Merge pull request #14746 from bangerth/thread

Merge pull request #14744 from singima/kinsol_edits

Some edits of the KINSol documentation.

Merge pull request #14747 from marcfehling/doc-setactivefe

Doc: Inform user how to exchange active FE indices on ghost cells.

Doc: Inform user how to exchange active FE indices on ghost cells.

Merge pull request #14745 from drwells/exodus-lines

Make the ExodusII reader work with line types.

Merge pull request #14740 from bangerth/doc-12

Better document CommunicationPatternBase and derived classes.

Remove a BOOST src directory we don't use.

Make ExodusII work with line types.

This is useful for loading codim 1 and codim 2 meshes.

Merge pull request #14741 from bangerth/index-set

Introduce IndexSet::get_index_vector().

Replace deprecated function in tests.

Deprecate a fill function.

Merge pull request #14737 from drwells/default-orientation

Merge pull request #14731 from tamiko/fix_tests_3

Test cgal/cgal_intersect_simplices_1d_3d: constrain to version 5.5 or newer

Merge pull request #14571 from masterleinad/kokkos_la_d_vector_device_aware_mpi

Merge pull request #14743 from tamiko/cmake_improvements_2

Documentation: update to reflect recent CMake changes

Merge pull request #14742 from tamiko/cmake_improvements

CMake: Uniformly raise the minimum required version to 3.13.4

Merge pull request #14738 from tamiko/make_older_cmake_happy

CMake: do not use VERSION for interface targets for older CMake versions

Merge pull request #14739 from masterleinad/strip_x_cuda

Strip "-x cuda" from Trilinos flags without configured Cuda support

doc/users: update to new cmake syntax, update to recent changes

doc/developers: update to new cmake syntax, update to recent changes

update news entry

examples/step-81: depend on deal.II 9.5.0

CMake: Uniformly raise the minimum required version to 3.13.4

Merge pull request #14735 from luca-heltai/stefanozampini/issue-14656

partially address https://github.com/dealii/dealii/issues/14656

CMake: do use VERSION for interface targets for older CMake versions

Use get_index_vector() instead of fill_index_vector().

Strip "-x cuda" from Trilinos flags without configured Cuda support

Add a changelog entry.

Introduce IndexSet::get_index_vector().

Better document CommunicationPatternBase and derived classes.

Add some comments describing our orientation implementation.

Consistently name things 'combined face orientation'.

Un-hardcode some more face and line orientations.

Merge pull request #14685 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-precon

PETScWrappers: improve preconditioner class

Merge pull request #14732 from drwells/unhardcode-fe-p-orientation

Un-hardcode some orientation info in FE_SimplexP{_Bubbles}.

Merge pull request #14713 from tamiko/parallelize_tests

CMake: add_test(): allow concurrent runs of tests with shared targets

Merge pull request #14729 from tamiko/fix_tests_1

Test gmsh/gmsh_api_(01|02|03|04): add output variants

Use DEAL_II_CONSTEXPR_IN_CONDITIONAL

Merge remote-tracking branch 'upstream/master' into kokkos_la_d_vector_device_aware_mpi

Merge pull request #14733 from masterleinad/fix_old_kokkos_tests

fix mispells

Improve documentation

rename assign_petsc_matrix/vector to reinit

Fix a couple tests for older Kokkos versions used by Trilinos

Un-hardcode some orientation info in FE_SimplexP{_Bubbles}.

Test cgal/cgal_intersect_simplices_1d_3d: constrain to version 5.5 or newer

The test fails with the following assertion:

--------------------------------------------------------
An error occurred in line <557> of file <source/cgal/intersections.cc> in function [...]
The violated condition was:
    false
Additional information:
    This function requires a version of CGAL greater or equal than 5.5.
--------------------------------------------------------

So, let's simply not run this particular test in this case.

Merge pull request #14508 from tamiko/modernize_cmake_part_11

Test gmsh/gmsh_api_(01|02|03|04): add output variants

It seems that there was a change in more recent versions of gmsh and the
mesh output changed. These output variants seem to be stable among a
number of architectures and linux distributions so I simply commit them.

The output is similar to the main version and seems to be a "superset".
(It looks like older gmsh versions removed unused points ?!)

If we ever start to increase the number of output variants again I
suggest to change the test to ".run_only" and not compare unstable
output.

Merge pull request #14701 from bangerth/explicit

Also mark some variable instantiations as 'extern'.

Merge pull request #14722 from masterleinad/introduce_deal_ii_if_constexpr

Introduce DEAL_II_IF_CONSTEXPR

Merge pull request #14719 from drwells/more-initlog

Use initlog() in more tests.

Merge pull request #14702 from drwells/set-combined-orientation

Set combined orientation

CMake: add_tests(): do not oversubscribe mpi/thread tests

CMake: add_test() remove code duplication

CMake: add_test(): remove compilation interrupt guard

CMake: add_test(): allow concurrent runs of tests with shared targets

In order to make this possible we define an *additional* test (and test
target) that depends on the executable target and ensures that the
target is in place before it is called concurrently.

