Merge pull request #9235 from bangerth/doc

Augment the UMFPACK error message.

Merge pull request #9256 from krishnakumarg1984/step4_krishna_fix_3

fixes a redundant paragraph in Step-4 tutorial (since vtk format was already introduced in step-3)

fixes a redundant paragraph in Step-4 tutorial (since vtk format was already introduced in step-3)

Merge pull request #9149 from bangerth/18

Fix a mistake in the introduction of step-18.

Merge pull request #9251 from krishnakumarg1984/step4_krishna_fix_2

fixes a typo in step-4 incorrectly quoting the tutorial wherein the ZeroFunction as first introduced

Merge pull request #9248 from bangerth/possibilities

Mark 'Possibilities for extensions' as <h3>.

Merge pull request #9073 from luca-heltai/particle-generators-dofs

Generate particles on support or quadrature points on other grid

add mailmap entry

fixes a typo incorrectly quoting a section wherein the ZeroFunction was first introduced

Merge pull request #9206 from bangerth/tasks

Provide TaskGroup::size().

Merge pull request #9247 from bangerth/fix

Fix description of a test.

Mark 'Possibilities for extensions' as <h3>.

Otherwise, our scripts don't pick these headings up and it won't show
in the table of contents.

Fix description of a test.

Merge pull request #9245 from bangerth/readme

Document out of memory issues with 'make -jN'.

Document out of memory issues with 'make -jN'.

Merge pull request #9244 from tjhei/jenkins-osx-increase-timeout

jenkins: increase OSX timeout

jenkins: increase OSX timeout

It turns out that builds take longer after updating the machine to a
newer xcode and we regularly encounter a timeout.

Augment the UMFPACK error message.

Generate particles on support or quadrature points on other grid

Functions that generates particles at the location of the support points of a
possibly non-matching grid or at the quadrature points of a possibly non-matching grid

The total number of particles that is added to the particle_handler
object is the number of dofs of the DoFHandler that is passed that are
within the triangulation and whose components are within the
ComponentMask.

Co-authored-by: Bruno Blais <blais.bruno@gmail.com>
Co-authored-by: Luca Heltai <luca.heltai@sissa.it>

Merge pull request #9238 from bangerth/ia64

Remove reference to the IA64 architecture.

Merge pull request #9239 from tjhei/config_h_p4est_old

config.h: remove old p4est version logic

Merge pull request #9241 from bangerth/doftools

Mark some input arguments as 'const'.

Add a changelog entry.

Fix a mistake in the introduction of step-18.

The description of the problem is due to Ming Yang <ykevin09@gmail.com>.

Mark some input arguments as 'const'.

This requires to also make a 'std::vector' argument a reference. Incidentally,
this also matches our usual style.

config.h: remove old p4est version logic

Remove reference to the IA64 architecture.

IA64 was an interesting historical experiment that I enjoyed working on
and even more thinking about. But the architecture has not been updated
since 2012, and so there is no real danger in removing a piece of
code related to it from actually breaking anything for anyone.

Add a changelog entry.

Add a test.

Provide TaskGroup::size().

Merge pull request #9204 from rezarastak/mu_parser_random

mu_parser functions modified to use std random number generators

Merge pull request #9236 from bangerth/doc-2

Augment the documentation of GridGenerator::simplex().

Augment the documentation of GridGenerator::simplex().

Merge pull request #9234 from tjhei/doc_grid_gen_simplex

doc: minor GridGenerator changes

doc: minor GridGenerator changes

Merge pull request #9229 from masterleinad/return_correct_indentation_error_code

Return error code from indent-all in check_indentation.sh

Return error code from indent-all in check_indentation.sh

tests updated to be independent of RNG details

Merge pull request #9233 from masterleinad/remove_cryptic_comment

Remove cryptic comment

Remove cryptic comment

Merge pull request #9106 from peterrum/pft_without_p4est

Make pft independent of p4est

Merge pull request #9230 from kronbichler/fix_mf_code

Fix two bugs in matrix-free code

Make pft tests independent of p4est

Merge pull request #9219 from tjhei/output_table_deprecate

deprecate members in TimerOutput

Fix two bugs in matrix-free code

Merge pull request #9224 from peterrum/dofhandlerpolicy_p4estfree_macros

Replace some DEAL_II_WITH_P4EST with DEAL_II_WITH_MPI

Replace some DEAL_II_WITH_P4EST with DEAL_II_WITH_MPI

Merge pull request #9223 from peterrum/ecl-mapping-fix

Bug fix in PR #9155

Merge pull request #9225 from tjhei/doxygen_fix_citation

fix a doxygen citation

Merge pull request #9190 from bangerth/doc

Annotate a few function arguments in doxygen.

fix a doxygen citation

might be related to #9222

Fix check of neigboring cells

Merge pull request #9218 from peterrum/get_projection_matrix_for_float

Instantiate FETools::get_projection_matrix for float

Merge pull request #9215 from peterrum/dofhandlerpolicy_p4estfree

Make DoFHandlerPolicy independent of p4est

Merge pull request #9155 from peterrum/ecl-mapping

ECL: make mapping of neighbor available

Use CellId::binary_type for communication

Fix labels

Fix serial compilation

Make internal::DoFHandlerImplementation::Policy::ParallelDistributed independent from p4est

Merge pull request #9214 from peterrum/cellid_ancestorof

Add CellId::is_ancestor_of

deprecate members in TimerOutput

It looks like these identical functions have been around for a long
time. While I prefer enter/exit_section(), we use the others in most
places.

