Merge pull request #2016 from bangerth/update-step-17

Update the introduction of step-17.

Update based on review comments.

Add another paragraph.

Update a glossary entry.

Update the introduction of step-17.

Merge pull request #2015 from bangerth/more-vector-vector-to-Table

More vector vector to table

Merge pull request #2014 from bangerth/remove-unused-classes

Remove InternalData classes that are unused and apparently have been for a while

Merge pull request #2013 from bangerth/convert-vector-of-vector-to-Table2-2

Convert vector of vector to Table<2>

Also replace std::vector<std::vector<T>> by Table<2,T> in FE_PolyTensor::InternalData.

Also replace std::vector<std::vector<T>> by Table<2,T> in FE_Poly::InternalData.

Remove InternalData classes that are unused and apparently have been for a while.

Convert internal vector<vector<T>> to Table<2,T>.

This should improve data locality and simplify memory management.

Add more tests.

Add more functions to create ArrayView objects.

Merge pull request #2010 from bangerth/convert-vectorslice-to-arrayview

Convert the VectorSlice argument of Mapping::transform to ArrayView.

Convert the VectorSlice argument of Mapping::transform to ArrayView.

This will allow to change the underlying data type in which the data is stored because
ArrayView does not actually store this, in contrast to VectorSlice.

This patch is backward incompatible. However, this area has already been incompatibly changed
in recent months.

Merge pull request #2011 from drwells/add-space-to-exception-message

Add a missing space to an exception message.

Add a missing space to an exception message.

Merge pull request #2007 from tjhei/wrap_comments_lists

teach wrapcomments.py about nested lists

Merge pull request #2009 from bangerth/fix-warnings-4

Fix a warning.

Fix a warning.

GeometryInfo<dim>::lines_per_face is zero in 1d and 2d, so the comparison
  e<GeometryInfo<dim>::lines_per_face
is always false (as expected and intended) but the compiler warns about
this. Work around this by using signed integers.

Merge pull request #2006 from tjhei/timestepping_cleanup

cleanup TimeStepping documentation

teach wrapcomments.py about nested lists

cleanup TimeStepping documentation

Merge pull request #2003 from tjhei/changelog_entries

add changelog entries

add changelog entries

Merge pull request #2002 from tjhei/remove_warning

remove warning

Merge pull request #1998 from bangerth/add-array-view

Add an ArrayView class.

Add more tests.

Add test.

Add an ArrayView class.

remove warning

MSVC complains:
E:\dev\deal-git\source\numerics\error_estimator_1d.cc(197): warning C4138: '*/' found outside of comment [E:\dev\deal-git\buildtest\source\numerics\obj_numerics.debug.vcxproj]

Merge pull request #1922 from tjhei/build_tests

build_test fixes for MSVC

Merge pull request #1999 from tjhei/crash_in_sparse_matrix_ez

fix uninitialized members in SparseMatrixEZ

fix uninitialized members in SparseMatrixEZ

An uninitialized member would cause random crashes in
tests/lac/sparse_matrices_ez as documented by valgrind:

==31301== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s)
==31301==    at 0xB0C4614:
dealii::SparseMatrixEZ<float>::reinit(unsigned int, unsigned int,
unsigned int, unsigned int, unsigned int) (stl_vector.h:666)
==31301==    by 0x40F45C: main (sparse_matrix_ez.h:1400)

Merge pull request #1994 from tjhei/fix_step_26

fix constraint handling in step-26

fixes for MSVC

- fix path in documentation
- remove friend declaration MSVC chokes on
- fix unittest scripts (line endings)
- whitelist MSVC 2015 update 1 in bundled boost
- fix run target in examples
- do not specify target "all"
- cmake --build can not have a relative directory on windows
- need to specify build configuration
- need to pass generator along
- disable CRT debug dialog box in tests

fix constraint handling in step-26

A recent change in create_*_matrix now actually makes use of the
ConstraintMatrix argument breaking this example. We actually don't want
to apply constraints here, because they will be changing over time.

Merge pull request #1997 from drwells/add-petsc-wrappers-label-to-gmres

Add a missing PETScWrappers label.

Merge pull request #1996 from drwells/remove-dealii-memory-bug-check

Remove an unimplemented configuration option.

Add a missing PETScWrappers label.

Remove an unimplemented configuration option.

