in the deal.II numbering, not UCD or DX or anything else.
However, the code

    nodes[GeometryInfo<dim>::ucd_to_deal[0]] = start;

assumes the RHS values are numbered with UCD (e.g., that start is the global
index for local UCD vertex number 0), which is not correct. Hence: fixing this
bug corrected the UCD output for many tests.

Add step-72

Fix some typos in doc for step-71

Merge pull request #12015 from simonsticko/restrictions

Add classes restricting a function to a lower dimension

Add the correct test.

Merge pull request #10392 from jppelteret/step-71

Step-71: Introduction to automatic and symbolic differentiation

Merge pull request #12151 from peterrum/reference_cell_switch

Switch order of parameters in GridGenerator::reference_cell()

Merge pull request #12150 from peterrum/typo_ca

Fix typo

Switch order of parameters in GridGenerator::reference_cell()

Fix typo

Merge pull request #12128 from peterrum/feeval_print

Add FEEvaluation::fast_evaluation_supported()

Merge pull request #12148 from masterleinad/fix_aligned_vector_replicate_03_release

Fix base/aligned_vector_replicate_03.mpirun=3.release

Move barrier between step-6 and step-7

Merge pull request #12146 from masterleinad/fix_twisted_parallelepiped

Fix grid/twisted_parallelepiped

Fix base/aligned_vector_replicate_03.mpirun=3.release

Add step-71

Merge pull request #12147 from gassmoeller/fix_probabilistic_particle_generation_empty

Fix for particles in empty local triangulations

Merge pull request #12131 from bangerth/private

Mark members in ParticleAccessor as 'private'.

Merge pull request #12137 from masterleinad/fix_warnings_interface_values

Fix unused variable warning in fe_interface_values.h

Merge pull request #12145 from bangerth/nedelec-2

Small cleanups.

Merge pull request #12144 from bangerth/nedelec-1

Fix for particles in empty local triangulations

Fix grid/twisted_parallelepiped

Small cleanups.

Add a test.

Add an assertion.

Merge pull request #11953 from bangerth/step-76

Merge pull request #12111 from bangerth/table-y

Merge pull request #12139 from masterleinad/fix_simplex_test

Restrict simplex/step-17 to only run with PETSc support

Leave references to step-77.

Hook step-77 into the documentation.

Add the actual code of step-77.

Add the documentation for step-77.

Add the frame of step-77.

Merge pull request #12138 from peterrum/n_locally_owned_particles

n_locally_owned_particle_ids() -> n_locally_owned_particles()

Add FEEvaluation::fast_evaluation_supported()

Restrict simplex/step-17 to only run with PETSc support

Merge pull request #11158 from peterrum/step-67b

Add step-76

"n_locally_owned_particle_ids() -> n_locally_owned_particles()

Fix unused variable warning in fe_interface_values.h

Merge pull request #12136 from masterleinad/improve_pdt_without_p4est

Give reasonable error messages when trying to use p::d::Triangulation without p4est

Merge pull request #12130 from bangerth/formula

Fix markup for a formula.

Merge pull request #12133 from kronbichler/speedup_vertex_index

Implement cache to speed up TriaAccessor::vertex_index()

Comment unused arguments

Merge pull request #12134 from kronbichler/fix_test

MG test: Remove update_cell_dof_indices_cache for mg dof numbers

Merge pull request #12135 from kronbichler/tria_simplify_code

Simplify some code in TriangulationImplementation

Fix markup for a formula.

Give reasonable error messages when trying to use p::d::Triangulation without p4est

Simplify some code in Triangulation

Remove update_cell_dof_indices_cache for mg dof numbers

Changelog

Implement cache to speed up TriaAccessor::vertex_index()

Merge pull request #12132 from bangerth/range-based

Use range-based for loops.

Merge pull request #12129 from bangerth/15

Fix a potential bug in step-15.

Avoid a duplicate call to distribute().

Update changelog entry.

Add test.

Update documentation.

Provide TableBase::replicate_across_communicator().

Use range-based for loops.

These places also had some kind of complicated logic with only considering
'used' cells, but that is equivalent to using a non-raw iterator. Furthermore,
we only cared about cells that have the refine flag set, and that can only
happen if the cell is active. So just loop over the active cells instead.

Mark members in ParticleAccessor as 'private'.

This class is not meant to be derived from, and I *think* that the reason why
these members were only 'protected' and not 'private' is to somehow indicate
that these are members that 'friend' classes might access. But that is too
complicated an interpretation. Let's just make everything 'private', as
usual.