Merge pull request #2348 from drwells/opencascade-warnings

Silence some OpenCascade warnings.

Merge pull request #2349 from drwells/add-opencascade-copyright

Add opencascade copyright

Add copyright notices for some opencascade files.

Remove $Id$ tags.

Silence some OpenCascade warnings.

Merge pull request #2343 from davydden/mpi_logical

fixed a bug with MPI_LOGICAL

Merge pull request #2346 from bangerth/fix-doc-3

Fix doxygen markup.

Merge pull request #2345 from bangerth/fix-compilation-3

Remove an unnecessary (and nonexistent) include file.

fix a bug where MPI_LOGICAL fortran type was used

add a simple trilinos test with vec.reinit() which previously
triggered MPI_LOGICAL-related error in IndexSet class.

Fix doxygen markup.

Remove an unnecessary (and nonexistent) include file.

Merge pull request #2342 from drwells/fix-compilation

Fix compilation on clang.

Fix compilation on clang.

I added this header previously in d34f4fc116 to be consistent with the
inclusion of the accessors header in the hp DoFHandler file. However,
this header is not necessary, and including it breaks compilation under
clang for reasons I do not fully understand.

Merge pull request #2341 from bangerth/fix-compilation-2

Fix compilation.

Fix compilation.

Merge pull request #2336 from tamiko/fix_rpath_handling_for_mac

CMake: Fix rpath handling on Mac OSX

CMake: Fix rpath handling on Mac OSX

This forces global paths upon installation to avoid error messages like

dyld: Library not loaded: /lib/libdeal_II.g.8.4.0-rc3.dylib
  Referenced from: /[...]/step-18
  Reason: image not found

In Reference to #1938

Merge pull request #2332 from drwells/remove-unused-forward-declarations

Remove unused forward declarations

Describe forward declarations in the style guide.

Add headers for values returned by methods.

Currently, one could include this header and then write something like

dof_handler.begin_active()->set_active_fe_index(1)

and this will fail to compile with obscure template errors because the
DoFCellAccessor (the value returned by '->') is only forward declared
without this extra header.

Add missing headers.

Include headers for default template parameters.

Update headers in some tests.

Forward declare things where they are used.

Remove some unused headers.

Use headers instead of forward declarations.

We use typedefs inside of these classes so the header is necessary. The
header is currently included anyway through mapping_q1.h.

Move a header into a .templates file.

Explicitly include needed header files.

Improve forward declarations in dof_tools.h.

This commit does two things: it brings in hp/dof_handler.h
explicitly (since details of that class are used) and cleans up the
forward declarations already present.

Remove unused forward declarations.

Merge pull request #2329 from bangerth/provide-cmake-message

Let the 'indent' custom target print a better message.

Don't generate status output.

Also provide an error if we couldn't find the right version of
astyle. This didn't matter much before because the tool was always
called on the command line, but is important now that it can be called
by 'make indent'.

Merge pull request #2330 from bangerth/fix-compilation

Fix compilation.

Perform the same modifications for new_thread() as well.

Fix compilation.

GCC 4.6.3 does support C++11 but apparently runs into
trouble with the recent addition of the new Threads::new_task()
function. This patch ensures that the right overload is found
by not specifying a template argument explicitly, but explicitly
casting the argument to the type of the argument of the function
we want to call. This cast would have to be performed also when
specifying the template argument explicitly.

Let the 'indent' custom target print a better message.

The existing message displays the command that is being executed. Instead
say what it *does*.

Merge pull request #2324 from ESeNonFossiIo/NURBSPatchManifold

Nurbs patch manifold

documentation

test for ../tests/opencascade/nurbs_patches_manifold_00

NURBSPatchManifold

Merge pull request #2326 from bangerth/new-new-task

Implement a C++11 conforming way to pass lambdas etc to new_task().

Add another note.

Add another test.

Add tests.

Implement a C++11 conforming way to pass lambdas etc to new_task().

Merge pull request #2323 from nicola-giuliani/interpolate_codim_one

instantiation codim

Merge pull request #2322 from appiazzolla/master

Remove only one block warning.

typo

instantiation codim

Eliminating lines instead of commenting them out

Remove only one block warning. I find it not that useful and very annoying in a matrix free setup when this class is called frequently

Merge pull request #2308 from luca-heltai/tangent-spherical

Implemented get_tangent_vector for SphericalManifold.

Merge pull request #2294 from drwells/sparsity-tools-dg-coupling-1d

[WIP] Sparsity tools DG coupling 1D

Merge pull request #2318 from bangerth/fix-compilation-2

Provide necessary #include file and properly qualify name.

Minor cleanups.

Provide necessary #include file and properly qualify name.

Added tangent vector to SphericalManifold.

