Remove usage of VecGetValues

It fails with the newest versions of PETSc if the vector is not assembled

PETScWrappers: add a couple of missing reinits

remove NULL

PETScWrappers::MPI::BlockVector Add missing conversion operator for const

Make the documentation clear about what the assign function does.

Moved initialization of petsc_nest_vector into ctrs.

Apply suggestions from code review. Documentation part.

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

ChangeLog.

PETScWrappers: improve BlockVector class

remove the virtual method get_mpi_communicator,
and always return the communicator of the PETSc object

Merge pull request #14706 from drwells/remove-ReferenceCell-namespace

Remove reference cell namespace

Merge pull request #14707 from marcfehling/poisseuille

Minor changes to PoisseuilleFlow.

Minor changes to PoisseuilleFlow.

dealii::ReferenceCells -> ReferenceCells

Remove the internal::ReferenceCell namespace.

This namespace is annoying since it has the same name as a class (and therefore
takes precedence in lookup inside internal namespaces)

Merge pull request #14705 from masterleinad/fix_race_kokkos_initialize

Fix race condition in implicit Kokkos initialization

Fix race condition in implicit Kokkos initialization

Merge pull request #14703 from tamiko/fix_race_condition

Test: sundials/n_vector: fix race condition

Merge pull request #14700 from drwells/fix-static-assert-messages

Improve two static_assert()s.

Merge pull request #14699 from tamiko/add_missing_includes_2

include/deal.II/optimization/line_minimization.h add missing include

Improve two static_assert()s.

Merge pull request #14698 from bangerth/explicit

Declare the existence of explicit instantiations.

include/deal.II/optimization/line_minimization.h add missing include

Merge pull request #14697 from bangerth/doc-89

Add a comment for a recent patch.

Merge pull request #14683 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-usematseqaij

PETScWrappers::MPI::SparseMatrix: use SEQAIJ with one process

Merge pull request #14684 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-zerorowscolumns

PETScWrappers::MatrixBase implement clear_rows_columns

Merge pull request #14696 from tamiko/add_missing_includes

Tests: optimization/* add missing includes

Declare the existence of explicit instantiations.

Add a comment for a recent patch.

Merge pull request #14694 from drwells/n-face-orientations-2

Use ReferenceCell::n_face_orientations() in a few more places.

Tests: optimization/* add missing include

Some of the optimization tests use a std::function object but forget to
include the header. These tests work with older versions of libstdc++
due to some transitive include but fail for current versions:

/home/testsuite/workspace/regression_tests/dealii/include/deal.II/optimization/line_minimization.h:323:16: error: 'function' in namespace 'std' does not name a template type
  323 |     const std::function<std::pair<NumberType, NumberType>(const NumberType x)>
      |                ^~~~~~~~
/home/testsuite/workspace/regression_tests/dealii/include/deal.II/optimization/line_minimization.h:30:1: note: 'std::function' is defined in header '<functional>'; did you forget to '#include <functional>'?
   29 | #include <fstream>
  +++ |+#include <functional>
   30 | #include <limits>

Merge pull request #14688 from vyushut/keywords

Update doc/doxygen/tutorial/tutorial.h.in

Co-authored-by: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>

Merge pull request #14690 from tamiko/always_run_quicktests

Use ReferenceCell::n_face_orientations() in a few more places.

Merge pull request #14677 from luca-heltai/stefanozampini/petsckokkos

Configure: support KOKKOS when found with PETSc

Merge pull request #14687 from drwells/n-lines-warning

Re-implement a compiler warning workaround

Remove outdated comments

Add comments

Testsuite: run quick tests during build test

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Merge pull request #14681 from nlsmrg/replace-ucd-to-deal

Merge pull request #14689 from tamiko/add_tester_ng

CMake: Promote "tester-ng" to official regression tester

CMake: Promote "tester-ng" to official regression tester

Merge pull request #14682 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-mpivectorbase

PETScWrappers::MPI::Vector use VectorBase contructor from Vec

Merge pull request #14679 from bangerth/vtu-cleanup

Minor cleanup in the VTU writer.

step-59, step-64, step85 keywords added

Re-implement a compiler warning workaround

Minor cleanup in the VTU writer.

