Merge from trunk - this branch still compiles and links.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31205 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Instant. two functions with complex numbers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31204 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Help some compilers (notably xlC) with name lookup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31203 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rewire the reading of the obstacle: either say 'sphere' or 'read from file'.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31202 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor cleanup of parameter declaration. Remove the option 'refinement strategy = fixed dofs' from the parameters since it wasn't actually implemented.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31201 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use WorkStream instead of Thread in DerivativeApproximation::approximate_derivative.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31195 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace Threads by WorkStream in dof_tools_constraints.cc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31191 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Doc: Introduce two more links and regroup "Home" in the navbar

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31182 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

take over r31179 to mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31180 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove outdated svn:ignore.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31178 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rework.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31177 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to appropriate tag files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31176 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slightly reword top note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31175 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rework.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31174 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update some of the information at the bottom. The link to DEAL no
longer works, so delete it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31173 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31171 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Run second part of test only if it's different from the first. Adjust test output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31169 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement bilinear interpolation in a much faster way.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31168 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

No longer output the residual to output files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31167 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compute locally owned active set as intersection of two sets.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31166 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

enhance SparseMatrix documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31165 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor adjustments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31164 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Mayank Subharwal and Andreas Putz: Make GridIn read VTK files as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31163 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Search first for the file with its complete given name. I.e., if someone
searches for <mesh.vtk> with additional suffix <.vtk>, then still find the
file if it exists before trying <mesh.vtk.vtk>.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31162 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rewrite in parts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31161 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove extraneous space.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31160 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link in step-42.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31159 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update svn:ignore.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31158 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Finish documenting.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31157 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Instantiate to workaround link errors in dof_accessor_xxx. There should be a prettier way to do this.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31156 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment on solve_newton().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31155 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug introduced in the previous version.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31152 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Switch Assert to AssertThrow where a PETScInternalError can occur.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31149 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move forward.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31144 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add Stephan's paper

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31143 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Indent.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31141 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mark changes in CHANGES (and merge from trunk).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31140 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a strangely missing AssertThrow.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31139 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Restore branch to a compilable state. No masks, no hidden compiler warnings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31138 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Recreate branch branch_petscscalar_complex - learn from mistakes and start again...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31137 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Copy tests directory over to branch_petscscalar_complex

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31134 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove tests due to conflicts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31133 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Last changes for the day. Good progress :-)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31132 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31131 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31130 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make run again in parallel.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31125 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unused variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31124 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some compilers apparently want to have a full declaration of ConstraintMatrix
if they see it in a default argument.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31118 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Qualify strcpy with std::

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31117 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve exception messages

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31115 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: resolve issue 105

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31109 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename a few variables. Initialize vectors with vector sets and communicators, rather than other vectors, to make clear that the vector is not in fact copied, and to make it clearer what index set is being used.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31105 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove file accidentally added.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31104 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove one variable whose value is always equal to another.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31103 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove one variable whose value is always equal to another.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31102 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use PetscReal where a real_type is needed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31097 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

do a todo - use PetscReal where real_type is needed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31095 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Notes to self - @todos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31093 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove warning (error is deeper in recursion).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31092 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document problem (in a comment) with OutputIterator - this is an @todo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix divide error by cast-from-int (as it already is in the parallel case).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31089 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Figure out where data_out was breaking... move @whattodo to data_out_dof_data.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A rather long but sensible error message in slepc solver in case of complex type (advanced API useage).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more error identify - only dat out is masked now...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set default problem type for SLEPc - this should be the GNHEP.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

By-pass a load of errors until we figure out how to deal with them - grep @whattodo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add to changelog

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

do not use n_default_threads but n_threads()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31077 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

replace n_default_threads by n_threads()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31076 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

leave some comments and todos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

do not use n_default_threads

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31074 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

introduce new n_threads(), deprecate n_default_threads

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31073 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove references to n_default_threads() in error_estimator.h that are ignored anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31072 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

only use TBB in workstream if we are allowed to use more than one thread

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31071 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Now when WorkStream uses graph coloring and that there are not enough elements in a color, the elements are aggregated and copied serially.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make it compile.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Slightly more documentation. Leave a few TODOs in the introduction.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Cherry-pick revisions 31065 and 31066 from branch_port_the_testsuite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31067 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Port the distributed periodicity test, add missing template instantiation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31064 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Port grid_tools_05.cc test to collect_periodic_faces

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31063 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Suppress warnings of the following kind:
..................
/.../deal.II/source/numerics/matrix_tools.cc(2088): warning #2536: type qualifiers are meaningless here

                  bool (*comp)(const typename SparseMatrix<number>::iterator::value_type p,
                               ^
..................
Avoiding the 'const' here is not always completely possible in
template contexts, depending on whether 'value_type' already
has the 'const' in it or not.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31060 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in graph coloring and add a test for it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31058 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link in step-51 tutorial program.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do some operations in parallel on tasks.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31055 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Work around an issue in a copy constructor we needed for C++11 compatibility and Intel's ICC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Take over revisions 31045 - 31051 from branch_port_the_testsuite

Cleanup GridTools::collect_periodic_*:

 - Remove GridTools::collect_periodic_face_pairs
 - Unify interface for remaining GridTools::collect_periodic_faces
 - Remove deprecated functions that aren't even released
 - Bugfix: Instantiate collect_periodic_faces, this resolves a compilation
   issue with icc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31052 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a couple of assertions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31047 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disable warning 327 for Intel compilers. This leads to (correct)
warnings of the kind

File: source/fe/fe_values.cc Line: 430

/.../deal.II/source/fe/fe_values.cc(430): warning #327: NULL reference is not allowed

      fe_values(*static_cast<dealii::FEValuesBase<dim, spacedim>*> (0)),
                ^
          detected during instantiation of "dealii::FEValuesViews::Tensor<2, dim, spacedim>::Tensor() [with dim=1, spacedim=1]" at line 76 of "/usr/include/c++/4.6/bits/stl_construct.h"

But we'd like to use this construct anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a copy constructor.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31041 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from trunk to branch; mask data_out_dof_data.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31037 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a copy constructor in hopes of making Intel's ICC happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31036 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

tenporary fix for matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_petscscalar_complex@31035 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Suppress output to console.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31033 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move declaration of std::vector out of a loop.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31032 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Try to make older gccs happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a copy constructor for the Task class. This should make
Intel ICC happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31029 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a copy constructor for the accessor class. This should make
Intel ICC happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31028 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d