Merge pull request #9217 from peterrum/fix_date

Fix date in header

Instantiate FETools::get_projection_matrix for float

Fix date in header

Add CellId::is_ancestor_of

Merge pull request #9211 from bangerth/instantiate

Instantiate DoFTools::map_dofs_to_support_points() also for <1,3>.

Merge pull request #9209 from drwells/fix-using-namespace-links

Keep the 'dealii::' in 'using namespace dealii::'.

Merge pull request #9208 from drwells/fix-tbb-version-check

Fix our TBB version check.

Instantiate DoFTools::map_dofs_to_support_points() also for <1,3>.

Merge pull request #9205 from bangerth/fix

Use a range-based for loop.

Fix our TBB version check.

Since the regular expression we used was eager it matched the 202 in 2020,
yielding a version number of 0.0. Note that this worked with older versions of
TBB since we would get, e.g., version 8.0 instead of version 2018.0.

Keep the 'dealii::' in 'using namespace dealii::'.

Some of our example code on the website (e.g., step-40) doesn't work since we
get rid of the preceding dealii and print

    using namespace ::LinearAlgebraPETSc;

when it should be

    using namespace dealii::LinearAlgebraPETSc;

instead. This change keeps the 'dealii::' only in this case, which currently
only occurs in step-40.cc, step-50.cc, step-55.cc, and local_integrators.h.

Annotate a few function arguments in doxygen.

Plus minor other fixes.

Use a range-based for loop.

Merge pull request #9200 from bangerth/fix-1

Fix what looks like an obvious typo in the UMFPACK source files.

Merge pull request #9201 from bangerth/fix-3

Minor doc updates.

Merge pull request #9203 from bangerth/fix-2

Simplify the code in a test a bit.

Merge pull request #9202 from bangerth/fix-4

Mark a bunch of input arguments as 'const'.

mu_parser functions modified to use std random number generators

Mark a bunch of input arguments as 'const'.

Minor doc updates.

Simplify the code a bit.

In earlier versions of deal.II, the SparseDirectUMFPACK could deal
with block matrices but not block vectors, and so we needed to do some
copying around. This is no longer necessary.

Fix what looks like an obvious typo.

The BLAS_ZGER function is called a few lines below but doesn't have a
prototype/declaration.

Merge pull request #9199 from bangerth/umfpack

Avoid _n and _m as variable names.

Avoid _n and _m as variable names.

In general, we don't use variable names that start with underscores, but here using
one-letter variables can also easily be avoided.

Merge pull request #9197 from bangerth/40

Let step-40 only depend on step-6, not step-17.

Let step-40 only depend on step-6, not step-17.

Back in the day, we thought of 17 (which now uses the parallel::shared::Triangulation) as
a stepping stone to get to 40, but that's not really any longer how I think about step-40:
To me, that's a stand-alone basic technique, whereas step-17 is sort of a niche topic
for connoisseurs and those interested in a particular topic.

So remove the dependency 17->40 to make the tutorial graph simpler.

Merge pull request #9194 from bangerth/40

Label step-40 as a 'basic' tutorial program.

Merge pull request #9193 from bangerth/61

Let step-61 only build on step-51, not step-4.

Label step-40 as a 'basic' tutorial program.

So far, only steps 1-6 were listed as 'basic', but step-40 has attained a similar
status in recent years since quite a number of new programs are now parallel based
on the techniques discussed there. I think it would make sense to reflect that in
the graph by giving it a highlighted style.

Let step-61 only build on step-51, not step-4.

The tutorial graph is complicated enough as it is. We don't need to list dependencies
on some of the more basic tutorials.

Merge pull request #9188 from peterrum/dof_accessor_include

Include dof_accessor.h

Merge pull request #9191 from tjhei/mpi_h_warning

silence system header MPI warning

Include dof_accessor.h

Merge pull request #9186 from masterleinad/avoid_generic_lambda

Avoid variable template in hp::Refinement

Merge pull request #9157 from kronbichler/shape_info_inverse_shapes

Add field for inverse/projection of 1D polynomials to MF::ShapeInfo

Merge pull request #9182 from bangerth/deprecate

Deprecate some versions of DoFTools::extract_dofs().

Avoid variable template in hp::Refinement

silence system header MPI warning

I am getting
/usr/include/mpich/mpicxx.h:1523:24: warning: ‘virtual MPI::Nullcomm&
MPI::Nullcomm::Clone() const’ can be marked override [-Wsuggest-
override]

with gcc5 and mpich 3.1. Fix this.

Merge pull request #9183 from peterrum/fedgq-mem

Implement FE_Poly::memory_consumption