we only need to check the cells that have user flags set since those are the ones that correspond to the patch set.

Merge pull request #2170 from srobertp/adjust_triangle_vertices

add in support for changing vertices for

add a test associated with the perturbed vertices changes that calls GridTools::distort_random on the triangulation and then runs the same test as in tests/grid/build_triangulation_from_patch_01.cc

add code + documentation for support of vertices being perturbed to GridTools::build_triangulation_from_patches

add changelog entry for changes to GridTools::build_triangulation_from_patches to support perturbed vertices.

Merge pull request #2171 from tjhei/example_updates

update graphical output in examples

Merge pull request #2172 from tjhei/fix_test

fix tests/base/function_parser_09

fix tests/base/function_parser_09

update graphical output in examples

- switch from gmv to vtu in several places
- format numbers in filenames with leading zeros
- vector output in step-20
- step-29: enable some debug output

Merge pull request #2168 from tjhei/fix_link

fix link

fix link

../mail.html is a 404 and I prefer linking to "participate" instead of
the mailing list...

Merge pull request #2161 from tjhei/step_53_warning

silence boost warnings in step-53

silence boost warnings in step-53

deprecated warning about boost_trait_def.hpp when using boost 1.60

Merge pull request #2163 from tjhei/silence_boost_warnings

silence boost warnings

silence boost warnings

Merge pull request #2156 from tjhei/require_8_5

Require 8.5

Merge pull request #2158 from tjhei/fix_warning

fix warning

fix warning

(unused parameter)

update deal.II version in documentation and tests

Require the current version of deal.II.

update VERSION

Merge pull request #2150 from tjhei/changes_before_84_branch

update changes and news for release

update changes and news for release

Merge pull request #2152 from tjhei/disable_compiler_warnings

disable gcc warnings

disable gcc warning

In file included from /usr/include/c++/4.8/cassert:43:0,
                 from /ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/detail/json_parser/narrow_encoding.hpp:6,
                 from /ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/detail/json_parser/read.hpp:14,
                 from /ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/json_parser.hpp:16,
                 from /ssd/deal-git/source/base/parameter_handler.cc:26:
/ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/detail/json_parser/narrow_encoding.hpp:
In member function ‘char
boost::property_tree::json_parser::detail::utf8_utf8_encoding::to_internal_trivial(char)
const’:
/ssd/libs-
candi/boost_1_60_0/include/boost/property_tree/detail/json_parser/narrow_encoding.hpp:71:25:
warning: comparison is always true due to limited range of data type
[-Wtype-limits]
             assert(c <= 0x7f);

Merge pull request #2153 from tjhei/update_trilinos_version

update known good trilinos version

update known good trilinos version

Merge pull request #2131 from srobertp/dof_support_patches

add the get_dof_to_support_patch_map() function

Merge pull request #2149 from asartori86/rand_function

added rand function to FunctionParser

added rand and rand_seed functions to FunctionParser

run indent and add comments to describe test

add test of FE_Q<dim>(2) with dof_to_support_patch_map

Merge pull request #2151 from drwells/matrix-free-broken-link

Join a link that was broken over two lines.

Join a link that was broken over two lines.

This makes the link clickable.

change template parameter to DoFHandlerType and make various changes as recommended in pull request

Merge pull request #2144 from tjhei/wrapcomments

Wrapcomments

Merge pull request #2148 from tjhei/scary_mpi_fixes

fix several scary MPI bugs

fix several scary MPI bugs

I am surprised the code in question used to work at all because we are just
overwriting random memory. I detected those using clang's argument type
warnings and extensible clang type annotation within MPICH.

