Fix compiling with non-MPI PETSc

Merge pull request #3718 from masterleinad/fix_complex_petsc_compile

Fix compiling with complex-valued PETSc

Fix compiling with complex-valued PETSc

Merge pull request #3716 from kalj/fix-typos

fix typos in file name

fix typos in file name

Merge pull request #3715 from drwells/fix-null-reference-warnings

Fix some null reference warnings.

Fix some null reference warnings.

An equivalent way to do this is to use a SmartPointer instead of a
reference: this lets us initialize with something that is not undefined
behavior.

Merge pull request #3714 from bangerth/fix-tests

Fix undefined order of evaluation.

Fix undefined order of evaluation.

Within a sequence such as
  deallog << is1.n_elements() << ", " << is1.pop_front() << std::endl;
the order of calls to 'n_elements()' and 'pop_front()' is undefined. Consequently,
there are two possible correct output files.

Fix this by splitting the line into two complete statements, separated by
a semicolon (which implies a sequence point).

Merge pull request #3700 from davydden/index_set_index_within_set

add alternative IndexSet::index_within_set() which does not throw an …

extend IndexSet::index_within_set()

to return numbers::invalid_dof_index
if the global index is not a member of the index set

Merge pull request #3713 from tamiko/disable_a_clang_warning

CMake: Disable -Wundefined-var-template for clang

CMake: Disable -Wundefined-var-template for clang

This warning leads to a lot of false positives. Simply disable the
diagnostic.

Fixes #3705

Merge pull request #3689 from bangerth/make-cell-available-in-postprocessor

Make cell available in postprocessor

Add a changelog entry.

Provide the cell via DataOutRotation. Add tests.

Provide the cell via DataOutFaces. Add tests.

Provide the cell via DataOut. Add tests.

Make cells available in data-postprocessors.

Merge pull request #3706 from tjhei/clang_expansion_to_defined_warn

disable clangs expansion-to-defined warning

Merge pull request #3711 from masterleinad/check_include_guards

Check for include guards

Merge pull request #3710 from tjhei/clang_warning

suppress clang warning

Merge pull request #3709 from tjhei/clang_link_error

fix clang 3.9.1 linker error

Check for include guards

suppress clang warning

fix clang 3.9.1 linker error

clang 3.9.1 complains about

undefined reference to `non-virtual thunk to
dealii::LinearAlgebra::Vector<double>::mean_value() const'

Work around it by using a different typedef for the return value.

fixes #3708

disable clangs expansion-to-defined warning

clang produces many warnings inside boost 1.62 of the following kind:

/ssd/deal-
git/bundled/boost-1.62.0/include/boost/archive/detail/iserializer.hpp:69:7:
warning: macro expansion producing 'defined' has undefined behavior
[-Wexpansion-to-defined]
#if ! DONT_USE_HAS_NEW_OPERATOR
      ^
/ssd/deal-
git/bundled/boost-1.62.0/include/boost/archive/detail/iserializer.hpp:63:12:
note: expanded from macro 'DONT_USE_HAS_NEW_OPERATOR'
        || defined(__SUNPRO_CC) && (__SUNPRO_CC < 0x590)   \
           ^

So I am adding this to DISABLE_EXTRA_DIAGNOSTICS because we can not fix
boost.

Merge pull request #3703 from jppelteret/update_licence_file_02

Update licence file to mention AUTHORS file (release versions only).

Update licence file to mention AUTHORS file (release versions only).

Refers to #3701

Merge pull request #3702 from jppelteret/update_licence_file_01

Update licence file point to webpage with list of authors.

Update licence file point to webpage with list of authors.

Fixes #3701

Merge pull request #3699 from drwells/add-enum-docs

Add documentation for enumerations.

Merge pull request #3697 from davydden/incode_comments

add a few incode comments

add a few incode comments

Add documentation for enumerations.

Individual values in an enumeration will not show up in doxygen unless
they have a documentation string, so add a little description for each
enumeration value.

Merge pull request #3698 from kronbichler/master

[MatrixFree] Fix typo in documentation

Merge pull request #3695 from drwells/fix-changelog-target

Fix compilation of documentation.

Merge pull request #3693 from masterleinad/add_include_guards

Add include guards to all *.h files

[MatrixFree] Fix typo in documentation

Fix compilation of documentation.

Since c60382365dc removed changes.h, we should also update our CMake scripts to
not look for build rules that use this (nonexistant) file.

Add include guards for all header files

Merge pull request #3684 from bangerth/doc-update-80

Update CellData and SubCellData documentation.

Merge pull request #3690 from bangerth/remove-changes.h

Remove the changes.h file.

Remove the changes.h file.

This file is now automatically generated. Let's not leave a stale file sitting around.

Merge pull request #3688 from drwells/clean-up-constraintmatrix-headers

Move some headers into the .templates.h file.

Move some headers into the .templates.h file.

Merge pull request #3685 from davydden/doc/astyle_version

explicitly say we use astyle 2.04

Merge pull request #3687 from bangerth/make-IndexSet-threadsafe

Add a mutex to IndexSet and use it to make IndexSet::do_compress() thread-safe.

explicitly say we use astyle 2.04

Add a mutex to IndexSet and use it to make IndexSet::do_compress() thread-safe.

