Merge branch 'master' into petsc-bddc-preconditioner

Added missing header

Merge pull request #13648 from bangerth/boundary-ids

Add DataPostprocessors::BoundaryIds.

Add another test.

Add another comment about which element one could use.

Merge pull request #13672 from drwells/improve-tutorial-graph-1

Improve tutorial graph

Merge pull request #13674 from kronbichler/use_renumbering_mf

Use renumbering of DoFs for step-37 benchmark

Merge pull request #13666 from marcfehling/step75-link

step-75: added link to external repository.

Tutorial graph: improve tree structure by adding more fake nodes.

Use renumbering of DoFs for step-37 benchmark

Tutorial graph: do not explicitly depend on grandparent nodes.

Tutorial graph: remove Stokes dependence from step-85.

This step doesn't have anything to do with FSI.

Tutorial graph: Remove multigrid dependence from step-12b.

Tutorial graph: remove circular dependencies.

step-39 depends on step-12b
step-61 depends on step-51

Merge pull request #13669 from luca-heltai/robust-cgal-detection

First try at detecting CGAL more robustly.

Merge pull request #13665 from drwells/modernize-c++-header

Avoid mentioning deprecated code in examples.

Modernize the header documenting our C++11 and newer support.

First try at detecting CGAL more robustly.

Merge pull request #13663 from zjiaqi2018/MGConstrainedDoFs-add-boundary-indices

MGConstrainedDoFs::add_boundary_indices()

Merge pull request #13653 from luca-heltai/cgal-surface-mesh

Add CGAL::Surface_mesh support

Merge pull request #13667 from drwells/fix-obscure-tria-numbering-problems

Fix a DoFRenumbering issue with serial data structures.

Fix the default constructor in NumberCache.

We should just delegate so that this is equivalent to zero DoFs.

Fix a DoFRenumbering issue with p::s::T.

This can happen if some processors don't have any degrees of freedom (e.g., we
run in parallel with only one cell in the triangulation). This crashed in a
spectacular way since this test would ultimately call MPI_Allgather with
different types at the same time.

The correct workaround here is to verify that all processors are doing the same
type of renumbering.

Make sure we use recent versions of CGAL.

step-75: added link to external repository.

Merge pull request #13628 from kronbichler/mf_renumbering

 Add a new renumbering function for data locality with MatrixFree

documentation

Merge pull request #13543 from nfehn/docu_remove_indentation

remove notes on indentation from documentation

Merge pull request #13627 from singima/gloss_edit

Glossary edit for material ids

add_boundary_indices

Merge pull request #13660 from drwells/fesystem-indexing

Implement proper indexing tables in FESystem::compute_fill().

This is about twice as fast as the old version.

Trying to fix FindCGAL.

Renamed function. Added boost header.

Code review.

Get ref_cells by reference

Address some comments

Added CGALWrappers::to_cgal_mesh()

Merge pull request #13644 from luca-heltai/cgal-support

Added support for CGAL library.

Code review.

Merge pull request #13593 from DaneilSun/dev

Installation problem with MPI on Windows

Merge pull request #13659 from drwells/avoid-sacado-warnings

Silence warnings from Sacado in user projects.

Add a test to validate changes to FESystem indexing.

Clean up some whitespace in fe_system.h.

Update cmake/modules/FindCGAL.cmake

Co-authored-by: Jean-Paul Pelteret <jppelteret@gmail.com>

Merge pull request #13654 from gassmoeller/ghost_particle_property_pool_breakage

Ghost particle property pool breakage

Silence warnings from Sacado in user projects.

Merge pull request #13658 from simonsticko/assert_runge_kutta_method_chosen

Assert that a method was choosen in the time stepping methods.

Make indent and improve test documentation.

Make sure also user include dir is set.

Assert that a method was choosen in the time stepping methods.

If one does not pass a runge_kutta_method to the constructor of one
of the TimeStepping::*RungeKutta classes and forgets to call the
initialize(..)-function, the program crashes with a poor error
message. Add asserts to get more descriptive error messages.

Merge pull request #13564 from bangerth/valgrind

Provide a count_cycles() function.

Merge pull request #13625 from elauksap/enable_abort_on_exception

Add enable_abort_on_exception

Merge pull request #13655 from bangerth/doc-77

Update documentation in DataOutFaces.

Make sure we test cgal support in Github CI.

Added CGAL in html docs.

Update documentation in DataOutFaces.

Add another test.

Also deal with internal faces.

Merge pull request #13652 from kronbichler/instantiate_periodicity

Instantiate make_periodicity_constraints for all scalar numbers

Added support for CGAL library.

Co-authored-by: Luca Heltai <luca.heltai@gmail.com>

Fix bug in particle list sort

Instantiate make_periodicity_constraints for all scalar numbers

Merge pull request #13650 from bangerth/tests-2

Remove unnecessary include.

Merge pull request #13645 from jppelteret/step-44_fe_space_01

step-44: Change the FE space used for p,J

Remove unnecessary include.

Add a test.

Add a changelog entry.

Mention DataPostprocessors::BoundaryIds in the glossary.

Add DataPostprocessors::BoundaryIds.

Qualify the use of a namespace.

step-44: Change the FE space used for p,J

Merge pull request #13647 from luca-heltai/fix-doc

Add function to simplex docs.

Add function to simplex docs.

Add simple test that breaks property pool in debug

Merge pull request #13636 from peterrum/MGTransferBlockMatrixFreeBase_copy_to_mg

Simplify MGTransferBlockMatrixFreeBase::copy_to_mg()

Merge pull request #13591 from NiklasWik/RT_matrix_free

Matrixfree evaluation with `FE_RaviartThomasNodal`

Clean up interfaces and add better initialization options

Changelog

New test cases

Add new renumbering functions for MatrixFree data locality

Glossary material id edit

Merge pull request #13641 from peterrum/mg_level_object_back

Implement MGLevelObject::back()

fix: building problem with MPI on Windows system

Matrix-free evaluation of FE_RaviartThomasNodal

Test added for matrix-free RT
Split of evaluation_template_factory.templates.h
Decrease FE_EVAL_FACTORY_DEGREE_MAX to 2 for windows vm

Implement MGLevelObject::back()

Merge pull request #13626 from singima/xdmf

Changes to XDMFEntry to use uint64_t data types

add link to github wiki

remove notes on indentation from documentation

Merge pull request #13634 from peterrum/use_fast_hanging_node_algorithm_remove

Remove parameter use_fast_hanging_node_algorithm from MF

Merge pull request #13610 from zjiaqi2018/get-function-jumps-etc

FEInterfaceValues::get_jump/average_*_function_values

Simplify MGTransferBlockMatrixFreeBase::copy_to_mg()

Remove parameter use_fast_hanging_node_algorithm from MF

Merge pull request #13630 from drwells/cleanup-includes

Cleanup includes

Merge pull request #13632 from simonsticko/discrete_quadrature_generator_triangulation_cell

Change cell type passed to DiscreteQuadratureGenerator::generate()

Add a documentation note to the generate()-function.

Delete some not-needed objects from test of DiscreteQuadratureGenerator.

Change cell type passed to DiscreteQuadratureGenerator::generate()

The cell passed to the generate()-functions does not need to have
dofs associated with it. The cell will be cast to an iterator of
the correct type internally. Change the parameter type of the
generate function to Triangulation::active_cell_iterator.