Merge pull request #2147 from kronbichler/master

Avoid C++11-isms in tests

Avoid C++11-isms in tests

Merge pull request #2146 from tjhei/minor_doc_update

minor rewording

minor rewording

run wrapcomments

this sadly kills some of the manual indentation of @param and other
commands

Merge pull request #2145 from tjhei/update_copyright_years

update copyright years

Merge pull request #2143 from tjhei/documentation_updates

Documentation updates

update copyright years

fix astyle

wrapcomments.py: numbered list support

update update_copyright script

-i is only valid if you process a file

fix block formulas

doxygen doesn't like numbered lists

more manual formatting

improve wrapcomments.py

manual formatting fixes for wrapcomments.py

formatting: release step 0b

various documentation fixes

Merge pull request #2142 from tjhei/msvc_bigobj_fix

fix MSVC compilation by adding /bigobj

fix MSVC compilation by adding /bigobj

this fixes "fatal error C1128: number of sections exceeded object file format limit"

run indent again on changes

Merge pull request #2100 from drwells/remove-whitespace-in-get_fe_by_name

Remove whitespace in get fe by name

Merge pull request #2140 from tjhei/fix_tests2

fix tests without cxx11

fix tests without cxx11

Merge pull request #2139 from tjhei/metis_test_output

fix metis tests

fix metis tests

On my machine with 64bit ints and 32bit metis I am getting the 32bit results
and so the tests fail. Fix this by always comparing against all possible
outputs. Also include additional output for metis_04.

Merge pull request #2138 from tjhei/metis_user_include

add metis include dir to USER_INCLUDE_DIRS

add metis include dir to USER_INCLUDE_DIRS

otherwise tests/metis/metis_01a fails with "fatal error: 'metis.h' file not found"

Merge pull request #2137 from tjhei/fix_tests

fix several tests

fix several tests

Merge pull request #2136 from tjhei/fix__parallelepiped_test

fix tests/grid/grid_parallelepiped_05

fix tests/grid/grid_parallelepiped_05

rerun the indent styling to be back in the proper indentation style

add the user_flag saving and restoring so that dof_handler is truly unchanged (const)

make various comment and naming changes based on discussion in pull request

Merge pull request #2134 from tjhei/boost_blacklist2

Boost blacklist2

Add some spaces in the get_fe_by_name test.

Let FE names have spaces between words.

Previously, things like

    FESystem[FE_Q(1) - FE_Q(2)]

caused parsing errors due to the spaces around the '-'. The new behavior is to
delete space that is not surrounded by 'word' characters (things that match the
regular expression [A-Za-z0-9_]) before parsing the name.

Merge pull request #2135 from tjhei/fix_compilation_grid_gen

fix compilation errors

 applied ./contrib/utilities/indent to changes in grid_tools.h and grid_tools.cc

fix compilation errors

gcc and intel rightfully want the template parameters spelled out.

also remove Boost_DIR

use correct version variables

cleanup boost variables

Merge pull request #2132 from tjhei/boost_blacklist

blacklist boost version 1.58

move check to configure_boost

Merge pull request #1936 from tjhei/hyper_rectangle_codim_fixes

fix *_hyper_rectangle for codim and add new subdivided_parallelepiped

Merge pull request #2133 from tjhei/test_empty_results

handle empty test output

handle empty test output

If the make command to compile a test returns empty output (don't ask me
why that happened on my machine), quote it in the regex to avoid an
error like:
"string sub-command REGEX, mode MATCH needs at least 5 arguments"

changelog

fix *_hyper_rectangle for codim and add new subdivided_parallelepiped

- extend documentation what happens if dim!=spacedim
- add new subdivided_parallelepiped for codim1 and 2
- switch to Point<dim> in *_hyper_rectangle

blacklist boost version 1.58

addresses #1591

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into dof_support_patches

Merge pull request #1934 from Arezou-gh/local-triangulations

Add GridTools::build_triangulation_from_patch() and GridTools::get_cells_at_coarsest_common_level().

Add modified tests for build_triangulation_from_patch()

add the get_dof_to_support_patch_map() function to grid_tools and instantiations.

Merge pull request #2129 from kronbichler/master

Fix bug in matrix multiplication

Fix bug in matrix multiplication

Merge pull request #2127 from pesser/fix_warning

avoid warning about unused variable

avoid warning about unused variable

According to the documentation of ArpackSolver::solve the first parameter is
unused. Do not give it a name in the definition to avoid unused variable
warnings.

Merge pull request #2126 from davydden/compute_line_dof_identities_assert

remove invalid assert in compute_line_dof_identities() related to ele…

remove invalid assert in compute_line_dof_identities() related to element domination; add a unit test