Remove now obsolete files

update the changelog file for the release

Merge pull request #17355 from tjhei/fix-nonlinearsolverselector-mpi

fix NonlinearSolverSelector MPI_COMM

Merge pull request #17370 from tamiko/fix_cmake_warning

CMake: fix syntax warning

CMake: fix syntax warning

Merge pull request #17366 from kronbichler/fe_eval_fix_template_submit_value

FEEvaluation: Allow submit_value with Tensor<1,1> more often

Merge pull request #17356 from bangerth/task-result-5

Introduce TaskResult::empty().

Merge pull request #17367 from kronbichler/changelogs

Add two matrix-free-related changelog entries

Merge pull request #17364 from kronbichler/speedup_transfer

MGTwoLevelTransfer with MatrixFree option: Skip fine constraints

fix NonlinearSolverSelector MPI_COMM

We forgot to initialize the mpi communicator inside this class, which is
then passed to SUNDIALS and causes random crashes.

Fixes #17326.

Avoid locking in some cases.

One more

Add changelog

Simplify test case

FEEvaluation: Allow submit_value with Tensor<1,1> more often

Merge pull request #17362 from tamiko/cmake_clean_up_status_message

CMake: clean up Tpetra warnings

MGTwoLevelTransfer with MatrixFree option: Skip fine constraints

Merge pull request #17332 from sloriot/CGAL-6.0

Compatibility with CGAL 6.0

CMake: clean up TPetra warnings:

 - use our CMake indent style
 - avoid declaring unused DEAL_II* variables
 - make Tpetra status message shorter

Merge pull request #17358 from kronbichler/remove_tasks

FETools: Remove tasking from compute_embedding_matrices

Merge pull request #17357 from kinnewig/fix-tpetra-vector-copy-assignment

Allow the assignment onto vectors with one-to-one map.

Merge pull request #17360 from marcfehling/dependency

Fix some dependencies.

add a news/changes entry

compatibility with CGAL 6.0

Merge pull request #17359 from marcfehling/fix-warning

Fix warning in check_solver_within_range().

Fix dependencies.

Fix warning in check_solver_within_range().

FETools: Remove tasking from compute_embedding_matrices

Allow the assignment onto vectors with one-to-one map.

Merge pull request #17349 from tamiko/fix_tests_for_clang_02

Test dofs/dof_renumbering_(04|07): do not compare output

Merge pull request #12429 from bangerth/step-83

step-83: checkpoint/restart and serialization

Add a test.

Use TaskResult::empty().

Introduce TaskResult::empty().

Merge pull request #17353 from bangerth/task-result-3

Drop TaskResult::wait_and_move_result() in favor of join().

Merge pull request #17345 from kronbichler/fix_reference_cell

Periodic boundary conditions: Fix orientation problem

Merge pull request #17354 from kronbichler/fix_dof_renumbering_02

Use a more stable numbering for DoFRenumbering::downstream

Merge pull request #17328 from bangerth/try-emplace-2

Add another test for TaskResult::try_emplace_task().

Merge pull request #17346 from marcfehling/windows-zlib

Do not disable ZLIB on Windows.

Merge pull request #17329 from bangerth/task-result

Fix TaskResult::clear().

Merge pull request #17352 from tamiko/fix_tests_for_clang_05

Test serialization/fe_series_(01|02): add output variant

Merge pull request #17347 from kronbichler/extend_mg_operators

MGTwoLevelTransfer: Extend new MatrixFree-based to multiple components

Merge pull request #17351 from tamiko/fix_tests_for_clang_04

Test hp/dof_renumbering_04: add output variant

Merge pull request #17350 from tamiko/fix_tests_for_clang_03

Test grid/grid_generator_pipe_junction: do not compare test output

Merge pull request #17348 from tamiko/fix_tests_for_clang_01

Test opencascade/stl_(write|refinement): disable floating point exceptions

Test dofs/dof_renumbering_(04|07): do not compare output

These tests depend on boost and  are simply not stable. Instead of
adding a fourth output variant for clang version 18 onwards let's remove
all output variants and only run the tests.

Merge pull request #17344 from tamiko/sundials_update_04

Test sundials/arkode_01: add output variant for sundials 7

Merge pull request #17343 from tamiko/sundials_update_03

Test sundials/ida_(06|07): add output variant with repeated line removed

Merge pull request #17341 from tamiko/sundials_update_02

Test sundials/kinsol_08: remove calls to deprecated and removed functions

Make HTML label unique.

