Merge pull request #8059 from drwells/modernize-step-31

Modernize step 31

Merge pull request #8057 from bangerth/cleanup

Clean up various loops in grid_tools.cc.

Merge pull request #8061 from bangerth/br

Add some more information on the BR element.

Add some more information on the BR element.

Merge pull request #8056 from bangerth/partition

Simplify the code that partitions shared triangulations.

Merge pull request #8051 from masterleinad/fix_gcc_9_warnings

Fix gcc-9 warnings

Merge pull request #8044 from drwells/modernize-step-30

Modernize step 30

Merge pull request #8055 from bangerth/61

Make the polynomial degrees in step-61 selectable.

step-31: inline function definitions.

step-31: C++ modernization

step-31: minor typography improvements

1. Use MathJax instead of, e.g., <i>T</i>
2. Add commas after i.e.,
3. Minor grammatical improvements

Merge pull request #8046 from masterleinad/modernize-step-52

Modernize step-52

Clean up various loops in grid_tools.cc.

These loops were quite contorted because of workarounds we needed for MS VC.
Using 'auto' should make this substantially more obvious to read, and while
there one can also use range-based for loops.

Avoid declaring special member functions

Avoid signed-unsigned comparison

Match explicitly defined copy constructors with copy assignment operators

Apply the same logic in the other place where we call the cell weight signal.

Simplify the code that partitions shared triangulations.

In particular, only call the cell weight signal on locally owned cells.

Make the polynomial degrees in step-61 selectable.

step-30: minor modernizations.

1. Inline function definitions.
2. Remove unnecessary class destructor.
3. More modernization: std::abs, std::array.
4. Reorganize the headers
5. Minor formatting and whitespace improvements
6. remove a second mention of a deleted member of GeometryInfo

step-30: Remove references to an old version of step-12.

Merge pull request #8038 from kronbichler/cleanup-step-48

Modernize step-48

Merge pull request #8050 from drwells/step-62-loop

Add some missing braces to fix step-62.

Merge pull request #8052 from masterleinad/fix_step_62_adding_real_complex

step-62: Fix adding real and complex numbers

step-62: Fix adding real and complex numbers

Merge pull request #8039 from kronbichler/modernize-step-51

Modernize step-51

Merge pull request #7822 from marcfehling/hp-execute-3

Perform p-refinement during 'execute_coarsening_and_refinement()'.

Add some missing braces to fix step-62.

Modernize step-48

1. Extend documentation a bit
2. Use zeroing of vector in matrix-free loop
3. Update program output to a new machine; here it is more typical that MPI is better than threads
4. Rename ExactSolution -> InitialCondition because it is not the exact solution over time

Merge pull request #8045 from masterleinad/modernize-step-53

Modernize step-53

Modernize step-51

1. Use range-based for loop for cell iterators
2. Move bodies of Function classes inline
3. Small changes to the documentation plus some cross-references

Perform p-refinement during 'Triangulation::execute_coarsening_and_refinement()'.

Merge pull request #8027 from drwells/disable-fp-exceptions-scalapack

Disable floating point exceptions in some scalapack tests.

Update examples/step-53/step-53.cc

Co-Authored-By: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Modernize step-52

Merge pull request #8043 from masterleinad/modernize-step-56

Modernize step-56

Modernize step-53

Merge pull request #8036 from drwells/modernize-step-29

Modernize step-29.

Merge pull request #7899 from marcfehling/fedom-space

Refactored hp::FECollection: Get fe relations with respect to FiniteElementDomination.

Make SolverType const

step-30: improve doxygen links

Merge pull request #8040 from rezarastak/patch-1

Adding inline in header file

Modernize step-56

Merge pull request #8035 from bangerth/step-61

Rewrite parts of step-61.

Adding inline in header file

Following #8037 , the `inline` keyword should be added.

Rewrite parts of step-61.

Adjust results for 'hp/boundary_matrices_hp'.

Refactored hp::FECollection: Get fe relations with respect to FiniteElementDomination.

step-29: wrap very long lines.

No changes other than reflowing.

Modernize step-29.

1. Inline some function definitions
2. Use ranged-for loops
3. Minor typography fixes (e.g., delete trailing whitespace)
4. Update console output

Merge pull request #8037 from jppelteret/fix_tensor_constexpr

Fix use of contexpr in Tensor class for older compilers

Fix use of contexpr in Tensor class for older compilers

Merge pull request #8031 from bangerth/step-61

Rename a couple of functions in step-61.

