Merge pull request #2852 from bangerth/improve-error-message

Improve an error message.

Improve an error message.

Specifically, say early that using ::SolutionTransfer with
parallel::distributed::Triangulation is likely going to lead to
heartache.

Merge pull request #2845 from masterleinad/quarter_hyper_ball

Add GridGenerator::quarter_hyper_ball

Entry in changes.h

Generate a mesh as intersection of a hyperball and the positive octant

Merge pull request #2841 from drwells/split-tests/bits-03

Move all dof tests into tests/dofs/.

Merge pull request #2842 from davydden/fix/slepc_warnings

silence compiler warnings for complex SLEPc

silence compiler warnings for complex SLEPc

Move all dof tests into tests/dofs/.

Merge pull request #2817 from tamiko/fix_some_tests

Tests: Fix various PETSc solver tests

Merge pull request #2836 from bangerth/doc-update

Update documentation of SparseMatrix::mmult.

Update documentation of SparseMatrix::mmult.

The intent is to make it clearer what happens when rebuilding
the sparsity pattern.

Merge pull request #2835 from bangerth/improve-error-message

Improve an error message.

Improve an error message.

Merge pull request #2833 from tamiko/cmake_hide_some_variables

CMake: Mark a number of variables as advanced, fix clear variables for trilinos

Merge pull request #2832 from davydden/tests/petsc_complex_l1_again

Tests/petsc complex l1 again

CMake: Mark a number of variables as advanced, fix clear variables for trilinos

add a note on l1_norm() for complex-valued PETSc

ugly fix of PETSc complex l1_norm()

Merge pull request #2831 from bangerth/workaround-for-doxygen

Work around a silly problem with doxygen.

Work around a silly problem with doxygen.

Merge pull request #2828 from drwells/add-petsc-mpich-warning

Add a warning against using --download-mpich.

Add a warning against using --download-mpich.

This is a PETSc option that usually causes trouble, especially when a
user already has MPI installed on their machine.

Merge pull request #2830 from tamiko/cmake_fix

CMake: Remove forgotten debug output

CMake: Remove forgotten debug output

*blush*

Merge pull request #2827 from masterleinad/remove_warnings_unused_var

Remove warnings for unused variables in LocalIntegrators

Merge pull request #2826 from drwells/update-trilinos-compilation-instructions

Update trilinos compilation instructions

Remove spaces before '-D's.

My version of CMake doesn't like the extra spaces.

Update the Trilinos build instructions.

Credit goes to Jean-Paul Pelteret for suggesting this change and
compiling the list of libraries.

Remove warnings for unused variables in LocalIntegrators

Merge pull request #2825 from tamiko/make_cdash_happy

CTest: Do not try to manipulate xml submission files with sed

CTest: Do not try to manipulate xml submission files with sed

Due to this sed magic we might end up with two identical keys in
Configure.xml. Unfortunately, this terribly confuses CDash.

Merge pull request #2816 from davydden/tests/petsc_complex_l1

fix petsc_complex l1_norm() test

Merge pull request #2809 from drwells/refactor-petsc-compatibility

Refactor petsc compatibility

Merge pull request #2824 from davydden/tests/slepc_complex_fix

Tests/slepc complex fix

Merge pull request #2822 from tamiko/cmake_bugfix

CMake: Bugfix: Properly fix (CMAKE|DEAL_II)_CXX_FLAGS* caching

CMake: Bugfix: Properly fix (CMAKE|DEAL_II)_CXX_FLAGS* caching

Well, #2793 did not really solve the problem.

This commit reorganizes the caching process entirely:

 * always store CMAKE_* variables in internal cache

 * do not force update cached DEAL_II_* variables

 * fix the issue of simultaneous usage of CMAKE_* and DEAL_II_* variables
   by prepending DEAL_II_* variables *after* the cache setup

fix slepc tests with complex PETSc

(i) disable slepc/ tests with complex PETSc
(ii) require real-valued PETSc for step-36

Merge pull request #2823 from tamiko/cmake_improve_sanity_checks

CMake: Restructure compiler sanity checks

add a news/changes.h entry

CMake: Workaround: Try to drop "-fuse-ld=gold" in configure_1_mpi.cmake

fix a typo

add a news/changes.h entry

CMake: Add a check to ensure a working MPI interface

CMake: Simplify CHECK_COMPILER_SETUP macro

CMake: Also include the link interface in the sanity checks

CMake: Also check final compiler/linker setup with full link interface

CMake: Restructure compiler sanity checks into a macro

Merge pull request #2784 from masterleinad/get_fe_by_name

Allow for all FE to be returned by get_fe_by_name

Merge pull request #2818 from tamiko/emergency_fix

CMake: Bugfix: Do not error out if a variable for a feature constraint is undefined

Add changes.h entry

Replace get_fe_from_name by get_fe_by_name everywhere

Rename test and enable test for 2d ABF

Allow for all FE to be returned by get_fe_by_name

CMake: do not use CONTINUE() because it is not supported by CMake 2.8.8

CMake: Do not pollute deal.IIConfig.cmake

Do not pollute deal.IIConfig.cmake with bogus details about unconfigured
features.

