Run codespell

Merge pull request #13961 from kronbichler/fix_petsc_complex_tests_2

Fix more PETSc complex tests

Merge pull request #13967 from simonsticko/clang_pointwise_definiteness

Explicitly template function pointwise_definiteness(..)

Explicitly template function pointwise_definiteness(..)

Merge pull request #13960 from kronbichler/fix_petsc_complex_tests

Fix two tests with complex PETSc

Merge pull request #13964 from tamiko/fix_python_binding_tests

contrib/python_bindings: set PYTHON_EXECUTABLE

contrib/python_bindings: set PYTHON_EXECUTABLE

Merge pull request #13771 from luca-heltai/cgal-Surface_remeshing

CGAL: Add remesh_surface utility

Fix two tests with complex PETSc

Merge pull request #13906 from saitoasukakawaii/doc/fix_update_flags_h

Doc/fix update flags h

Merge pull request #13963 from tamiko/fix_vectorization_warning

CMake: Use -Wno-pass-failed for clang

CMake: Use -Wno-pass-failed for clang

Fix more PETSc complex tests

Merge pull request #13959 from tamiko/add_output_variant

test cgal/cgal_surface_mesh_01: add output variant

Merge pull request #13958 from peterrum/precon_assert_throw

precondition.h: switch from Assert to AssertThrow

fix a formula error

the third formula in'update_flags.h' is fixed

test cgal/cgal_surface_mesh_01: add output variant

It turns out that an output variant is needed: We end up printing some
additional empty lines with CGal 5.4.1.

Add remesh_surface utility

precondition.h: switch from Assert to AssertThrow

Merge pull request #13767 from luca-heltai/cgal-surface_tria_to_volumetric

Create a Triangulation<3> from a Triangulation<2,3>

Surface deal.II tria to volumetric deal.II tria

Merge pull request #13955 from tamiko/fix_header_includes

CGAL: fix header includes

Merge pull request #13956 from tamiko/fix_tests_09

test cgal/cgal_surface_mesh_01: Update output

Merge pull request #13953 from peterrum/mf_dim

Replace 2*dim

Merge pull request #13954 from tamiko/fix_clang_ice

GridGenerator: put CGAL implementation into own compilation unit

CGAL: fix header includes

The following includes are needed, otherwise dealii::ExcMessage is not
declared when including the header.

test cgal/cgal_surface_mesh_01: Update output

It seems that the output file has not been updated to reflect the latest
changes. Verified with gcc-12 and clang-14.

GridGenerator: put CGAL implementation into own compilation unit

GridGenerator: Remove CGAL implementation

Replace 2*dim

Merge pull request #13932 from luca-heltai/cgal-move_implementation_implicit_function

Move implementation of implicit_function() into .cc file

Merge pull request #13952 from kronbichler/fix_ecl_neighbor_cell_type

MatrixFree: Fix element-centric loops with different cell geometry compression

MatrixFree: Element-centric loops with different cell geometry compressions

Adjust comments.

Merge pull request #13909 from peterrum/lex_faces_remove

Remove lex_faces from matrix-free kernels

Merge pull request #13950 from tamiko/fix_warnings_03

CMake: use -Wno-misleading-indentation for grid_generator.cc compilation unit

Fixing default values in AdditionalData

Move implementation of implicit_function() into .cc

Merge pull request #13940 from tamiko/fix_tests_05

tests cgal/* add output variants

CMake: use -Wno-misleading-indentation for grid_generator.cc compilation unit

tests cgal/* add output variants

The following tests print a cgal surface mesh for comparison to the
output file:

  cgal/cgal_surface_mesh_02
  cgal/cgal_surface_triangulation_03
  cgal/cgal_triangulation_06

Unfortunately, the output doesn't seem to be stable. For example,
cgal/cgal_surface_triangulation_03 fails for cgal-5.2.1 and succeeds for
cgal-5.4.1. I fear that the precise ordering and output of the meshes is
not stable and depends on the userland and what library versions are
used.

Let us simply not print the final result but just check that CGAL
succeeded in creating a corresponding mesh.

Merge pull request #13945 from kronbichler/fix_is_ghost_on_level_no_mpi

Fix TriaAccessor::is_ghost_on_level for case without MPI

Fix TriaAccessor::is_ghost_on_level for case without MPI

Merge pull request #13944 from tamiko/fix_tests_08

slepc/solver_04: adjust tolerances

Merge pull request #13929 from luca-heltai/cgal-point_conversion

Merge pull request #13941 from tamiko/fix_tests_06

test ginkgo/solver: adjust tolerances

Merge pull request #13939 from tamiko/fix_tests_04

test distributed_grids/large_vtu_01: fix test

Merge pull request #13938 from tamiko/fix_tests_03

test distributed_grids/3d_refinement_09: refactor test and add an output variant

adjust second output file

slepc/solver_04: adjust tolerances

Merge pull request #13934 from drwells/arkode-linear-jacobians

Arkode linear jacobians

test ginkgo/solver: adjust tolerances

Add header file for point conversion

Merge pull request #13933 from drwells/fix-cgal-tests

Fix some CGAL tests.