This option, for detecting leaks with deallog, was implemented in
d809993768 and is not supported by the current CMake configuration.

The usage of 'string' instead of 'std::string' implies that no one has
used this code recently.

Merge pull request #1949 from kronbichler/improve_parallel_vector

Add another compatibility function, improve documentation

Merge pull request #1995 from drwells/shifted-matrix-bugs-changelog-entry

Add a changes.h entry for shifted_matrix.h fixes.

Add a changes.h entry for shifted_matrix.h fixes.

Merge pull request #1993 from drwells/shifted-matrix-bugs

Shifted matrix bugs

Add a test for the generalized shifted matrix.

Fix issues pointed out by @slazav.

This commit fixes several compilation issues with
ShiftedMatrixGeneralized. This bug has been present since
cd072f5b77 (June 2001), so it looks like this class has never worked as
advertised.

Rename MASSMatrixType to fit the usual convention.

Merge pull request #1991 from masterleinad/petsc_prec

Different matrix for preconditioner in PETSc

Fix use of different matrices for linear system and preconditioner using PETSc

Merge pull request #1988 from bangerth/avoid-deprecated-function

Avoid using a deprecated function.

Merge pull request #1989 from bangerth/adjust-active_cell_index

Use cell->active_cell_index() instead of the double-indexed loop.

Use cell->active_cell_index() instead of the double-indexed loop.

Avoid using a deprecated function.

Merge pull request #1986 from bangerth/doc-update-46

Augment some error messages that previously had no associated text at all.

Augment some error messages that previously had no associated text at all.

Merge pull request #1985 from bangerth/remove-unused-exceptions

Remove two exceptions that are not used in deal.II any more.

Remove two exceptions that are not used in deal.II any more.

Add test, mention change

Provide read access to the MPI partitioner, improve documentation

Merge pull request #1980 from bangerth/doc-update-44

Update the documentation of the DoFTools::make_*_sparsity_pattern() functions.

Update the documentation of the DoFTools::make_*_sparsity_pattern() functions.

Merge pull request #1981 from bangerth/doc-update-45

Update the introduction to the concepts page.

Merge pull request #1975 from bangerth/minor-cleanups-3

Some minor cleanups.

Merge pull request #1982 from drwells/update-include-guards-3

Update some include guards to the new style.

Update the introduction to the concepts page.

Merge pull request #1972 from bangerth/doc-update-42

Update documentation in a couple of places.

Update some include guards to the new style.

These header files were added after the last check for old-style include
guards.

Merge pull request #1979 from luca-heltai/cad-edges

Fixed read IGES and STEP.

Fixed read IGES and STEP.

Merge pull request #1965 from drwells/describe-concepts

Describe concepts

Summarize the template changes in changes.h.

Fix some dead links in the preconditioners module.

Overhaul the documentation of Concepts.

Improve spacing in the preconditioners module.

Give the sparsity pattern module its own file.

There is no reason for this to be combined with the matrix header.

Reword an awkward sentence.

Merge pull request #1932 from bangerth/also-copy-edge-ids

Also copy edge boundary ids to manifold ids in copy_boundary_to_manifold_id().

Merge pull request #1977 from gassmoeller/fix_long_long_serialization

Provide serialization for long long TableEntry

Provide serialization for long long TableEntry

Merge pull request #1976 from bangerth/doc-update-43

Update documentation in a couple of places.

Update documentation in a couple of places.

Add test.

Also copy edge boundary ids to manifold ids in copy_boundary_to_manifold_id().

Merge pull request #1970 from bangerth/generalize-get_tria

Introduce Triangulation::get_triangulation()

Replace now deprecated call to get_tria() by get_triangulation().

Fix a piece of incorrect documentation.

Make a few internal variables, well, internal.

Update the list of requirements a template argument has to satisfy.

Adjust testsuite.

Deprecate (hp::)?DoFHandler::get_tria; introduce get_triangulation.

Update documentation in a couple of places.

Use the new function Triangulation::get_tria().

Add changelog entry.

Introduce a function Triangulation::get_tria().

This allows to treat DoFHandlers and Triangulations in a more generic way.

Merge pull request #1933 from gassmoeller/utilities_number_to_string

Add a Utilities::number_to_string function

Add entry to changes.h

Fix usage of int_to_string

Address some comments