Merge pull request #457 from tamiko/dealii-8.2

Cherry-pick commits to the release branch

Fix up references to images.

These references were broken just before the 8.2 release by a rogue script.

update VERSION

Merge pull request #427 from tamiko/dealii-8.2

Cherry-pick commits to the release branch

Provide a 8.2.0-vs-8.2.1.h changelog

CMake: Build up library name directly

The LOCATION property is deprecated starting with CMake 3.0. Further it
leads to an astonishing bug if used in CMake 3.1 [1]. Thus, we have to
build up the library name by hand.

[1] http://public.kitware.com/Bug/view.php?id=15338

CMake: Use a global property to store object targets

CMake: Explicitly set all policies to new behavior

We support all CMake policies up to version 3.1.0 . Thus, set them to new
behavior.

Conflicts:
CMakeLists.txt

CMake: Also handle subminor version number

CMake now correctly queries the DEAL_II_PACKAGE_VERSION string for a
subminor version replacing "pre" and "rc?" by "0". The subminor version
number is also exported in the project configuration and the config.h
header file.

Conflicts:
doc/news/changes.h

update VERSION

Merge pull request #389 from tamiko/dealii-8.2

cherry-pick changes to release branch

Update documentation of DEAL_II_WITH_* lists, and testsuite configuration

remove obsolete functionparser definitions

Add an additional hint for opencascade

Merge pull request #384 from tamiko/dealii-8.2

cherry-pick commits to the release branch

step-34: Also adjust error message

CMake: Restructure configuration file

wrapcomments on all files

manually reformat some files

fix typo in step-52

better @ref handling

Correctly handle @ref in the wrapcomments.py script. We need to keep the
description in quotes in one line and move everything else to the next line
except immediate punctuation.

Merge pull request #380 from tamiko/dealii-8.2

cherry-pick commits to the release branch

Now also cached variables have CPACK prefix.

fixup files

more fixup

format everything

fix warpcomments.py

fix up more files

fix more files

force @ref in separate line

put @ref in separate line

remove stray comment

update wrapcomments.py

now handle @image tags correctly

fix doxygen formatting

reformat a couple of places in the doxygen comments manually (broken
@image lines etc.). This is mostly to make wrapcomments.py happy.

improve SolutionTransfer exception

parallel::distributed::SolutionTransfer only works with parallel::distributed::Triangulation. This is now checked in the constructor.

add .gitattributes

we ignore the testsuite and some other files when creating a tarball
with git archive. This is also used by github for 'releases'.

update VERSION

Merge pull request #375 from tamiko/dealii-8.2

cherry-pick commits to the release branch

update normalize script

update VERSION

Merge pull request #373 from tamiko/dealii-8.2

cherry-pick commits to the release branch

fix configuration for step-34

Merge pull request #371 from tamiko/dealii-8.2

cherry-pick commits to the release branch

fix compilation against opencascade on linux targets

Merge pull request #369 from tamiko/dealii-8.2

cherry-pick commits to the release branch

put license.html directly on the homepage

clenaup toc, remove stale information

Documentation: remove stale html files

Remove news.html and publications/indexl.html stubs - they are not
referenced any more.

Documentation: Remove all references to external resources

We already link to this  external resources on the homepage - there is no
point in doing it here (nobody will find it and it has the bad tendency of
being out of date).

Documentation: Remove svn.html from offline documentation

The new development guidelines for git should be prominently on the
homepage, not buried in the offlinedocumentaiton. So just remove the old
cruft.

Documentation: Remove bogus indentation.html file

Well, we already have a detailed doxygen file about indentation. So it is
better to add the three relevant lines about astyle there and remove this
additional documentation page completely

Documentation: Remove references to svn

Remove references to svn's $Id$ in the headers and replace references to
the old subversion repository in various html files

Fix link in step-52

fix link to step-49 gmsh_picture.png

Fix undefined symbols on Mac.

Deactivate ShapeInfo::reinit on MSVC target as proposed in c2021e2.

fix cmake muparser version string parsing

Turns out there are muparser versions out there that don't have a
subminor version which made our cmake code barf.

Merge pull request #364 from tamiko/dealii-8.2

cherry-pick commits to the release branch

Fixed typo in setup_cpack.

Merge pull request #362 from tamiko/dealii-8.2

Cherry-pick commits to the release branch

port other tests to new macro

Test umfpack/umfpack_04: Avoid printing exact number of iterations

This commit introduces a new macro for tests to test an iterative solve to
convergence within a given number of iteration steps. Due to roundoff
errors the exact number doesn't have to be stable...

