Merge pull request #2054 from bangerth/fix-dataoutfaces-in-parallel

Make sure DataOutFaces also works in parallel.

Add test.

Make sure DataOutFaces also works in parallel.

Merge pull request #2039 from bangerth/hook-in-code-gallery-4

Also install a code gallery page if not found during cmake time.

Merge pull request #2042 from bangerth/always-inline-some-tensor-functions

Always inline some tensor functions.

Mark all functions that are always_inline also as inline.

Add a changelog entry.

Use a portable syntax to always inline functions.

Check for the availability of the always_inline attribute.

If not available, simply set DEAL_II_ALWAYS_INLINE to the empty string.

Always inline some tensor functions.

This drastically reduces the time in assembly in ASPECT:

DEBUG:
| Assemble Stokes system          |         8 |      38.3s |        27% |
| Assemble temperature system     |         8 |      51.4s |        36% |
| Build Stokes preconditioner     |         3 |      13.8s |       9.7% |
| Build temperature preconditioner|         8 |     0.192s |      0.13% |
| Solve Stokes system             |         8 |      12.3s |       8.6% |

DEBUG WITH PATCH:
| Assemble Stokes system          |         8 |      30.8s |        25% |
| Assemble temperature system     |         8 |      41.7s |        34% |
| Build Stokes preconditioner     |         3 |      12.1s |       9.9% |
| Build temperature preconditioner|         8 |     0.192s |      0.16% |
| Solve Stokes system             |         8 |      12.2s |        10% |

(Run with 16 processors, using the testcase discussed in https://github.com/geodynamics/aspect/pull/654 .)

There are no significant differences in release mode with this patch,
as probably expected.

Merge pull request #2041 from bangerth/update-step-17-2

Rewrite the step-17 in-code documentation.

Merge pull request #2050 from jppelteret/fix_docs_schur_complement

Fixed formula typesetting in schur_complement linear operator doc.

Fixed formula typesetting in schur_complement linear operator doc.

Fixes #2049 .

Strengthen a warning.

Don't stack tutorial and code gallery.

The layout is simply not nice, and I want the tutorial to be a
top-level target from the menu.

Fix dependencies.

Also install a code gallery page if not found during cmake time.

This makes sure that we always have a doxygen target to link to available. The target
page may simply say that the code gallery was not available.

Merge pull request #2048 from kronbichler/master

Fix AlignedVector for classes that do not implement copy assignment

Address comments in the second round of reviews.

Update output due to change

Avoid initializing memory twice for non-trivial classes in table constructor.

Fix AlignedVector for classes that do not implement copy assignment operator.

Update authorship.

Reorder the declaration of member variables.

This allows a significant simplification of the code flow in the
constructor.

Address all but one point in the review of the previous commits.

More work on the documentation.

Go through the documentation of the first part of step-17.

Merge pull request #2047 from jppelteret/debug_tensor_1

Minor changes to Tensor class

Tensor::operator<< for dim==0 now accesses values by reference.

This is done instead of making a copy, and is useful when non-trivial
number types (e.g. auto-differentiable) are stored.

Tensor::operator[] should always return by reference.

One of the access operators returned by value, instead of by reference.

Merge pull request #2044 from kronbichler/master

Fix memory leak in AlignedVector

Update documentation

Merge pull request #2043 from bangerth/update-step-18

Add some more material to the introduction of step-18.

Comment on a couple of things brought up in review.

Mention change

Add another test

Fix memory leak in AlignedVector

Merge pull request #1956 from jppelteret/schur_operator

Schur operator

Minor stylistic changes.

Add some more material to the introduction of step-18.

Implementation of Schur complement linear operator and auxillary functions

A new linear operator representing the Schur complement,
namely schur_complement(), has been implemented. Some auxiliary functions
that are often used in conjunction with the Schur complement
(condense_schur_rhs() and postprocess_schur_solution()) are also provided
as a PackagedOperation. Addresses #1439 .

Merge pull request #2040 from bangerth/fix-changelog

Add a missing name to an entry in changes.h.

Add a missing name to an entry in changes.h.

Merge pull request #2017 from kronbichler/master

Parallel adaptive multigrid for parallel::distributed::Vector

Add instantiations

Fix 64 bit bug

Fix typo

Implement optimized copy for generic vectors

Augment documentation

Mention change

Test for parallel adaptive multigrid with matrix-free.

