Merge pull request #6038 from bangerth/doc-update-2

Fix doxygen markup.

Merge pull request #6033 from bangerth/doc-update

Document why using MPI_COMM_WORLD is ok in one place.

Merge pull request #5993 from MFraters/add_json_parser_for_input_files

Add json parser for input files

Merge pull request #6035 from masterleinad/allow_valgrind

Allow to run the testsuite with valgrind

Fix a couple of places in the documentation of a function.

Fix doxygen markup.

Document why using MPI_COMM_WORLD is ok in one place.

Merge pull request #6025 from masterleinad/fix_clang_6_performance

Fix llvm-6 clang-tidy performance findings

Allow to run the testsuite with valgrind

Merge pull request #6034 from bangerth/add-test

Add a test that works on only a subset of MPI processes.

Merge pull request #5998 from bangerth/update-example-output

Update a couple of things on how we generate output in the example steps

Merge pull request #6022 from bangerth/version-string

Provide a function that returns the version string.

Fix llvm-6 clang-tidy performance findings

Add a test that works on only a subset of MPI processes.

The test is intended to verify that we don't have stray references to MPI_COMM_WORLD.

Update a couple of things on how we generate output in the example steps.

Add a changelog entry.

Provide a function that returns the version string.

Merge pull request #6029 from bangerth/update-step-14

Avoid re-init'ing the same vector twice in step-14.

Avoid re-init'ing the same vector twice in step-14.

Merge pull request #6027 from bangerth/doc-update

Minor doc update to step-35.

Merge pull request #6003 from masterleinad/relaxation_block_set_kernel

Allow for setting the size of the kernel instead of a threshold in RelaxationBlock

Minor doc update to step-35.

Merge pull request #6024 from kronbichler/remove_mpi_comm_world

Do not use MPI_COMM_WORLD in MG Transfer

Remove use of MPI_COMM_WORLD in serial Trilinos vector.

Do not use MPI_COMM_WORLD.

Merge pull request #6020 from bangerth/doc-update

Improve documentation of FETools::compute_projection_matrices().

Merge pull request #6014 from kronbichler/improve_hermite_like_interp

Extend Hermite-like interpolation to case degree=2

Merge pull request #6021 from tjhei/cuda_documentation_fixes

CUDA: doxygen fixes

CUDA: doxygen fixes

- disable DEAL_II_ALWAYS_INLINE and __device__ in doxygen documentation
- avoid @ingroup for member functions because they will be moved not
copied to the group

Improve documentation of FETools::compute_projection_matrices().

Merge pull request #6012 from tjhei/cuda_warnings

CUDA: fix cmake 3.10 and remove warning

Merge pull request #6005 from jppelteret/fix_vector_from_trilinos_vector

Fix Vector::operator=(TrilinosWrappers::MPI::Vector)

Extend Hermite-like interpolation to case degree=2.

Merge pull request #6013 from tjhei/lapack_warnings

remove LAPACK warning about uninitialized info variable

remove LAPACK warning about uninitialized info variable

CUDA: fix cmake 3.10 and remove warning

Merge pull request #6009 from bangerth/doc-update-13

Better document one place.

Merge pull request #6008 from bangerth/cleanup-2

Better document a piece of code.

Merge pull request #6007 from bangerth/cleanup

Simplify code.

Merge pull request #6011 from tamiko/add-gitignore

Add a .gitignore file

Add a .gitignore file

Let's ignore the "code-gallery" directory and all directories starting
with "build*".

Add test for the read json parameter handler.

add json parser for input files.

Better document one place.

Better document a piece of code.

Simplify code.

The existing code seemed to suggest that something different had to happen if n_levels()>0.
But it was really that there was nothing to do if the triangulation is empty. Reflect this
in both the code and a comment.

Merge pull request #6006 from tjhei/cuda_doc

create CUDA doxygen module

Allow for setting the size of the kernel instead of a threshold

cuda doxygen

Fix Vector::operator=(TrilinosWrappers::MPI::Vector)

Data was being copied to the local vector directly from the distributed
vector (as opposed to its localised equivalent). This lead to only a
partial copy of data, and all of the data was offset incorrectly in the
returned vector (giving each process a different view of the localised
vector).