CMake: Bugfix: Do not error out if a variable for a feature constraint is undefined

Fix two warnings with an older PETSc versions.

Merge pull request #2819 from tamiko/fix_a_test

Tests: Fix lac/linear_operator_04a

Tests: Fix lac/linear_operator_04a

Always use an initialized and compressed matrix object in this test. This
avoids a regression when deal.II is compiled with 64bit mode: unitialized
trilinos objects are not guaranteed to work at all.

Tests: Fix petsc/solver_11 to test for convergence

Tests: Fix petsc/solver_(01|02) to test for convergence

Tests: Fix petsc_complex/solver_real_(01|02) to test for convergence

fix petsc_complex/17 test

Merge pull request #2756 from tamiko/clean_up_contrib

Clean up contrib/*, split parameter_gui into own repository

Merge pull request #2814 from davydden/tests/petsc_complex_extra_output

Let petsc_complex/solver_real_[01|02] fail in the same way petsc/solver_[01|02] do

fix exception catch

Merge pull request #2813 from kronbichler/master

Prevent FE_Bernstein from implementing nonsensical interpolation

add extra output for petsc_complex/solver_real_[01|02] with different whitespaces

Merge pull request #2812 from davydden/tests/build_tests_complex

skip real-valued only PETSc build_tests

require real-valued PETSc examples to have DEAL_II_PETSC_WITH_COMPLEX=OFF

rename .output for tests which do not run with complex-valued PETSc

Prevent FE_Bernstein from implementing nonsensical interpolation

Merge pull request #2805 from tamiko/testsuite_features_configuration

CMake: Support fine grained feature configuration constraints in tests

Update tests

add an news/changes.h entry

CMake: Support fine grained feature configuration constraints in tests

With this change it is now possible to restrict tests to fine grained
feature configurations (if we happen to export them to
deal.IIConfig.cmake).

Example:
  test.with_arpack=true.with_arpack_with_parpack=true.output

Will only be configured if arpack is detected with (working) parpack
support.

CMake: Also check for Mumps support in PETSc, refactor slightly

Add error checking to set_option_value.

Implement PETSc matrix clear_row with clear_rows.

These functions are identical up to their signatures.

Refactor out MatSetOption in a few places.

Wrap multiple versions of PETSc's KSPDestroy.

Like the fix for MatDestroy, this avoids scattering version checks
throughout the library and avoids throwing exceptions in destructors.

Wrap multiple versions of PETSc's MatDestroy.

This commit puts the version checks of PETSc, which dictate the correct
usage of  MatDestroy, all in one place.

The wrapped version does not throw exceptions, so this fixes a
problem (throwing exceptions in a destructor if PETSc fails) with some
of the current wrapper classes.

Merge pull request #2788 from bangerth/assert-nonsingular-chart

Assert nonsingular chart

Merge pull request #2806 from bangerth/fix-changelog

Add Jean-Paul as one of the rightful contributors to a recent patch.

Add Jean-Paul as one of the rightful contributors to a recent patch.

Merge pull request #2804 from bangerth/fix-2661

Fix a bug in MappingQGeneric::reinit().

add a changes.h entry

Update documentation and build system for parameter_gui removal

remove header templates (no one uses them...)

remove obsolete scripts

  voted obsolete by minority decision (3 developers ;-) )

remove parameter_gui project

The parameter GUI project has moved to
  https://github.com/dealii/parameter_gui

Add a test.

Add changelog entry.

Fix a bug in MappingQGeneric::reinit().

Specifically, we thought that we were on the same cell as the last call to
FEValues::reinit() and so did not re-compute information -- but the vertices
of the triangulation had been moved in between, and consequently the previously
computed data was stale.

Assert that ChartManifolds are not singular.

Ensure that charts do not map from higher into lower dimensional spaces.

Merge pull request #2797 from bangerth/add-norm-to-DerivativeForm

Add DerivativeForm::norm().

Add another test for complex-valued DerivativeForm objects.

Add a test.