Merge pull request #14680 from drwells/reference-cell-cases

Use switch statements in ReferenceCell

PETScWrappers::MatrixBase implement clear_rows_columns

PETScWrappers::MPI::SparseMatrix: use SEQAIJ with one process

PETScWrappers::MPI::Vector use VectorBase contructor from Vec

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in grid_reordering.cc

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in Triangulation

Merge pull request #14652 from masterleinad/workflow_tidy

Run clang-tidy in GitHub CI

Merge pull request #14678 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-init-finalize

do not finalize PETSc/SLEPc if not initalized from deal.II

Use switch statements in ReferenceCell.

Patches like ebd03d41278 indicate that there's a measurable performance
advantage to not using a sequence of if statements.

ReferenceCell: convert to constexpr.

We can enable constexpr and disable the check on older compilers.

Merge pull request #14674 from bangerth/ref-cell-centralize

Centralize translation between deal.II and VTK numbering for pyramids.

Merge pull request #14675 from bangerth/deprecated

Avoid a deprecated function in the last context where it is used.

Merge pull request #14661 from bangerth/test-vtu

Test output of a simplex cell with n_subdivisions=2.

Merge pull request #14671 from masterleinad/fix_kokkos_4_0_openmp

Fix OpenMP flag for Kokkos >= 4.0.00

Merge pull request #14676 from luca-heltai/stefanozampini/minor

Configure: support KOKKOS when found with PETSc

This still require grabbing the compile flags and some special CUDA handling?

MPI_InitFinalize: do not finalize PETSc/SLEPc if we are not responsible for it

Minor changes to examples comments

Rename functions to better reflect their functionality.

Minor code cleanups in connectivity.h.

Avoid a deprecated function in the last context where it is used.

Centralize translation between deal.II and VTK numbering for pyramids.

Merge pull request #14664 from bangerth/ref-cell-deprecate

Deprecate functions in ReferenceCell and introduce replacements.

Merge pull request #14672 from bangerth/doc-88

Augment documentation of the PETSc block sparse matrix.

Merge pull request #14673 from nlsmrg/grid-generator-fix

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in GridGenerator

Merge pull request #14670 from bangerth/contains-point

Implement ReferenceCell::contains_points() for the remaining reference cells.

Use platform independent random numbers.

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in GridGenerator

Merge pull request #14650 from masterleinad/guard_boost_intel_llvm

Merge pull request #14669 from drwells/barycentric-cleanup

Also export additional variables to dea.IIConfig.cmake

Co-authored-by: Matthias Maier <tamiko@43-1.org>

define preprocessor variables for all DEAL_II_FEATURE_*_BUNDLED_CONFIGURED CMake variables

Use a conditional to avoid accesses the compiler flags as possibly out of bounds.

Merge pull request #14663 from bangerth/assert-vtu

Make special casing in VTU output more explicit.

Merge pull request #14666 from bangerth/doc-87

Minor updates to bounding box documentation.

Merge pull request #14668 from bangerth/cleanup

Fix the name of a variable: 'ratio' instead of 'ration'.

Merge pull request #14665 from bangerth/comments

Remove comments that are no longer useful.

BarycentricPolynomials: clean up implementation.

ReferenceCell: port line_to_cell_vertices() over

Augment documentation of the PETSc block sparse matrix.

Minor updates to bounding box documentation.

Fix OpenMP flag for Kokkos >= 4.0.00

Add a changelog entry.

Add a test.

Implement ReferenceCell::contains_points() for the remaining reference cells.

Fix the name of a variable: 'ratio' instead of 'ration'.

While there, also make a variable 'const'.

Remove comments that are no longer useful.

Prefix FEATURE_*_BUNDLED_CONFIGURED with DEAL_II

Rename preprocessor variable to DEAL_II_WITH_BOOST_BUNDLED

Avoid a deprecated function.

Add a changelog entry.