Make compiling scripts pretty (align=)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24263 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Stop configure making stuff up about PETSc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24262 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgrade SLEPc to petsc/slepc-dev

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24261 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put missing petsc-dev upgrade in

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24260 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgrade petsc solvers to petsc-dev

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24259 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgrade PETSc matrices to petsc-dev

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24258 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Upgrade PETSc vectors to petsc-dev

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24257 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Function check for PETSc dev - looks like version checks

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24256 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Function check for PETSc dev - looks like version checks

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24255 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

move assember file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24254 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

svn had swallowed these

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24253 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update mesh_conversion readme

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24252 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

super simple test script for the mesh_conversion tool

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24251 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update cubit/abaqus mesh conversion tool and update example files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24250 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update check for PETSC_VERSION

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24249 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix no-effect statement

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24248 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix header includes in meshworker

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24247 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

start moving meshworkwer

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24246 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement GridTools::volume.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24245 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24244 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some specializations for 1d since the generic code now also works for 1d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24243 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correct number of global refinements: should be five.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24232 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix stabilization for alpha=2: need to weight by entropy then. Also, the entropy needs to be computed against the average temperature.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24229 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a link. Fix a duplicate word.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24228 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing header file and update test output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24227 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing header file and update test output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24226 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove another test that is now no longer useful after r24219.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24225 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement getting and setting boundary indicators of triangulations in 1d as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24224 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24223 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix cut'n'pasto in exception message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24222 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove tests that are no longer supported.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24221 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24220 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

No longer try to call PETScWrappers::MatrixBase::compress() automatically, but instead only error out if the user tries to do something that won't work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24219 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

bibtex and standardize

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24218 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24217 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update papers

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24216 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Restore the previous precision and width of the stream after printing a timer summary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24215 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixed ConstraintMatrix::distribute() when a CPU has no own DoFs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24214 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output files for computing the exact boundary normal in no_normal_flux (r24198).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24213 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24212 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix bug in parallel::distributed::GridRefinement for a mesh with less cells than CPUs involved.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24211 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

document bug in parallel::distributed::refine_and_coarsen*() with more CPUs than cells

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24210 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add test that documents unwanted PETSc::MPI::SparseMatrix behavior. Currently disabled, because it hangs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24209 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove two macros we apparently don't need.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24208 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reduce the number of cells being refined. Make it compile with gcc 4.1.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24207 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Speed up dof_indices_with_subdomain_association.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24206 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not use typename outside of templates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24205 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24204 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave two TODOs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24203 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add Utilities::string_to_double.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24202 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make test more reliable by moving the temporary files into the ncpu_*
directory. This way the test can be run at the same time for different
cpu counts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24201 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make test more reliable by skipping writing/reading from files. It failed if run with different processor counts at the same time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24200 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ignore kdevelop4 project files throughout a bunch of directories.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24199 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compute normal vectors in no_normal_flux by querying the Boundary object, rather than the Mapping object.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24198 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add Boundary::normal_vector. Implement it. Test it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24197 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24196 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24195 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix DoFRenumbering::hierarchical for a distributed Triangulation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24194 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add one test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24193 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24192 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention Martin's fix for VectorTools::compute_no_normal_flux_constraints.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24191 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix member syntax.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24190 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update test description

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24189 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing no_flux test (need to fix DoFRenumbering::hierarchical() first

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24188 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

edit svn:ignore

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24187 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test for DoFRenumbering::hierarchical()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24186 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test for ConstraintMatrix with hanging nodes and no_normal_flux being
consistent in distributed computation:

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24185 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move the creation of the FEValues out of the inner loop so that we can
reuse things. Needs a bit of effort since we have to deal with
hp-DoFHandlers, but nothing too difficult.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24184 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reorder member functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24183 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24182 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

additional sanity checks in ConstraintMatrix in debug mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24181 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tests for DoFRenumbering::hierarchical().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24180 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add parallel test for DoFRenumbering::hierarchical()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24179 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Added GridRefinement:hierarchical() to reorder the degrees of freedom by going through the cells in hierarchical order. This ensures consistent DoF numbering in parallel computations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24178 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update after the changes to no_normal_flux.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24177 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Check in a fix provided by Martin Kronbichler for the problem that different
processors disagree as to which DoF to constrain, leading to an incredibly
difficult to find bug. This happened with step-32, so is a common enough case
trying to work around.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24176 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modify shell radius to make test fail.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24175 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use Q2 instead of Q1, set default output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24174 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add test that makes sure that no entries are written into constrained entries in assembly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24173 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Speed up initialization of MG transfer matrices by using a CompressedSimpleSparsityPattern that is later copied to a SparsityPattern.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24172 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24171 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix computation of eigenvalues when only a few iterations are done.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24170 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24169 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24168 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't make constructor of MappingQ explicit, after all. This sounded like a
good idea but at least gcc 4.1 has a bug in which it complains that the
following code can't be compiled:
.....................
struct Mapping {
    Mapping ();
    explicit Mapping (const Mapping &);
};

void push_back (const Mapping &);

int main () {
  push_back (Mapping());
}
.....................
The error is erroneous, but we get hit by it some 20 times in the
testsuite. I'm also not entirely sure whether it's worth the effort of putting
a test for this in aclocal.m4 and making the constructor explicit only if the
test succeeds...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24167 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24166 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Correctly set Point<dim,Number> as friend class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24165 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a Clang compiler error by resorting include files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24164 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also disable clang warnings when in optimized mode, since some of them are apparently run.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24163 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

In a forward declaration, use whether a type was actually declared as
a struct or class. This makes Clang happier.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24162 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

In a forward declaration, use whether a type was actually declared as
a struct or class. This makes Clang happier.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24161 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention Clang.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24160 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around a compiler error in clang.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24159 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make the copy constructor of MappingQ explicit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24158 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

It makes Clang happier if we forward declare things as struct instead of class if they are in fact declared as structs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24157 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add docuentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24156 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Regenerate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24155 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

When saying
  backward = backward;
this statement rarely does what one intended. Use
  this->backward = backward;
instead.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24154 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Detect and configure the clang C++ frontend for LLVM.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24153 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

It makes Clang happier if we forward declare things as struct instead of class if they are in fact declared as structs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@24152 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d