IndexSet has a number of 'mutable' member variables. The only function that modifies them is
'do_compress', which is called by 'compress', which is in turn called by all of the
'const' member functions. To make all of these 'const' member functions thread-safe, we
need to use a mutex in 'do_compress'. This patch does this.

I have verified that no other 'const' function actually modifies any of the 'mutable'
member variables, so only guarding 'do_compress' by the mutex is sufficient.

Update CellData and SubCellData documentation.

Merge pull request #3683 from bangerth/add-op-eq

Add a copy operator to Mutex so that it can be used in class with an operator=.

Merge pull request #3682 from bangerth/fix-IndexSet-nth_index_within_set

Let IndexSet::nth_index_within_set() call compress().

Add a copy operator to Mutex so that it can be used in class with an operator=.

Add test.

Let IndexSet::nth_index_within_set() call compress().

This follows the pattern of all other const functions of the class.

Merge pull request #3676 from bangerth/fix-DataOutFaces

Also check for the invalid FaceDescriptor that first_face() may return.

Merge pull request #3678 from jppelteret/fix_symm_tensor_constructor_01

Fix invalid loop range in SymmetricTensor class constructor; add test

Fix invalid loop range in SymmetricTensor class constructor; add test

Fixes #3674

Add changelog.

Add test.

Also check for the invalid FaceDescriptor that first_face() may return.

This happens if a process has no faces to deal with. The bug was reported by Justin Kauffman <jak5378@gmail.com>.

Merge pull request #3679 from masterleinad/split_changes_h

Split changes.h

Split changes.h

Fix split_summary to allow hyphens in authors' names

Merge pull request #3617 from masterleinad/recreate_changes_h

Recreate changes.h automatically

Replace bash script by CMake script and adjust files to be installed

Merge pull request #3677 from bangerth/fix-quicktest

Fix a quicktest.

Fix a quicktest.

The test assigned MPI return codes to a variable, but then did not do anything with this
variable. We may as well test for errors.

Merge pull request #3675 from davydden/diag_matrix_comp_warning

fix compiler warning in DiagonalMatrix

fix compiler warning in DiagonalMatrix

Merge pull request #7 from bangerth/masterleinad-recreate_changes_h

Make sure changes.h is created as input for doxygen

Make sure the 'changes.h' file is automatically generated.

In particular, list it as an input to the doxygen run.

Output results to the console instead.

Merge pull request #3672 from drwells/remove-extra-semicolons

Remove some extra semicolons.

Remove some extra semicolons.

Merge pull request #3671 from drwells/fix-doc-typos-6

Fix some typos in the documentation headers.

Fix some typos in the documentation headers.

Merge pull request #3664 from bangerth/rename-functions

Rename DataPostprocessor functions.

Merge pull request #3670 from jppelteret/doc_fix_03

Fix some minor documentation errors from #3034

Fix some minor documentation errors from #3034

Predictably some minor errors were only spotted after a merge! The
biggest point is ensuring that definitions of static members of the
Elasticity::StandardTensors class don't get inlined in their description
as "Initial values".

Merge pull request #3034 from jppelteret/standard_tensors

Implemented standard tensors for elasticity.

Step-44 now uses the newly implemented physics classes and functions.

Standard transformations, and kinematics and tensors for elasticity.

This commit adds a set of functions to perform various push forward /
pull back operations that regularly feature in finite deformation
mechanics. It also adds some standard tensor definitions for elasticity,
as well as functions that compute kinematic quantities typically used in
finite strain elasticity.

Refers to discussion in dealii/code-gallery/#7.

Add adjugate and cofactor functions to tensor class

Merge pull request #3667 from bangerth/default-constructor-for-ArrayView

Add a default constructor for class ArrayView.

Add changelog entry.

Add testcase.

Add a default constructor for class ArrayView.

Right now, one can only create such an object pointing to a specific
array. It is not possible to default construct it, and consequently
you can't put them into collections, for example.

Merge pull request #3666 from bangerth/fix-ArrayView

Allow copying of ArrayViews of length zero.

Add changelog entry.

Add test.

Allow copying of ArrayViews of length zero.

Merge pull request #3665 from gassmoeller/add_pop_front_index_set

Add convenience functions to IndexSet

Address comments

Add IndexSet::pop_front, pop_back, and is_empty

Merge pull request #3663 from drwells/distribute-dofs-linear-time

Distribute dofs linear time

Test that distributing hp dofs runs in linear time.

Cache end_active() when assigning hp dofs.

This fixes a performance bug where distributing dofs on some grids would take an
amount of time quadratic in the number of dofs when it should be linear.

Rename DataPostprocessor functions.

In #3333, I added virtual functions to DataPostprocessor with the same name as the existing
functions. This leads to issues where we get a warning in every derived class that only
overloads one of these functions, because that hides the other function. This is, well,
suboptimal.

This patch is therefore a redo of my earlier attempt in which I continue to deprecate
the old functions, but the new functions have a different name. I think they also
have a better name (for a discussion of the naming, see
https://github.com/geodynamics/aspect/issues/1284 ). The different names avoid the
problem of getting the warning and should therefore lead to less discontent. They
also avoid the need to try to work around the warnings using 'using' declarations, like
in #3528.