Refactor output thread; only perform IO asynchronously

add an configuration option

Revert "remove asynchronous IO mechanism"

This reverts commit 7980483d1654923c44f67491699b82e6b5ce4e51.

Merge pull request #9796 from kronbichler/improve_quarter_hyper_ball

Improve mesh quality of quarter hyper ball

Merge pull request #9801 from masterleinad/remove_pointer_matrix

Remove PointerMatrix*

Merge pull request #9758 from peterrum/parallel_namespace_problem

Explicitly spell dealii::parallel in multiple places

Remove PointerMatrix*

Changelog

Add pictures of new mesh

Improve mesh quality of quarter hyper ball

Merge pull request #9787 from luca-heltai/base64-encode-decode

Encode and decode Base64 format.

Merge pull request #9800 from masterleinad/minimize_boost_geometry

Minimize boost/geometry.h includes

Explicitly spell dealii::parallel in multiple places

Removed old Base64 code from data_out_base.cc

Encode and decode Base64 format.

Minimize boost/geometry.h includes

Merge pull request #9786 from masterleinad/remove_filteredmatrix

Remove deprecated class FilteredMatrix

Merge pull request #9791 from peterrum/DoFAccessor_use_hp_cache

Simplify DoFCellAccessor::distribute_local_to_global()

Simplify DoFCellAccessor::distribute_local_to_global()

Merge pull request #9789 from tjhei/point_no_boost_all

remove boost/geometry.hpp from Point

Merge pull request #9783 from peterrum/ph_pattern_segfault

Pass ExcNoMatch the description directly

remove boost/geometry.hpp from Point

We are including point.h in large parts of deal.II and the
boost/geometry/ header is a shortcut to include all of boost geometry.
Instead, only selectively include the parts we actually need. This
should speed up compilation of deal.II.

Merge pull request #9785 from masterleinad/remove_swappable_vector

Remove SwappableVector

Remove SwappableVector

Remove deprecated class FilteredMatrix

Merge pull request #9767 from kronbichler/mapping_info_output_variants

Add output variants for new MF::MappingInfo test

Merge pull request #9784 from masterleinad/constructor_eigenvalueinformation

Implement default initializer for EigenvalueInformation

Pass ExcNoMatch the description directly

Implement default initializer for EigenvalueInformation

Merge pull request #9490 from simonsticko/add_hyper_cube

Add header quadrature_generator.h

Add header quadrature_generator.h

Add a header to be used for implementing a QuadratureGenerator class, which
should generate immersed quadrature rules for the different regions of a cell
intersected by the zero contour of a level set function. Add a hypercube class
in a internal namespace QuadratureGeneratorImplementation, which is needed to
implement the underlying algorithm.

Merge pull request #9781 from kronbichler/bug_mg_ghost_layer_periodic

Fix a bug in mg ghost layer with periodicity and n_levels=1

Merge pull request #9780 from bangerth/26

Output time and time step in step-26.

Merge pull request #9779 from masterleinad/remove_mg_set_debug

Remove Multigrid::set_debug()

Merge pull request #9668 from agrayver/remove_doc_copypaste

Use copydoc for Python wrappers

Changelog

Test case

Make sure periodicity is set before constructing hierarchy

Update a changelog entry.

Output time and time step in step-26.

Change log entry

Update tests

Use signals in Multigrid::level_step()

Merge pull request #9773 from peterrum/paths_fix_order

Fix order of module graphs

Merge pull request #9775 from kronbichler/fix_utilities_pow

Avoid unnecessary integer overflow in Utilities::pow()

Merge pull request #9772 from bangerth/graph

Further try and disentangle the tutorial graph a bit.

Merge pull request #9776 from kronbichler/typo_mapping_info

MappingInfo: Use correct update flags for face quadrature fields

MappingInfo: Use correct update flags for face quadrature fields

Two test cases

Avoid unnecessary integer overflow of Utilities::pow()

Fix order of module graphs

Merge pull request #9769 from kronbichler/fix_mapping_fe_field_similarity

Fix mapping fe field similarity

Merge pull request #9770 from bangerth/67

Also make step-67 depend on step-40.

Test case for MappingManifold

changelog

Testcase

Remove cell similarity for MappingFEField as we cannot know that

Merge pull request #9000 from bangerth/nedelec

Fix a bug with a combination Q2 x Nedelec element.

Merge pull request #9771 from bangerth/doc

Fix broken documentation.

Further try and disentangle the tutorial graph a bit.

Fix broken documentation.

This was apparently mangled when we ran clang-indent the first time.

Also make step-67 depend on step-40.

Its parallel node step-69 does, and it only seems reasonable to retain that symmetry.

Merge pull request #9765 from rezarastak/table_handler_doc

Minor documentation changes for TableHandler

Merge pull request #9764 from peterrum/pow_t

Template Utilities::pow()

And again the fix for the project_bv_curl_conf_04 test

Remove Multigrid::set_debug

Merge pull request #9766 from kronbichler/fix_tutorial_graph

Follow-up to step-67: fix tutorial graph

Add output variants for new MF::MappingInfo test

Follow-up to step-67: fix tutorial graph

Minor documentation changes for TableHandler

Merge pull request #9763 from kronbichler/avoid_n_array_elements

Avoid deprecated VectorizedArray::n_array_elements

Template Utilities::pow()

Avoid deprecated VectorizedArray::n_array_elements

Merge pull request #8319 from kronbichler/step-67

step-67: explicit time integration with matrix-free implementations

Merge pull request #9761 from masterleinad/remove_block_matrix_array

Delete BlockMatrixArray and MeanValueFilter

Merge pull request #9755 from bangerth/graphs

Copy pieces of the module graph into some of the modules.

Merge pull request #9759 from masterleinad/fix_dof_tools_12a

Fix failing test dof_tools_12a

Merge pull request #9656 from kronbichler/mapping_q_optimize

Implement matrix-free evaluation of geometry for MF::MappingInfo

Changelog

Delete BlockMatrixArray and MeanValueFilter

Fix failing test dof_tools_12a

Changelog

One new test, one included in existing one

Implement matrix-free evaluation of geometry for MF::MappingInfo

Instantiate ShapeInfo for all vectorized arrays

Fix Wolfgang's final comments

Merge pull request #5 from bangerth/step-67-3

My last changes to step-67.

Merge pull request #9753 from masterleinad/remove_lapackfullmatrix_apply_lu_factorization

Remove deprecated LAPACKFullMatrix::apply_lu_factorization

Merge pull request #9754 from bangerth/52

Also output the current time in .vtu files in step-52.

Copy pieces of the module graph into some of the modules.

For some modules, this patch copies a subset of the big module graph into the
module documentation, with the current module highlighted. This makes it
easier to see the connections between modules not just from the documentation
front page, but also from the individual modules.

Merge pull request #9752 from masterleinad/remove_deprecated_set_manifold

Remove Triangulation::set_manifold()

Add a changelog entry.

Also output the current time in .vtu files in step-52.

Link to step-67.

Link to step-67 and 69.

Be pedantically correct when looping over cells.

More work on the .cc.

Remove deprecated LAPACKFullMatrix::apply_lu_factorization

Merge pull request #9750 from masterleinad/remove_deprecated_mg

Remove deprecated Multigrid related constructors and functions

Merge pull request #9751 from kronbichler/fix_link

step-69: Refer to step-60 for parameter subscription topic