Rename a couple of functions in step-61.

Merge pull request #8024 from drwells/modernize-step-28

Modernize step 28

Merge pull request #8019 from masterleinad/modernize_step_62

Modernize step-62

Disable floating point exceptions in some scalapack tests.

Since these tests only verify that we can save and load scalapack matrices
correctly the floating point exceptions are not relevant.

Merge pull request #8025 from masterleinad/modernize_step_59

Modernize step-59

Merge pull request #8011 from rezarastak/adding_cxx11_constexpr

Sprinkling c++11-compliant constexpr onto tensor.h and numbers.h

Merge pull request #8023 from bangerth/step-61

Rewrite some code in step-61.

Merge pull request #8018 from jppelteret/ad-fix_tests

Fix some failing AD tests.

Modernize step-59

Merge pull request #8016 from masterleinad/modernize_step_63

Modernize step-63

step-28: fix a bug with the first mesh cycle.

Previously the first cycle converged in a single iteration since the
error is calculated to be zero.

step-28: Improve results formatting.

This also makes the output in the results section match the output
actually generated by the program.

step-28: Convert raw pointers to unique_ptrs.

step-28: use ranged-for loops.

step-28: minor typography fixes

1. Fix the link to the paper
2. Fix some odd link titles that cannot handle mathjax formatting
3. Other minor typography fixes

Merge pull request #8022 from drwells/matrix-tools-doc

Fix a comment that had the wrong boundary id type.

Fix a comment that had the wrong boundary id type.

Alternative return value formatting

Rewrite some code in step-61.

Modernize step-62

Fix some failing AD tests.

This targets issues picked up by compiling with -Werror

Merge pull request #7911 from jppelteret/workstream_meshworker_iterator_range

Workstream meshworker iterator range

Use dof_handler instead of dof

Merge pull request #8017 from masterleinad/fix_sacado_tests

Fix Sacado tests

Merge pull request #8014 from anates/step-55-complex-PETSc

step-55 disable logic with complex PETSc

Fix Sacado tests

Merge pull request #8010 from drwells/update-chunksize-docs

Add some documentation on chunk sizes.

Modernize step-63

Merge pull request #8013 from rezarastak/ad_tests_fix

Fix many of the output files for the tests of sacado and adolc

Having PETSC_WITH_COMPLEX would stop step-55 from being able to
configure/build. Now we fall back to trilinos as described in the error

Fix many of the output files for the tests of sacado and adolc

Merge pull request #8007 from drwells/modernize-step-25

Modernize step-25.

Sprinkling c++11-compliant constexpr onto tensor.h and numbers.h

Merge pull request #8006 from drwells/modernize-step-24

Modernize step-24.

Add some documentation on chunk sizes.

This came up on GitHub recently (see issue #7851).

Modernize step-25.

This PR introduces several small changes:
1. Combine declarations and definitions of some simple functinos.
2. Remove some unused headers.
3. Switch to VTU output.

Modernize step-24.

This PR introduces several small changes:

1. Remove trailing whitespace.
2. Remove unnecessary default constructor definitions.
3. Combine declarations and definitions of some simple functions.
4. Remove some unused headers.
5. Clean up the discussion of boundaries.
6. Switch to VTU output.

Merge pull request #8005 from drwells/modernize-step-23

Modernize step-23.

Modernize step-23.

This PR introduces several small changes:

1. Don't hard-code two quadrature degrees (followup to #7943).
2. Remove unnecessary default constructor definitions.
3. Combine declarations and definitions of some simple functions>
4. Remove unused headers.
5. Improve whitespace (and remove tabs).
6. Add some more citations to WorkStream.
7. Switch to VTU output so that users can remake the movie.

Merge pull request #7971 from ginkgo-project/ginkgo-wrapper-part-2

Updating Ginkgo wrapper after Ginkgo's release 1.0.0

Merge pull request #8000 from kronbichler/cheby_doc_update

Update Chebyshev documentation

WIP: Move IteratorOverIterators out of Iterator range class

Merge pull request #8001 from dangars/fix_typo_equation

Fix typos in equations

Fix typos in equations

Update Chebyshev documentation

Fix changes suggested by @bangerth.

+ Add explanations for CGS,FCG and IR.
+ Fix the doxygen @param with [in,out] qualifications.
+ Add empty lines and fix a typo.
+ Change cerr to Assert.

Merge pull request #6982 from jppelteret/ad-helpers_08

AD Helpers: Add tests