Also follow the style of all other programs.

Merge pull request #17340 from tamiko/sundials_update_01

Test sundials/n_vector: adjust an assert for sundials 7

Use a more stable numbering for DoFRenumbering::downstream

Changelog

New test case

Periodic boundary conditions: Fix orientation problem

Add to the documentation.

Drop TaskResult::wait_and_move_result() in favor of join().

Fix TaskResult::clear().

Merge pull request #17330 from tamiko/do_not_write_into_source_directory

Test examples/step-60: do not write "used_parameters.prm" into source directory

Test serialization/fe_series_(01|02): add output variant

Clang 18 and libc++ create a slightly different ordering again. Thus,
add an output variant.

Test hp/dof_renumbering_04: add output variant

Add a new output variant for clang-18 and libc++.

Test grid/grid_generator_pip_junction: do not compare test output

The resulting vtk output file is very large and output differs depending
on standard library implementation. Instead of adding yet another output
variant for clang-18 with libc++ simply disable output comparison and
only run the test.

Do not disable ZLIB on Windows.

Test opencascade/stl_write: disable floating point exceptions

Test opencascade/stl_refinement: disable floating point exceptions

Merge pull request #17334 from tamiko/make_test_more_robust_02

Test examples/step-30: do not compare test output

Merge pull request #17336 from tamiko/make_test_more_robust_04

Test examples/step-36: do not compare test output

Merge pull request #17339 from marcfehling/msvc-1

Minor cleanup of Windows workflow.

Merge pull request #17342 from marcfehling/typo

Fix typo.

Merge pull request #17338 from tamiko/make_test_more_robust_05

Test examples/step-75: add an avx512 variant

Merge pull request #17335 from tamiko/make_test_more_robust_03

Test examples/step-31: add an output variant for avx256/avx512

Merge pull request #17333 from tamiko/make_test_more_robust_01

Test examples/step-52: disable unstable output

Changelog

New test case

MGTwoLevelTransfer: Extend new MatrixFree-based to multiple components

Test sundials/kinsol_08: remove calls to deprecated and removed functions

Test sundials/n_vector: adjust an assert for sundials 7

Test sundials/arkode_01: add output variant for sundials 7

The number of RHS evaluations changed by 2. Let's simply add an output
variant.

Fix typo.

Test sundials/ida_(06|07): add output variant with repeated line removed

Test examples/step-75: add an avx512 variant

Let cmake create folders.

Add a comment why we only test in serial.

Test examples/step-36: do not compare test output

Step 36 computes a spectrum with slepc containing eigenvalues with
multiplicities. Unfortunately, it is up to chance (i.e., slepc version,
compiler and cpu) which multiplicities it prints and how many iterations
it needs for that. Thus disable comparing the test output.

Test examples/step-31: add an output variant for avx256/avx512

This test seems to be stable among different architectures and
configurations with avx256 and avx512. let's simply add an output
variant.

Tests examples/*: also pick up *run_only output variants

Test examples/step-30: do not compare test results

This test is not stable under round-off errors producing different
results on various different configurations. Disable for now.

Test examples/step-52: disable unstable output

In reference to #9684: The output of most of the time stepping methods
is very fragile and prone to roundoff-error amplification. Thus, disable
output and only test that we run successfully.

Test examples/step-60: do not write "used_parameters.prm" into source directory

Merge pull request #17298 from drwells/petsc-vector-serialize-header

PetscWrappers::VectorBase: add a missing header.

Add another test for TaskResult::try_emplace_task().

Link to step-83.

List step-83.

Add step-83: A program demonstrating checkpoint/restart.

Add references for step-83.

Merge pull request #17279 from tamiko/bring_back_modules

Doxygen: bring back modules/topics for doxygen 1.9.8 onwards

Merge pull request #17276 from tamiko/pathsearch_be_gone

Deprecate PathSearch, remove internal use

tests: fix tests failing due to pathsearch changes

Doxygen: set up DoxygenLayout.xml "topics" or "modules" depending on doxygen version

Merge pull request #17278 from marcfehling/msvc-examples-5

Modernized Windows workflow.