Merge pull request #12191 from masterleinad/fix_derivative_form_product

Fix apply_transformation for different number types

Merge pull request #11254 from marcfehling/step-hp-parallel

Step-75: Tutorial for parallel hp-FEM

Fix apply_transformation for different number types

Merge pull request #12182 from masterleinad/fix_gmsh_api_02_04

Fix gmsh/gmsh_api_02/04

Merge pull request #12187 from zjiaqi2018/feiv_extractors_optimization

Optimize FEInterfaceValues extractors

rm "1.0 * "

Merge pull request #11276 from luca-heltai/find-no-throw

Remove ExcPointNotFound from GridTools::find_active_cell_around_point()

Merge pull request #12186 from bangerth/aligned-2

Simplify some code in AlignedVector.

Tutorial for parallel hp-FEM.

Merge pull request #12183 from jppelteret/step-71-fixes_03

Fix more typos in intro to step-71

Merge pull request #12188 from zjiaqi2018/fix_step55_typo

Fix a typo in step-55

fix a typo

Simplify some code in AlignedVector.

optimize feinterface extractors

Merge pull request #12184 from drwells/update-thread-comment

Improve a suggested replacement.

Merge pull request #12180 from drwells/remove-with-threads

Remove references to DEAL_II_WITH_THREADS.

Improve a suggested replacement.

What we have is basically std::thread so we should recommend that as the
replacement.

Merge pull request #12177 from peterrum/FEPointEvaluation_float

FEPointEvaluation for float

Fix more typos in intro to step-71

Merge pull request #12176 from peterrum/fepointeval_fast

Add and use internal::FEPointEvaluation::is_fast_path_supported

FEPointEvaluation for float

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: Martin Kronbichler <kronbichler@lnm.mw.tum.de>

Fix gmsh/gmsh_api_02/04

Fixed test output.

Try to fix bug in version with tolerance.

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Doc entry.

Fixed tests.

Remove ExcPointNotFound, and return end() instead.

Merge pull request #12012 from kronbichler/improvement_mg_two_level_transfer

Merge pull request #12170 from drwells/hdf5

Fix compilation with HDF5

Merge pull request #12174 from peterrum/fe_rename

Rename FE_Wedge and FE_Pyramid

Remove references to DEAL_II_WITH_THREADS.

Merge pull request #12173 from drwells/deprecate-threadgroup

Deprecate Thread and ThreadGroup.

Fix compilation with HDF5

Come up with a more generic optimized path

Merge pull request #12178 from peterrum/MappingQCache_level

MappingQCache: assert that level information was set up

Merge pull request #12162 from peterrum/kinsol_ladv

Enable SUNDIALS::KINSOL for LinearAlgebra::distributed::Vector

Merge pull request #12175 from peterrum/remove_names

Remove some names

MappingQCache: assert that level information was set up

Add and use internal::FEPointEvaluation::is_fast_path_supported

Remove some names

Enable SUNDIALS::KINSOL for LinearAlgebra::distributed::Vector

Rename FE_Wedge and FE_Pyramid

Merge pull request #12140 from drwells/fix-intel-17-1

Fix compilation with intel 17, part 1

Merge pull request #12172 from masterleinad/fix_step-71

Address warnings about extra ';' in step-71

Merge pull request #12171 from tamiko/fix_test_02

mpi/data_out_hdf5_02: fix hdf5 output for dimensions 0 and 1

Deprecate Thread and ThreadGroup.

We should be using higher-level threading constructs, and these aren't used
anywhere right now anyway.

Merge pull request #12163 from peterrum/step77_typename

Step 77: add typename

Merge pull request #12169 from peterrum/fe_point_evaluation_zero

FEPointEvaluation: check if evaluation points are provided

Merge pull request #12165 from peterrum/generators_13

Update output of particles/generators_13

Merge pull request #12168 from peterrum/step-40-simplex-robust

Make output of tests/simplex/step-40 more robust

Address warnings about extra ';' in step-71

fix hdf5 output for dimension 0 and 1

Merge pull request #12161 from drwells/sparsity-pattern-exc

Use a better exception for handling missing sparsity patterns.

