Merge pull request #12641 from peterrum/dataout_nonconti

Add assert to DataOut to force users to use block vectors for non-contiguous indexsets

Merge pull request #12587 from bangerth/explicit

Be more explicit about types and taking addresses.

Merge pull request #12622 from bangerth/doc

Add another example to the ScalarFunctionFromFunctionObject documentation.

Merge pull request #12657 from bangerth/types

Use std::size_t for index types.

Merge pull request #12655 from bangerth/doc-2

Improve error message.

Use std::size_t for index types.

Use 'auto' in one place.

Improve error message.

Merge pull request #12643 from zjiaqi2018/changelog_feiv_AD

Changelog: FEInterfaceValues for AD

Merge pull request #12652 from drwells/little-doc-fixes

Fix two small documentation issues.

Merge pull request #12654 from drwells/add-pull-request-template

Add a pull request template.

Add a pull request template.

Fix two small documentation issues.

Its not worth opening two PRs.

Merge pull request #12644 from jppelteret/fe_interface_values_04

Categorise functions in FEInterfaceValuesViews

changelog for feiv AD

Reorganise sections and order

Merge pull request #12650 from konsim83/documentation/NewClangFormat

Fix clang-format version to 11.1 in coding guidelines

fix clang-format version to 11.1

Merge pull request #12648 from peterrum/fe_wedge_pyramid_degree

Add comments to wedge and pyramid FEs regarding degree

Merge pull request #12645 from tjhei/mg_transfer_warn

add Assert to MGTransfer*

Add comments to wedge and pyramid FEs regarding degree

Merge pull request #12649 from drwells/remove-old-namespace-comment

Remove documentation of the old Simplex namespace.

add Assert to MGTransfer*

The error message when you forget to call distribute_mg_dofs() is not
helpful. Instead, add an Assert.

Remove documentation of the old Simplex namespace.

Categorise functions in FEInterfaceValuesViews

Merge pull request #12642 from peterrum/fe_eval_pre

Replace some post-increments by pre-increments in fe_evaluation.h

Merge pull request #12638 from gfcas/integrate_difference

Integrate difference

Replace some post-increments by pre-increments in fe_evaluation.h

Merge pull request #12603 from zjiaqi2018/feinterface_AD

FEInterfaceValues for AD

Merge pull request #12636 from gfcas/step_40_timer

step-40 disable timer summary output

Improve some assertions

Add assert to DataOut to force users to use block vectors for non-contiguous indexsets

Merge pull request #12639 from gfcas/vector_tools_interpolate

Replace AssertDimension

Merge pull request #12625 from bergbauer/integrate_hessians_on_cells

Integrate hessians on cells

Merge pull request #12637 from gfcas/typos

Remove unused n_q_points variable

Range based quadrature loop

Merge pull request #12635 from peterrum/gc_prolongate_and_add

Override MGTransferGlobalCoarsening::prolongate_and_add()

Update include/deal.II/numerics/vector_tools_interpolate.templates.h

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

Replace AssertDimension

Use AssertDimension macro

Mapping argument for do_integrate_difference

Another typo

Comma spacing

step-40 disable timer summary output

Integrate hessians on cells

Override MGTransferGlobalCoarsening::prolongate_and_add()

Merge pull request #12632 from peterrum/step-47

Step-47: unify code

Merge pull request #12593 from bergbauer/evaluate_and_integrate_hessians

Evaluate and integrate hessians

Step-47: unify code

add get_function_*

Evaluate and integrate hessians on faces

Merge pull request #12631 from peterrum/feeval_doc

Small modifications of FEEvaluation documentation

Small modifications of FEEvaluation documentation

Merge pull request #12630 from jppelteret/fe_values_functions_01

Add face and cell queries to FEFaceValuesBase and FEInterfaceValues

Merge pull request #12614 from marcfehling/hp-indexset

Standardized output for many `mpi/hp_unify_dof_indices_X` tests.

