rework r31702

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31711 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix r31695, explicit instantiations are not needed after all

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31710 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

rewrap comments (phew)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31709 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31708 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Bugfix: Allow to run the testsuite script from within an insource build

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31707 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bug fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31706 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide more context in the documentation and link to a paper in preparation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31705 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

do not use typeid internally because this is broken on intel 13+. Instead: emulate this in the DoFHandlerPolicy classes. Also update test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31702 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing instantiations (for intel)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31701 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test: add whitespace to output so that numdiff can work, output more digits

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31700 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

loosen tolerance in test to make it pass

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31699 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

output more digits in test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31698 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

output more digits in test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31697 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

mention changes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31696 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix template instantiations for GridGenerator::parallelogram, do not pass array as a reference

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31695 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31694 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the failure of find_cell_10a by implementing a better stopping criterion for the Newton iteration, using a variable metric Newton method.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31693 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31692 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also run test in optimized mode.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31691 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one testcase, see https://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=134 . Since we are having so much trouble with this function, I also left my debug code in there, guarded with \#ifdef DEBUG_NO_NORMAL_FLUX. Adjust testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31690 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one testcase, see https://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=134 . Since we are having so much trouble with this function, I also left my debug code in there, guarded with \#ifdef DEBUG_NO_NORMAL_FLUX.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31689 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix non-MPI case

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31688 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix description

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31687 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed: FETools::inteprolation_difference was not working with TrilinosWrappers::MPI::Vectors with ghost entries, also, TrilinosWrappers::VectorBase has a get_mpi_communicator method now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31686 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a note in a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31684 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Fix data_out_stack_0?

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31683 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Define FP_USE_THREAD_SAFE_EVAL in case of enabled multithreading support.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31682 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set missing svn:keywords property on a bunch of files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31681 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a lot of stray $Id$s

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31680 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31679 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor language fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31678 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31677 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31676 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

assert that we have a enough fe components in compute_no_normal_flux_constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31675 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test for no_flux

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31674 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add PETSC_WITH_COMPLEX to Config.sample

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31673 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Fix the issue with binary outputs and data_out_base_dx

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31672 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Split a function in hopes to alleviate linker errors with ICC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31671 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Also accept numerical values that have a relative error of less than 1.e-8 (but an absolute error of more than 1.e-6)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31670 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Do not use >/dev/null on native Windows targets

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31669 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Remove debug output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31668 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace the expensive computation of a set intersection with the cheap computation whether two sets have a nonempty intersection at all. We don't need the intersection anyway.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31667 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Print TEST_DIR during configuration so that one actually has a clue which TEST_DIR was processed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31666 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fixed output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31665 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing initialization

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31664 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust the output of some tests so that we get below the threshold of numdiff.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31663 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize a variable to avoid a testsuite failure with ICC 14.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31662 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid instantiating FE_FaceQ and FE_FaceP in 1d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31661 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Match function instantiation to the original declaration in hopes to
make ICC 14 happy. Unfortunately, this is not the case.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31660 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a missing template instantiation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31659 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment an exception message. This doesn't solve the problem, but it
gets us closer to it...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31658 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a harmless macro PETSC_WITH_COMPLEX.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31653 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Put in a missing word that was bugging me...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31652 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a reasonable (unfinished) petsc test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31651 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add requested output to slepc quicktest.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31650 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

No need to say
  class.template function ()
when no explicit template arguments are provided.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31649 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide some more information about auxiliary compiler in detailed.log

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31648 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix compile error with new default constructor of CellData.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31647 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix, do not use removed macro

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31646 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Unify naming in detailed.log

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31645 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Unify registration of feature configurations and provide a central
possibility to filter configuration options in macro_register_feature.cmake

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31644 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Filter out spurious "FALSE" in (BLAS|LAPACK)_LIBRARIES

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31643 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a configure check for a regression with icc-14.0.0 and libstdc++-4.7 in C++11 mode

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31642 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide default constructor for CellData to fix testsuite failures with Intel ICC 14.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31641 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

try again to fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31640 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31638 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31637 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simplify test find_cell_10

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31636 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in WorkStream when using graph coloring.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31635 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simplify test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31634 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Wolfgang's patch for thread management (use pointer to).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31633 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

try to keep SparseMatrix in module

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31632 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix 2 tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31631 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug in WorkStream for disconnected graph.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31630 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

tests: use deal.II constant for PI, might fix tests on cygwin

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31629 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reorganize the licensing stuff a bit. Add some last license headers and pointers

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31628 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove file doxygen.sty from the doc directory - it is ancient can be generated on the fly by modern doxygen

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31627 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move reports over to the homepage

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31626 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

revert UML

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31619 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use deal.II style on previous patch.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31618 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link to header stdlib.h on FreeBSD.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31617 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert "Revert 29343 again, for the same reason as before." which itself reverted the revert of [...]

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31616 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31615 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31614 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust a few miscompilations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31613 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output file again for testing machine.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31612 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Updated Mesh conversion documentation to reflect licencing of example mesh files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31611 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove postscript version of reports. This is so 1990s!

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31610 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Shrink the file by only including options that we really care about and
removing the commentary from the doxygen authors. This should address
copyright concerns for the file.

Removing variables we don't care about also helps make this file more future
proof since we no longer include variables that later versions of doxygen may
deprecate or remove.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31609 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use a different form of instantiation in an attempt to work around something that may be a bug in ICC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31608 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Nothing should be built in this directory any more these days, so remove svn:ignore.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31607 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove svn:executable from mesh files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31606 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Convert some of the VectorOperation::add into VectorOperation::insert as appropriate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31605 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert "Also instantiate DataOutStack for 3D"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31604 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also instantiate DataOutStack for 3D

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31603 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Explicitly compress petsc objects with a VectorOperation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31602 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust accuracy so that numdiff can do its work.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31601 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Let setup_tests and tests depend on a compiled library again...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31600 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix warning

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31599 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Try to improve one issue where compilers typically can't quite resolve a function overload.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@31598 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d