Merge pull request #6004 from masterleinad/avoid_warnings_spherical

Avoid compiler warnings for Function::Spherical

Merge pull request #5995 from bangerth/doc-update

Expand on the discussion in the introduction to step-14.

Avoid compiler warnings for Function::Spherical

Merge pull request #5732 from Jie-Cheng/petsc_mmult_follow_up

Follow-up of #5655: add mmult and Tmmult to petsc sparse matrix and petsc parallel sparse matrix

Follow-up of #5655: add PETScWrappers::SparseMatrix::mmult and PETScWrappers::MPI::SparseMatrix::mmult

Merge pull request #6000 from masterleinad/changelog_5997

Changelog entry for #5997

Changelog entry for #5997

Merge pull request #5997 from masterleinad/fix_distort_random

Fix up GridTools::distort_random for p::s::Triangulation

Merge pull request #5957 from masterleinad/move_support_qgausslobatto

Fix undefined functions in template instantiations

Merge pull request #5996 from masterleinad/fix_scalapack_hdf5

Guard HDF5 specific ScaLAPACK implementation

Fix up GridTools::distort_random for p::s::Triangulation

Expand on the discussion in the introduction to step-14.

Guard HDF5 specific ScaLAPACK implementation

make mangle an internal function of ParameterHandler.

Merge pull request #5941 from BenBrands/save_state_property

save/load state and property of ScaLAPACKMatrix

Merge pull request #5988 from bangerth/update-step-12

Merge the two places where we compute beta in step-12 into one function.

Merge pull request #5991 from tjhei/detailed-log-vectorization

cmake: print vectorization level in detailed.log

cmake: print vectorization level in detailed.log

Merge the two places where we compute beta in step-12 into one function.

Merge pull request #5987 from drwells/fix-qcollection-doc

Fix a wrong link in the documentation.

Fix a wrong link in the documentation.

Merge pull request #5983 from bangerth/update-step-12

Update some code in step-12.

Merge pull request #5980 from masterleinad/fix_without_zlib

Provide output file for DEAL_II_WITH_ZLIB=OFF

Merge pull request #5984 from bangerth/update-step-12-2

Simplify the creation of filenames in step-12.

Simplify the creation of filenames in step-12.

Update some code in step-12.

Specifically:
* Write the bilinear form with direction (-beta) obtained through integration
  by parts, rather than using beta and then doing -= on the matrix.
* Use the names for FE*Values objects that we use everywhere else.
* Some other minor cleanups.

Merge pull request #5975 from davydden/1d_tria

make p::d::Tria<1> similar to dim>1

add a test to make sure we can build p::d::Tria<1>

Provide output file for DEAL_II_WITH_ZLIB=OFF

add dummy p::d::Tria<1>::load() and save()

make constructor of p::d::Tria<1> consistent to that of dim>1

Merge pull request #5974 from davydden/1d_spherical

instantiate Function::Spherical and auxiliary conversion functions fo…

Merge pull request #5977 from davydden/1d_grid_ref_sol_trans

instantiate p::d::GridRefinement and p::d::SolutionTransfer for dim==1

Merge pull request #5976 from davydden/1d_kelly

make KellyErrorEstimator<1> consistent with KellyErrorEstimator<2|3>

Merge pull request #5973 from BenBrands/scalapack_10_b

make test scalapack_10_b shorter

instantiate p::d::GridRefinement and p::d::SolutionTransfer for dim==1

make KellyErrorEstimator<1> consistent with KellyErrorEstimator<2|3>

instantiate Function::Spherical and auxiliary conversion functions for dim=1,2

make test scalapack_10_b shorter

Merge pull request #5927 from Rombur/cuda_sparse_matrix

Cuda sparse matrix

Add forgotten macro guard

Add changelog entry

Add test for CUDAWrappers::SparseMatrix

Add wrappers for cuSPARSE csr sparse matrix

Merge pull request #5969 from masterleinad/replace_doxygen_related

Replace @related by @relatesalso

Replace @related by @relatesalso

Merge pull request #5968 from masterleinad/replace_doxygen_relates

Replace @relates by @relatesalso

Merge pull request #5966 from tjhei/more_emplace_back

fix more findings of modernize-use-emplace

Replace @relates by @relatesalso

Merge pull request #5967 from bangerth/doc-update

Minor edits to the documentation of AnisotropicPolynomials.