Throw away small entries rather than printing them as 0.000 (or as a blank space) if they are truly zero.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26241 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Throw away entries in the matrix with a more generous threshold. This test is rather instable at a tolerance of 1e-16 and doesn't allow for good comparisons.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26237 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

start simplification of DoFHandler; remove dimension-dependent names in DoFLevels

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26236 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add and document the new make report+summary in the testsuite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26235 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make code the same in debug and optimized mode. Otherwise this is a
prescription for subtle bugs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26234 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug where we try to access elements in a matrix that are beyond the end.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26233 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26231 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement advection operators in weak form

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26230 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change OpenMPI output and add comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26229 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Suppress an erroneous warning by pgCC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26227 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make code slightly more elegant and also make it work with the PGI compiler at the same time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26226 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26225 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update ignores

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26222 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update ignores for eclipse files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26221 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove offset parameter from DoFHandler::distribute_dofs() (was never tested/working correctly)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26220 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

replace URL by branch

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26217 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix URL bug

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26216 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make font in table smaller

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26215 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

report additional libraries

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26214 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Output the deal.II URL to be able to detect branches

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26213 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing scaling factor

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26212 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing -f in remove command

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26211 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26210 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one more markup problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26209 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix it in 3 more places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26208 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix spelling: @pre instead of @precondition.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26207 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove template argument in hopes that doxygen can resolve the link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26206 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix wrong link to step in comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26201 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-add link to changes post-7.2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26198 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update tests (release task step 7)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26196 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update autoconf (release task step 6)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26195 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update deal version for pending release (release step 6)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26193 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Go through steps 1-3 in the release task list.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26191 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem where the wrong file was deleted in r26004.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26190 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

document ghosted vectors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26189 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make tmp files in different make targets unique. Maybe that helps with
occasional cases where one library gets built but the other apparently doesn't...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26188 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update svn:ignore in tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26187 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Format the HTML.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26186 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26185 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26184 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add mention of step-41.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26183 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-32: fix sadd with ghosted vectors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26182 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a link. Add a note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26181 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing anchor.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26180 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove link to deleted report.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26179 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove link to a hopelessly outdated report.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26177 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

move working tests from fail to lac

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26173 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

return from ConstraintMatrix::close() in case of a cycle so we can test this.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26168 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26167 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve handling of HDF5 (patch from Eric Heien)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26166 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename types::invalid_material_id to numbers::invalid_material_id and similar for boundary_id.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26165 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve cycle detection

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26164 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

limit the number of entries in a ConstraintMatrix generated while close()ing to detect complicated cycles.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26156 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make test compi;e

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26154 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

keep types in types and numbers in numbers

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26153 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add a TODO

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26152 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing inheritance

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26151 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Apparently made a mistake in re-setting the output file...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26150 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add hdf5/xdmf output (work from Eric Heien)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26149 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Figure out a flag that can be used to deprecate functions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26148 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix spelling.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26145 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add reduced testcase

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26142 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust once more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26141 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Further adjust output for these tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26140 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26139 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

failing constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26138 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Increase precision by one to output 0.125 as such, rather than as 0.12 or 0.13.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26136 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a number of testcases where we were outputting vectors and tensors using their own operator<< which, unfortunately, does not take into account the threshold on doubles and therefore produced output that had small numbers below the roundoff threshold in them.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26135 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Limit the threshold up to which stuff is printed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26134 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

clarift form of lines

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26131 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26130 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

removed (comment) operation parameter from compress function in line 2592 of trilinos_sparse_matrix.h, because it is a unused parameter (-Wunused-paramter warning was thrown)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26129 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

better revert everything

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26128 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix indices

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26127 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

giving up fixing cells_adjacent_to_vertex and deprecating it due to its bad implementation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26126 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove latex from documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26125 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26120 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

For two tests, increase the accuracy of output. The reason is that they often compute numbers like 0.125 that either get rounded to 0.12 or 0.13 depending on the phase of the moon. In such cases, reduce the chance of silly conflicts by just outputting a couple more digits.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26118 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

write about working Trilinos versions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26114 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

change to Google Group

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26110 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implementing the KellyEstimator in refine_grid ()

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26107 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26103 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test contract3

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26101 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test double contraction

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26100 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Aesthetic change - find Recent Changes easier.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26098 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unusable --with-metis-libs configure flag.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26097 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Several more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26094 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix has_ghost_elements() in trilinos 10.12.x

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26093 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

revert last edit partly and fix test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26092 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add more checks to test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-introduce the old names as a typedef.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

As discussed at the workshop, rename types::material_id_t to types::material_id and retain the old name as a deprecated typedef. Do the same with subdomain_id and boundary_id.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

As discussed at the workshop, rename types::material_id_t to types::material_id and retain the old name as a deprecated typedef. Do the same with subdomain_id and boundary_id.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add new test for trilinos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test and output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make it possible to run tests in parallel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26080 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new test for trilinos hang

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26079 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Find metis if it is not make installed, or is implemented in PETSc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d