CMake: add_test(): refactor, add comments, fix error message

CMake: add_test(): refactor shared target boolean

Merge pull request #14602 from luca-heltai/petsc-petscmat-to-dealiimat

PETScWrappers:BlockSparseMatrix: constructor from PETSc Mat

Merge pull request #14709 from drwells/misc-reference-cell

Miscellaneous improvements to ReferenceCell

Merge pull request #14723 from tamiko/silence_configure_warnings

CMake: silence the CMAKE_CXX_EXTENSIONS warning when including Kokkos

Fxi some more whitespaces

Use DEAL_II_IF_CONSTEXPR as attribute

Merge pull request #14724 from tamiko/silence_configure_warnings_2

CMake: Silence a warning about HDF5_ROOT containing NOTFOUND

Convert device-aware MPI implementation for LinearAlgebra::distributed::Vector

Merge pull request #14718 from masterleinad/fix_get_position_vector_test

Add explicit instantiations for VectorTools::get_position_vector overload

Merge pull request #14725 from tamiko/fix_bundled_boost_warning

Boost: apply an upstream patch to silence -Wnonnull warnings

Boost: apply an upstream patch to silence -Wnonnull warnings

This commit applies boost upstream patch:

  From affc79e04514b4cc4177967ced85f7674f3a6642 Mon Sep 17 00:00:00 2001
  From: "Romain Geissler @ Amadeus" <...>
  Date: Thu, 4 Mar 2021 03:23:14 +0100
  Subject: [PATCH] Ignore -Wnonnull new gcc 11 warnings. (#28)

CMake: Silence a warning about HDF5_ROOT containing NOTFOUND

The FindHDF5.cmake package might set HDF5_DIR to "HDF5_DIR-NOTFOUND"
(even though it finds and configures an HDF5 installation without a
problem). This isn't terribly elegant, but us setting HDF5_ROOT to that
variable triggers a bogus warning.

Thus filter the invalid name.

CMake: silence the CMAKE_CXX_EXTENSIONS warning when including Kokkos

The CMAKE_CXX_EXTENSIONS variable controls whether CMake sets the
"CXX_EXTENSIONS" property for a target. If this property is set then
CMake ensures that gnu extensions are enabled by default by using
corresponding -std=gnu1X flags instead of -std=cxx1X flags.

Kokkos forcefully disables this variable as soon as FindKOKKOS.cmake is
included with a prominent warning. Thus simply set the variable prior to
including FindKOKKOS.cmake.

On a sidenote - Kokkos' workaround here is not really effective: We
currently do not use the CXX_STANDARD target property but set the
language standard by hand. Thus, the variable is simply ignored.

Also, even if a project happens to use the CMAKE_CXX_STANDARD variable,
this generally doesn't work as the project that includes
FindKOKKOS.cmake can simply override the variable later.

Merge pull request #14720 from drwells/fix-suitesparse-type

SparseDirectUMFPACK: Use the correct type alias.

Introduce DEAL_II_IF_CONSTEXPR

Merge pull request #14714 from masterleinad/kokkos_initialization_thread-safe

Make ensure_kokkos_initialized thread-safe

Use initlog() in more tests.

These required a small amount of manual tidying-up but the script I used to
generate most of the changes is

#!/usr/bin/env python3

import sys

lines = list()
skip_next_if_blank = False
with open(sys.argv[1], 'r') as handle:
    for line in handle:
        if line != 'std::ofstream logfile("output");\n':
            if "deallog.attach" not in line:
                if skip_next_if_blank and line == "\n":
                    pass
                else:
                    lines.append(line.replace("logfile",
                                              "deallog.get_file_stream()"))
                    skip_next_if_blank = False
        else:
            skip_next_if_blank = True

found_main = False
line_after_main = -1
with open(sys.argv[1], 'w') as handle:
    for line in lines:
        handle.write(line)
        if line.startswith("main("):
            found_main = True
        if found_main:
            line_after_main = line_after_main + 1
        if line_after_main == 1:
            handle.write("  initlog();\n")

SparseDirectUMFPACK: Use the correct type alias.

Merge pull request #14715 from luca-heltai/stefanozampini/cmake-slepc

Configure: enhance discovery of SLEPc

Add explicit instantiations for VectorTools::get_position_vector overload

Configure: allow discovery of SLEPc when PETSc has been configure with --download-slepc

Make ensure_kokkos_initialized thread-safe

Merge pull request #14628 from masterleinad/move_cuda_tests

define_interface_target: guard link options with generator expression

add a news/changes entry

CMake: update the set of admissible feature variables

CMake: add define_interface_target()

This function defines interface targets for a given feature described by
appropriate CMake variables <FEATURE>_<SUFFIX>.

CMake: require CMake version 3.11

Merge pull request #14601 from luca-heltai/petsc-mpi-comm-in-vectors

Align PETSc mpi comm with comm of PETSc Vec type, and expose VecNest type

Merge pull request #14712 from peterrum/test_mg_k1

Merge pull request #14710 from drwells/reference-cell-consolidate-tables

ReferenceCell: consolidate some tables.

Global-coarsening MG: test linear elements

Merge pull request #14708 from marcfehling/cellweights

Added default constructor for CellWeights.

ReferenceCell: split a string.

ReferenceCell: use more switch statements.

ReferenceCell: use std::numeric_limits.

ReferenceCell: Introduce an alias for std::equal().

This makes this a lot easier to read.

ReferenceCell: consolidate some tables.

ReferenceCell: Use unsigned chars for orientation.

Triangulation: Use lines_per_face for indexing.

It's more descriptive as this array is only used in 3D.

Merge pull request #14361 from jh66637/is_neighbor

Fix warning: unused parameter ‘matrix_’ [-Wunused-parameter]