Merge pull request #6087 from bangerth/fix-petsc

Fix iterating over entries of parallel PETSc matrices.

Merge pull request #6109 from masterleinad/use_reference

Avoid copies clang-tidy complains about

Merge pull request #6107 from davydden/feature/p_vector_compress_split

la::p::Vector: split compress() and update_ghosts() calls into chunks

Merge pull request #5989 from drwells/update-tbb

Update tbb

extend description

Avoid copies clang-tidy complains about

la::p::Vector: split compress() and update_ghosts() calls into chunks

Merge pull request #6080 from BenBrands/Inverse

ScaLAPACKMatrix::invert for non-symmetric matrices

Add a changelog entry.

Add a test.

Merge pull request #6097 from bangerth/timer-output

Use TimerOutput::Scope in step-32.

Fix iterating over entries of parallel PETSc matrices.

Previously, it was not possible to iterate over the local range because
one would have to call
  matrix.end(row)
where 'row' is the last locally owned row, and that triggered an
assertion because this end iterator is also the begin iterator of
the next row -- which is not locally owned any more.

Fix this.

Merge pull request #6108 from bangerth/fix-step-35

Fix odd use of comma operator.

Fix odd use of comma operator.

step-35 uses an odd way of concatenating two 'void' statements, using
operator comma where a semicolon was intended. Fix this.

This was pointed out to me by my student Chen Shen.

Merge pull request #6104 from masterleinad/fix_minmax_cell_diameter

Let GridTools::minimal/maximal_cell_diameter return global values

Let GridTools::minimal/maximal_cell_diameter return global values

Merge pull request #6103 from tamiko/update_test_script

CMake: Do not require a special name for TRACK="Continuous"

Use TimerOutput::Scope in step-32.

This program still used the old, manual enter_section/leave_section()
functions. We know these days how to do this better.

Merge pull request #6102 from davydden/bugfix/parall_vector_compress

la::p::Vector::compress(insert) now correctly zeroes ghosts

CMake: Do not require a special name for TRACK=continuous

bugfix: la::p::Vector::compress(insert) now correctly zeroes ghosts

Merge pull request #6088 from tamiko/preprocess_prm_in

CMake: Preprocess testsuite parameter files

Merge pull request #6100 from masterleinad/fix_minmax_cell_diameter

Fix GridTools::minimal/maximal_cell_diameter for p::d::Triangulation

Merge pull request #6099 from davydden/feature/improve_partitioner

improve MPI::Partitioner for the case of empty owned DoFs with with non-empty ghosts

Merge pull request #6095 from davydden/doc/partitioner

give example of Utilities::MPI::Partitioner

doc: give example of Utilities::MPI::Partitioner

Merge pull request #6090 from luca-heltai/fix-occ-normal-to-mesh

Fix bug in NormalToMeshProjection

Fix GridTools::minimal/maximal_cell_dimaeter for p::d::Triangulation

improve MPI::Partitioner to support empty ArrayView for owned DoFs

Merge pull request #6098 from tamiko/add_rpath

CMake: Add rpath to example steps

CMake: Add rpath to example steps

Quoting from the documentation [1]
  """
  CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH is an interesting and very useful
  option. When building a target with RPATH, CMake determines the RPATH
  by using the directories of all libraries to which this target links.
  Some of these libraries may be located in the same build tree, e.g.
  libbar.so, these directories are also added to the RPATH. If this
  option is enabled, all these directories except those which are also
  in the build tree will be added to the install RPATH automatically.
  The only directories which may then still be missing from the RPATH
  are the directories where the libraries from the same project (i.e.
  libbar.so) are installed to. If the install directory for the
  libraries is not one of the systems default library directories, you
  have to add this directory yourself to the install RPATH by setting
  CMAKE_INSTALL_RPATH accordingly.
  """

Well, let's simply add the missing rpath to the install location for our
example binaries then. We guard this with
CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH in case augment the INSTALL_RPATH
so that CMake doesn't populate any rpath in case the user doesn't want
that.

[1] https://cmake.org/Wiki/CMake_RPATH_handling

Fixes #6096

Merge pull request #6081 from bangerth/fix-copy_from

Fix quadratic behavior of SparsityPattern::copy_from().

Merge pull request #6094 from masterleinad/fix_cone_04

Fix cone_04

Merge pull request #6092 from tamiko/fix_a_test_10

Tests: Provide output variants for clang-6 and libc++

Fix cone_04

Merge pull request #5959 from drwells/transpose-table-iterator

Transpose table iterator

Merge pull request #6091 from tamiko/fix_check

CMake: Also propagate compiler and linker flags to the boost check

Merge pull request #6093 from tamiko/fix_a_test_11

Tests: Do not print memory consumptions in fe/fe_move_0? tests

Tests: Do not print memory consumptions in fe/fe_move_0? tests

The memory consumption is simply not stable with respect to architecture
and standard library.

The test remains useful - the actual contents of the moved elements is
still printed and compared in a unique (and stable) manner.

Further, remove output variants for clang9_darwin - I checked that the
output is now the same.

Tests: Provide output variant for clang-6 and libc++

The renumbering in dofs/dof_renumbering_02 changes slightly when libc++
is used. Let's add an output variant.

Implement a random-access iterator for TransposeTable.

CMake: Also propagate compiler and linker flags to the boost check

Add a new header for implementing random-access iterators.

doc: Update documentation

Add another test.

Ensure we get no segmentation faults for empty matrices.

Relax a couple of assertions for empty matrices.