Implement parallel MGTransferPrebuilt for parallel::distributed::Vector

This commit includes a refactoring of MGTransferPrebuilt into a base class
MGLevelGlobalTransfer that contains the copy operation between the multigrid
hierarchy and the global degrees of freedom, including a specialization for
parallel::distributed::Vector that takes care of the particular behavior in
this vector type. It also allows us to use optimized access in terms of local
MPI indices.

Merge pull request #2037 from bangerth/hook-in-code-gallery-3

Hook in code gallery 3

Build and track a page that lists all code gallery programs.

Deal with ```...``` markdown commands.

doxygen doesn't appear to understand them, so replace them by the
doxygen equivalent.

Sort markdown files first.

This allows bringing any readme.md or similar files to the top.

Shorten text.

Skip header lines only for tutorial programs.

This leaves copyright notices and author information visible for
code gallery programs.

More accurately describe dependencies.

Copy annotated versions of .md and .cc files into the page.

Also provide links to them at the top.

Do not create the heading in program2doxygen.

Instead create it where we call it.

Merge pull request #2034 from jppelteret/adjust_lin_ops_tests

Minor adjustments to some linear operator tests

Create a gallery of pictures at the top of the page.

Merge pull request #2036 from guidokanschat/arpack_warning

Change the exception type to avoid the compiler warning

Change the exception type to avoid the compiler warning

Merge pull request #2035 from davydden/slepc_rework_fix

add missing DEAL_II_WITH_SLEPC in petsc_solver.h

add missing DEAL_II_WITH_SLEPC in petsc_solver.h

Properly track dependencies, and install copies of the code gallery.

Extend the stub to generate a page for each code gallery.

Provide the basic building blocks to hook in the code gallery.

In particular, track dependencies and set up a stub for generating doxygen input.

Renamed test to help "categorise" it correctly.

Fixed some tests.

linear_operator_08 failed when deal.II is not built with UMFPACK.
There's now a switch for that.

Merge pull request #1804 from davydden/slepc_rework

Allow usage of PETSc solvers/preconditioners in SLEPc spectral transformation

Merge pull request #2028 from bangerth/hook-in-code-gallery-2

Generate the legend for the tutorial connection graph automatically.

Merge pull request #2031 from kronbichler/cleanup_tests

Only run tests if MPI (and p4est for mg_transfer) is available.

further initialise()->initialize() and alike

make sure that inside solve() PETSc preconditioner has a matrix set

Merge pull request #2029 from tamiko/bugfix

Populate Tvmult and Tvmult_add of an inverse_operator correctly

Only run tests if MPI (and p4est for mg_transfer) is available.

Merge pull request #2030 from davydden/step54_input

step-54: move input vtk to a separate folder to avoid its removal by …

step-54: move input vtk to a separate folder to avoid its removal by make distclean

break indenting to make astyle happy

add a changes.h entry

Add a regression test

Merge pull request #2001 from tjhei/mg_remove_deprecated

remove deprecated stuff in MGConstrainedDoFs

Bugfix: Populate Tvmult and Tvmult_add of an inverse_operator correctly

Fix a typo in linear_operator.h: The transpose operation function-object
Tvmult was accidentally overwritten by Tvmult_add (and the latter left
uninitialized).

Merge pull request #2026 from kronbichler/vector_parallel_layout

Vectorize one loop

Add instantiations

Also generate the legend for the tutorial connection graph automatically.

This allows us to show the actual symbols for each kind, rather than having to
describe them in words.

De-emphasize connections to the code gallery.

Merge pull request #2025 from kronbichler/minor_multigrid_cleanup

Minor multigrid cleanup

Merge pull request #2027 from kronbichler/change_minimum_parallel_grainsize

Change minimum parallel grainsize of vector to power of 2

Change minimum parallel grainsize of vector to power of 2

Vectorize one loop

Correct header name

Re-enable deallog output in multigrid tutorials.

Merge pull request #2024 from drwells/update-relaxationtype-example

Update the documentation of RelaxationType.

Update the documentation of RelaxationType.

This commit consistently labels classes that satisfy this concept and
clarifies the description of the concept.

Merge pull request #2022 from bangerth/fix-markup

Fix markup of references.

Fix markup of references.

doxygen interpreted our bibtex-references as C++ code which led
to funny HTML markup. Fortunately, there is a way to tell
doxygen to interpret the code block as just some piece of text
it will not understand regardless of how hard it tries.