Test bits/step-51: Improve output

This allows numdiff to catch small roundoff errors.

Fix constructor of SchurMatrix for 64 bit indices.

Fix bug in Trilinos SparseMatrix::add/copy_from

We assume that the pointers to a Trilinos sparse matrix remain valid when a matrix
is copied from another one or added and the two matrices share the same sparsity pattern.
This is used in step-32. However, the fix introduced in 8d64256 could not ensure this
(while fixing a few other cases). The check if the two sparsity patterns point to the same
memory is not good (we can have the same sparsity pattern memory but different addresses).

Therefore, the add and copy_from methods need to be more careful to not set up a new
matrix structure when this is not necessary. In particular, the two methods now check
whether the column indices are the same in any case but without requiring calling
methods that change the memory layout.

Merge pull request #358 from tamiko/dealii-8.2

Cherry-pick commits to the release branch

Fix previous commit 1d327fd1dcd34023a3d5bb2c0ee7524593d44015.

Commit 1d327fd1dcd34023a3d5bb2c0ee7524593d44015 moved a function from the .cc
file into the .h file and made it inline. Subtly, it also snuck in a small
change in the code: it changed
  if (!something)
   {
     ...
   }

  if (something)
into
  if (!something)
    {
      ...
    }
  else

The problem is that the first code block in rare circumstances changed the
value of the variable something. It is remarkable that this only triggered
in a single test in the testsuite -- an indication that the testsuite is
after all reasonably good at finding even obscure problems, but also an
indication that the anisotropic refinement stuff is not particularly well
tested.

Merge pull request #354 from tamiko/dealii-8.2

Remove unfinished example steps

Remove unfinished example steps 47 and 50

Merge pull request #353 from tamiko/dealii-8.2

Cherry-pick commits to the release branch

Fix copyright years in doc/users/doxygen.html

The year 2013 is already included in the range 2012 - 2014.

Add instantations for class RungeKutta.

Merge pull request #349 from tamiko/dealii-8.2

Cherry-pick commits to the release branch

fix doxygen warnings

try to get the arpack test a bit more stable

Well, it turns out that depending on arpack version and CPU the result for
the first 5 eigenvalues differs. Try to make this a bit more stable by
computing 8 eigenvalues and only print the first 5.

Update normalize.pl to also substitute 8.2.pre version

update AUTHORS

update VERSION

Merge pull request #344 from tamiko/fix_some_tests

Fix a bunch of tests for simserv

Merge pull request #343 from tamiko/changes_and_doc_update

Release steps 0e 1 1a

Merge pull request #342 from tamiko/doxygen_fixups_and_reindent

Release steps 0a 0b 0c 0d

normalize parameter_handler_write_json.output for different boost versions

Update codim_01.mpirun=3.debug.output

sort output of arpack/step-36_ar

update changes.h and tags for release

Update blurbb for petsc and trilinos

Bugfix: Fix typo so that our step-graph gets build again...

manually fix up @ref statements

Run wrapcomments.py, release step 0c

reindent dof_handler.h, doxygen fixups

Merge pull request #301 from bangerth/muparser-cleanups

Muparser cleanups

Make an error message easier to read.

Enclose strings in <...> so that one can more easily see if there happen
to be spaces in untoward places.

Clean up documentation a bit.

Reorganize code a bit.

Change the code so that checking whether a function parser object
has already been created now happens at the place where we use
the object, rather than as an early exit in the init_muparser()
function. I find that this makes the code easier to read.

This also allows us to remove the creation of a parser object on the
thread where the object is actually created. In many (most) cases,
we will simply create the parser later on anyway, but not necessarily.

Merge pull request #299 from bangerth/add-test-2

Add another testcase.

Add another testcase.

This is for the same problem as reported by Krishna Garikipati
on the mailing list this week. He verified that this used to fail
and works now, so I would like to add it to the testsuite to make
sure we don't regress in this functionality.

Merge pull request #298 from Rombur/workstream

Use parallel_for instead of a pipeline in implementation3 of WorkStream.

Use parallel_for instead of a pipeline in implementation3 of WorkStream.

Merge pull request #289 from l-korous/master

Make entire library code compile on MSVC & gcc.

Squashed changes for build working both on MSVC and other compilers.

Merge pull request #297 from tamiko/fix_wno-xxx_detection_for_gcc

CMake: Correctly detect -Wno-... support for gcc