Fix bug in normal to mesh projection due to Boundary -> Manifold

Merge pull request #6071 from tamiko/fix_a_test_4

tests: sundials/harmonic_oscillator_04 increase precision

add a news/changes entry

CMakes: Preprocess testsuite parameter files

Add a third test variant consisting of a .prm.in file:
  test.output
  test.prm.in

The test.prm.in file is preprocessed by CONFIGURE_FEATURE to a test.prm
file substituting all @VARIABLE@ string with the corresponding CMake
variable.

Tests: Add a test that checks the *.prm.in mechanism

This small test checks whether the testsuite correctly picks up an
configures a test consisting of
      parameter_file.prm.in
      parameter_file.output

Tests: Add a test that checks the *.prm mechanism

This small test checks whether the testsuite correctly picks up a test
consisting of
  parameter_file.prm
  parameter_file.output

ScaLAPACKMatrix::invert() for non-symmetric matrices

Merge pull request #6078 from tamiko/fix_a_test_7

tests: lac/*vector_add_and_dot*

Merge pull request #6079 from tamiko/fix_a_test_8

VectorTools: Increase max iterations in project_matrix_free

Merge pull request #6083 from bangerth/fix-step-35

Do not make a variable in step-35 static.

Add a changelog entry.

Do not make a variable in step-35 static.

Static variables are only initialized once at the beginning of the run. Here,
we have a vector that is marked as 'static' but this really only works because
we never do mesh refinement in this program and consequently (i) the originally
set size continues to be correct, and (ii) the code below sets every vector
element, rather than add to it.

Merge pull request #6082 from bangerth/fix-typo

Fix a grammar error.

Fix a grammar error.

Add a test.

Fix quadratic behavior of SparsityPattern::copy_from().

tests: sundials/harmonic_oscillator_04 increase precision

VectorTools: Increase max iterations in project_matrix_free

Here is a funny one. Running the test
  numerics/project_q_hierarchical_2
with DEAL_II_NUM_THREADS=2 OMP_NUM_THREADS=2 (as done on the tester)
worsens the reduction rate enough to run into the maximal iteration
limit. Solve this issue by slightly increasing the maximal allowed
number of iterations.

tests: lac/*vector_add_and_dot*

These three tests change output slightly (but unfortunately just above
our numdiff rounding threshold) depending on whether DEAL_II_MAX_THREADS
is set (and to what value).

So let's add another output variant for those three tests.

Merge pull request #6077 from masterleinad/fix_docu_mpi_minmaxavg

Fix documentation of Utilities::MPI::MinMaxAvg

Merge pull request #5899 from davydden/lapack_doc

doc: use LaTeX in LAPACKFullMatrix

Merge pull request #5994 from masterleinad/avoid_clash_class_namespace

Avoid clashes of class names and namespace names

Merge pull request #6064 from masterleinad/avoid_std_iterator

Avoid deriving from std::iterator

Merge pull request #6075 from kronbichler/tensor_inline_functions

Mark more basic Tensor operations as always_inline

Fix documentation of Utilities::MPI::MinMaxAvg

Merge pull request #6049 from davydden/feature/sparse_matrix_mpi_summ

 make Utilities::MPI::sum() support SparseMatrix

minor

Merge pull request #6068 from tamiko/fix_a_test_1

tests: Increase output precision for fe/rt_bubbles_(14|15)

Merge pull request #6063 from BenBrands/update_property_state

ScaLAPACKMatrix: change setting of state variable at various places

Merge pull request #6072 from tamiko/fix_a_test_5

tests: lac/*vector_add_and_dot_complex increase output precision

Mark more basic Tensor operations as always_inline.

Merge pull request #6067 from tamiko/fix_complex_petsc

Bugfix: Set a value to zero with a floating point literal

Merge pull request #6073 from tamiko/fix_a_test_6

tests: sharedtria/communicate_active_fe_indices_01b add an output variant

Avoid deriving from std::iterator

Merge pull request #6069 from tamiko/fix_a_test_2

tests: make distributed_grids/1d_grid robust

tests: make distributed_grids/1d_grid robust

Merge pull request #6066 from bangerth/doc-update

Update a couple places where we do markup by hand.

tests: sharedtria/communicate_active_fe_indices_01b add an output variant

tests: lac/*vector_add_and_dot_complex increase output precision

Merge pull request #6070 from tamiko/fix_a_test_3

tests: metis/metis_02 add yet another output variant

tests: metis/metis_02 add yet another output variant

tests: Increase output precision for fe/rt_bubbles_(14|15)

Bugfix: Set a value to zero with correct number type

Otherwise deal.II fails to build with complex-valued PETSc scalar:

.../source/non_matching/coupling.cc:241:29: error: ambiguous overload for ‘operator=’
(operand types are ‘dealii::FullMatrix<std::complex<double> >’ and ‘int’)

                 cell_matrix = 0;
                 ~~~~~~~~~~~~^~~

Update a couple places where we do markup by hand.

Merge pull request #6065 from tamiko/silence_a_warning

Remove superfluous ;

Remove superfluous ;

check that size of ArrayView in internal::all_reduce() is the same across the given communicator

Corrections

doc: use LaTeX in LAPACKFullMatrix

change setting of state variable at various places

Merge pull request #6051 from bangerth/minor-update

Minor update to FETools::get_interpolation_difference_matrix().

Merge pull request #6060 from bangerth/use-static-assertion

Convert an Assert into static_assert.

make Utilities::MPI::sum() support SparseMatrix