Merge pull request #2315 from bangerth/minor-cleanup3-5

Minor cleanups.

Merge pull request #2303 from bangerth/address-style-issues

Address minor style issues.

Address minor style issues.

Minor cleanups.

Merge pull request #2314 from davydden/branch_petscscalar_complex_symm_hermit

add missing Asserts in is_symmetric() and is_hermitian()

add missing Asserts in is_symmetric() and is_hermitian()

Update the tests to run in 1D.

I verified these by both inspecting a few sparsity patterns graphically
and by switching off the 'continue' statement optimizations.

Fix a typo.

Redo the logic in make_flux_sparsity_pattern.

As was reported on the mailing list, this function did not work in 1D
because it relied on setting the user flag on a face. This is not
possible because a 'face' in 1D ultimately resolves to the class
TriaAccessor<0, 1, 1>, which does not support user flags.

Improve spacing and indentation.

Prefer 'face (face_n)' to 'face(face)'.

The former is easier to read.

Fix a wrong comment.

Merge pull request #2313 from drwells/remove-repeated-tests

Remove repeated tests.

Remove repeated tests.

Since CompressedSparsityPattern and CompressedSetSparsityPattern are now
just typedefs for DynamicSparsityPattern, the only difference between
these (deleted) tests and the versions without '_x's in their names is
a small change in how we loop across the sparsity pattern: the diff
between the version with the '_x' and the version without was always, up
to different classes for the sparsity pattern, either

<       for (CompressedSetSparsityPattern::iterator
<            c = sp.begin(line); c!=sp.end(line); ++c)
<         deallog << c->column() << " ";
---
>       for (unsigned int c=0; c<sp.row_length(line); ++c)
>         deallog << sp.column_number(line,c) << " ";

or

<           for (CompressedSetSparsityPattern::iterator
<                c = sp.block(block_row.first,col).begin(block_row.second);
<                c!=sp.block(block_row.first,col).end(block_row.second); ++c)
<             deallog << c->column()
---
>           for (unsigned int c=0;
>                c<sp.block(block_row.first,col).row_length(block_row.second);
>                ++c)
>             deallog << sp.block(block_row.first,col).column_number(block_row.second,c)

and the outputs were identical.

Merge pull request #2309 from drwells/sparsity-to-sparsitypatterntype

Prefer SparsityPatternType to Sparsity.

Prefer SparsityPatternType to Sparsity.

Merge pull request #2310 from drwells/fix-failing-indent

Fix the failing indentation.

Fix the failing indentation.

Merge pull request #2302 from bangerth/fix-grammar

Fix grammar.

Merge pull request #2305 from bangerth/implement-tangent-for-chart-manifold

Implement the tangent vector for the ChartManifold class.

Merge pull request #2304 from bangerth/add-tests-2

Add tests for ChartManifold.

Merge pull request #2306 from tamiko/cmake_export_package_configuration

CMake: Also export package configuration to dealIIConfig.cmake

CMake: Also export package configuration to dealIIConfig.cmake

This is a quick workaround to also allow to export package configuration
variables of the form

  DEAL_II_<FEATURE>_WITH_<...>

to be exported to deal.IIConfig.cmake

Merge pull request #2301 from davydden/kelly_hK_factor

add the common h_K factor to Kelly estimator

add the common h_K factor to Kelly estimator

Add non-trivial tests for the tangent vector on a cylinder surface.

Add a bunch of tests for ChartManifold.

These test tangent directions for the simple case that the pull back
and push forward operations are the identity, or the identity on a
subspace (i.e., a projection).

Implement the tangent vector for the ChartManifold class.

Once one writes the formula down, it is quite clear what needs to happen and
how the code has to look like. The only slight difficulty is to treat periodicity
correctly.

Add tests for ChartManifold.

These tests implement a ChartManifold with an identity pull-back/push-forward,
thereby creating a flat manifold. The pre-image that the pull-back projects
onto has a higher dimension, however, adding a tiny wrinkle to the system.

Add tests for ChartManifold.

These tests implement a ChartManifold with an identity pull-back/push-forward,
thereby creating a flat manifold.

Fix grammar.

Merge pull request #2224 from Rombur/filtered_iterators

[RFC] Allow FilteredIterators to use 2 predicates

Add entry in changes.h

Do not required C++14.

Filter range given an arbitrary number of IteratorFilters.

Add test for IteratorFilter::AtBoundary.

Add a new IteratorFilters AtBoundary.

Merge pull request #2285 from ESeNonFossiIo/opencascade

openCASCADE changes orientation according to the flag

write changes in change.h

small doc

change orientation

Merge pull request #2297 from bangerth/minor-cleanups-4

Minor cleanups.

Minor cleanups.

Mainly just adjusting empty lines to our usual style.