Merge pull request #12167 from peterrum/step-16-50-mpi-linear-operator

Fix PreconditionMG::get_mpi_communicator()

Merge pull request #12166 from peterrum/build_global_description_tree

Fix grid/build_global_description_tree

FEPointEvaluation: check if evaluation points are provided

Make output of tests/simplex/step-40 more robust

Merge pull request #12164 from peterrum/pex_cite

Fix cite for PEX

Fix PreconditionMG::get_mpi_communicator()

Fix grid/build_global_description_tree

Update output of particles/generators_13

Fix cite for PEX

Step 77: add typename

Merge pull request #11828 from peterrum/marching_cube

Add GridGenerator::MarchingCubeAlgorithm

Use a better exception for handling missing sparsity patterns.

Merge pull request #12159 from peterrum/update-copyright-2021

Update copyright years

Merge pull request #12157 from kronbichler/fix_empty_proc

p:f:Tria: Fix bug when a process does not own cells on a level

Update copyright years

Merge pull request #12158 from jppelteret/step-71-fixes_02

More doc fixes for step-71

Add test case

p:f:Tria: Fix bug when a process does not own cells on a level

Add GridGenerator::MarchingCubeAlgorithm

More doc fixes for step-71

Merge pull request #12156 from drwells/undeprecate-petsc-vector-set

Un-deprecate PETScWrappers::VectorBase::set.

Merge pull request #12154 from marcfehling/internal

Move `TemporarilyMatchRefineFlags` out of `internal` namespace.

Un-deprecate PETScWrappers::VectorBase::set.

We didn't implement import so there is no reason to deprecate this function yet.

Partially reverts 20a81f91beae2d022acebc833c1bca2321c67155.

Move `TemporarilyMatchRefineFlags` out of `internal` namespace.

Merge pull request #10393 from jppelteret/step-72

Step-72: The minimal surface equation using automatic differentiation (step-15 revisited)

Merge pull request #12153 from jppelteret/step-71-fixes_01

Fix some typos in doc for step-71

Merge pull request #12152 from bangerth/tests

Add the correct test.

Fix compilation with intel 17 (and a UCD bug).

In particular, the new function set_node_numbers sets up the internal node
numbers for patches in the deal.II numbering, not UCD or DX or anything else.
However, the code

    nodes[GeometryInfo<dim>::ucd_to_deal[0]] = start;

assumes the RHS values are numbered with UCD (e.g., that start is the global
index for local UCD vertex number 0), which is not correct. Hence: fixing this
bug corrected the UCD output for many tests.

Add step-72

Fix some typos in doc for step-71

Merge pull request #12015 from simonsticko/restrictions

Add classes restricting a function to a lower dimension

Add the correct test.

Merge pull request #10392 from jppelteret/step-71

Step-71: Introduction to automatic and symbolic differentiation

Merge pull request #12151 from peterrum/reference_cell_switch

Switch order of parameters in GridGenerator::reference_cell()

Merge pull request #12150 from peterrum/typo_ca

Fix typo

Switch order of parameters in GridGenerator::reference_cell()

Fix typo

Merge pull request #12128 from peterrum/feeval_print

Add FEEvaluation::fast_evaluation_supported()

Merge pull request #12148 from masterleinad/fix_aligned_vector_replicate_03_release

Fix base/aligned_vector_replicate_03.mpirun=3.release

Move barrier between step-6 and step-7

Merge pull request #12146 from masterleinad/fix_twisted_parallelepiped

Fix grid/twisted_parallelepiped

Fix base/aligned_vector_replicate_03.mpirun=3.release

Add step-71

Merge pull request #12147 from gassmoeller/fix_probabilistic_particle_generation_empty

Fix for particles in empty local triangulations

Merge pull request #12131 from bangerth/private

Mark members in ParticleAccessor as 'private'.