Merge pull request #12615 from peterrum/rpe_test

Extend test

Merge pull request #12616 from peterrum/ConstraintTypes

Switch from unsigned int to ConstraintTypes

Merge pull request #12627 from masterleinad/update_cuda_output

Update test output for CUDA

Add a changelog entry

Update a test

Add FEInterfaceValues::get_cell() and FEInterfaceValues::get_face_number()

Add FEFaceValuesBase::get_face_number()

Merge pull request #12628 from jppelteret/fe_interface_values_03

Add dof_indices() to FEInterfaceValues

Merge pull request #12629 from peterrum/signals_residual_step_fix

Fix signal residual_step

Fix signal residual_step

Add dof_indices() to FEInterfaceValues

Update test putput for CUDA

Merge pull request #12411 from jppelteret/fe_interface_values_02

FEInterfaceValues: Make class interfaces consistent with FEValues and its views

Merge pull request #12623 from marcfehling/identity-constraints

Added diagnostic functions for `AffineConstraints`.

Merge pull request #12618 from peterrum/TriangulationDescription_examples

Extend documentation of TriangulationDescription

Added tests for AffineConstraints diagnostics.

Added diagnostic functions for AffineConstraints.

Add another example to the ScalarFunctionFromFunctionObject documentation.

Add a changelog entry

Update tests

Update examples

Extend documention of TriangulationDescription

Continue

Work on GPU

Rename

Introduce enum class

Merge pull request #12610 from drwells/add-more-wv-rules

Add more Witherden-Vincent rules

Merge pull request #12619 from drwells/fix-parenthesis

Fix a parenthesis.

Fix a parenthesis.

I see a bunch of warnings of the form

/Users/runner/work/dealii/dealii/include/deal.II/matrix_free/tools.h:497:35:
error: taking the absolute value of unsigned type 'bool' has no effect [-Werror,-Wabsolute-value]
854
                                  std::abs(values_dofs[j][0] &&

on the CI tester.

Add a lot more Witherden-Vincent rules.

This includes most of the even-degree rules.

For posterity: here's the script I used to print quadpy rules rather than
copying numbers individually:

import quadpy as qp

def format_16(x):
    return '{:.16e}'.format(float(x))

def print_scheme(scheme):
    sym_data = scheme.symmetry_data
    print("// WV-{}, {}D".format(scheme.degree, scheme.dim))
    for key in sym_data.keys():
        if key == 'centroid' or key == 's4':
            print("b_point_permutations.push_back({centroid});")
            print("b_weights.push_back({});".format(format_16(sym_data[key][0][0])))
        elif key == 'd3_aa' or key == 's31':
            weights = [format_16(w) for w in sym_data[key][0]]
            points = [format_16(p) for p in sym_data[key][1]]
            assert len(weights) == len(points)
            for i in range(len(weights)):
                print("process_point_1({}, {});".format(points[i], weights[i]))
        elif key == 'd3_ab' or key == 's211':
            weights = [format_16(w) for w in sym_data[key][0]]
            points1 = [format_16(p) for p in sym_data[key][1]]
            points2 = [format_16(p) for p in sym_data[key][2]]
            assert len(weights) == len(points1)
            assert len(points2) == len(points1)
            for i in range(len(weights)):
                print(("process_point_3({},"
                       "\n                {},"
                       "\n                {});")
                      .format(points1[i], points2[i], weights[i]))
        elif key == 's22':
            assert scheme.dim == 3
            weights = [format_16(w) for w in sym_data[key][0]]
            points = [format_16(p) for p in sym_data[key][1]]
            assert len(weights) == len(points)
            for i in range(len(weights)):
                print(("process_point_2({},"
                       "\n                {});")
                      .format(points[i], weights[i]))
        else:
            assert False

Merge pull request #12613 from drwells/fix-structdim-comments

Fix two comments in TriaAccessor.

Merge pull request #12559 from tamiko/modernize_step_69

Step-69: Use SolutionTransfer instead of low-level boost archive

Step-69: Apply review suggestion

Step-69: Use SolutionTransfer instead of low-level boost archive

Swith from unsigned int to ConstraintTypes

Extend test

Standardized output for many mpi/hp_unify_dof_indices_X tests.

Added new test for parallel-hp-paper.

Merge pull request #12560 from peterrum/mf_hn

Optimize hanging-node constraints in MatrixFree

Merge pull request #12611 from drwells/boundary-to-manifold

Convert some (mislabeled) boundary ids to manifold ids.

Fix two comments in TriaAccessor.

We have a 'cell' when the structural dimension matches the topological
dimension.

Merge pull request #12607 from bangerth/type

Fix a few type mistakes in AlignedVector.

Convert some (mislabeled) boundary ids to manifold ids.

Use a switch statement.

Less indentation makes this easier to read.

Remove an extra namespace qualification.

This isn't necessary now that we moved Simplex::QGauss to QGaussSimplex.