Merge pull request #13935 from drwells/gcc-12-types-tests

Fix some test typenames for GCC-12.

distributed_grids/large_vtu_01: fix test

Let's only write to deallog on rank 0, otherwise the output might get
truncated.

distributed_grids/3d_refinement_09: add an output variant

distributed_grids/3d_refinement_09: refactor test

 - print maximal refinement level and add a comment to the logic

Fix some test typenames for GCC-12.

Use stricter timestep limits in an ARKODE test.

For whatever reason this test is less stable than the others. Setting bounds on
the timesteps makes this pass on more configurations with the same output.

Make all ARKODE implicit test functions linear.

Forcing functions don't effect stability so they should always be in the
explicit part.

Fix some CGAL tests.

1. Avoid an implicit muParser dependency
2. Fix compilation

Merge pull request #13927 from tamiko/fix_compile_warnings_02

CMake: add DEAL_II_CGAL_HAS_DEPRECATED_BOOST_INCLUDES check

Merge pull request #13925 from tamiko/fix_compile_warnings_01

base/polynomials_bdm.cc: avoid a compiler warning with gcc-12

CMake: add DEAL_II_CGAL_HAS_DEPRECATED_BOOST_INCLUDES check

CMake: refactor boost define into config.h.in

In order to work around the newest set of deprecated header warnings
(this time triggered by CGAL including a deprecated header :-(() I would
otherwise have to add this #define dance at 5 different other places.

Instead, it is cleaner to simply give up and define the macro globally.

The configure checks will ensure that the macro is only ever defined if
needed.

base/polynomials_bdm.cc: avoid a compiler warning with gcc-12

gcc-12 in release mode will inline the evaluate function into some
methods of the FE_BDM class. It then rightfully complains that the (now
modified) else branch will write out of bounds.

Despite the fact that we instantiate this polynomials class and the
related FE class for 1d this code has never worked. Thus, fail
prominently with an error message.

base/polynomials_bdm: rewrap comments and remove dead code

Merge pull request #13920 from peterrum/valence_fix

Try to fix valence

Merge pull request #13908 from peterrum/fe_data

Rename fe_base.h to fe_data.h

Merge pull request #13914 from NiklasWik/compiler_warnings

Fix compiler warning

Try to fix valence

Fix compiler warning

Merge pull request #13913 from luca-heltai/cgal-fix-tests

Fix input and output of some cgal tests.

Merge pull request #13828 from kronbichler/improve_access_mg_dofs

Simplify access to MG DoFs in DoFAccessor

Merge pull request #13918 from drwells/more-sundials-6-2

More sundials 6 2

Merge pull request #13912 from luca-heltai/cgal-fix-orientation-hex

Fix orientation issue with hex cells.

Merge pull request #13919 from peterrum/mf_field_private

Make fields private

Make fields private

Fix orientation issue with hex cells.

Merge pull request #13917 from mschreter/fix_write_json_demangled_alias

Fix another SUNDIALS 6 incompatibility.

Technically this is a bug in our use case - it doesn't make sense to evolve an
ODE past the provided end time.

Propagate SUNContext objects to linear solvers.

Merge pull request #13915 from peterrum/mf_consistent

MF: make things more consistent

fix write json of demangled alias parameters

MF: make things more consistent

Merge pull request #13904 from luca-heltai/cgal-replace_variadic_with_AdditionalData

Merge pull request #13911 from peterrum/warning

Work on warning

Fix input and output of some cgal tests.

Merge pull request #13902 from drwells/cleanup-sundials-context

Cleanup sundials context

Work on warning

Remove lex_faces from matrix-free kernels

Fix variadic

Merge pull request #13903 from drwells/update-sundials-docs

Update sundials docs

Merge pull request #13907 from NiklasWik/project_div_conforming

Add typename and instantiation to `project_boundary_values_div_conforming`

Rename fe_base.h to fe_data.h

Remove unnecessary MPI initialization from SUNDIALS programs.

Clean up SUNDIALS contexts and communicators.

SUNDIALS will duplicate communicators for us, as needed. For example, in
SUNProfiler_Create, SUNDIALS implements

    #if SUNDIALS_MPI_ENABLED
    profiler->comm = NULL;
    if (comm != NULL)
    {
        profiler->comm = malloc(sizeof(MPI_Comm));
        MPI_Comm_dup(*((MPI_Comm*) comm), (MPI_Comm*) profiler->comm);
    }
    #else
    profiler->comm = comm;
    #endif

It is preferable to let SUNDIALS duplicate the communicator so that we
don't call MPI functions when we have only serial data structures (and
may not have initialized MPI).

Merge pull request #13743 from luca-heltai/cgal-dealii-tria-from-implicit-function

Cgal dealii tria from implicit function

Merge pull request #13900 from drwells/fix-kinsol

Fix step-77 by fixing KINSOL.