add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14534 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove accidental JobID

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14533 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14532 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a TODO for Guido.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14531 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix mark-up again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14530 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-order some member functions and variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14529 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some now outdated comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14528 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix some markups.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14527 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix html tag.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14526 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Let 'doc' be an alias to 'online-doc', since one so often forgets what exactly the target was.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14525 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bug fix in GridIn::parse_tecplot_header: Replace reference to unsigned int array[dim] by reference to vector<unsigned int> array as the previous implementation caused wrong data access.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14523 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move some documentation. Document the new partial specialization of TriaAccessor.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14522 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Split the TriaAccessor class into two, one that handles cells and one that handles everything else. The point being that only the former needs levels.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14521 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some timers to produce numbers for the paper.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14520 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify an assertion

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14519 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make a number of functions 'inline' that apparently have been forgotten

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14518 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move exceptions out of TriaAccessor. This has always been a source of complications because then they became dependent on the space dimension. This is also a first step to making TriaAccessor different for cells and faces/edges, because only the former need level information.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14517 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add function for xomputing permutation vectors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14516 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

publicize function in private base class

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14515 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new data for fixed block preconditioner

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14514 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simplify functions and fix bug in PreconditionBlockSSOR

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14513 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test new block PSOR

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14512 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new permuted block SOR

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14511 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Prefix std::

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14509 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Prefix std::

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14508 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add #include <functional> for std::bind2nd

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14507 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14506 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix PETSc instantiations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14505 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement more corner cases of FESystem elements.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14504 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ignore executable

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14503 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Ignore *vtk

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14502 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix another corner case

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14501 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a TODO

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14500 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the possibility of a maximal number of cells upon mesh refinement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14499 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add the possibility of a maximal number of cells upon mesh refinement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14498 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing std::

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14497 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add debug functionality

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14496 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

generate 64 bit file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14495 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

generate 64 bit file
set ignore flags

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14494 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update test grids for tecplot input to correspond to the new assumptions concerning coordinates, see patch 14492

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14493 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change default coordinates for GridIn::read_tecplot to something more sensible, i.e. use x in 1d, x and y in 2d and x, y and z in 3d and ignore other variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14492 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add vector valued versions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14490 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

use single character space instead of " "

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14489 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix another typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14488 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move a test that now works away from fail/

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14487 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

rename testcase, since grid_generator_04 has already been added

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14486 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Set props.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14485 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14484 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Only use the maximal coefficient for each |k|.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14483 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move test that now works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14482 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move test that now works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14481 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix previously wrong output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14480 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14479 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Spelling error in documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14478 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Workaround for gmsh output mesh.
New funcition:
GridGenerator::hyper_cube_with_cylindrical_hole.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14477 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Test for GridGenerator::hyper_cube_with_cylindrical_hole

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14476 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Generalize GridIn::read_netcdf to multiple bmarker on zero plane.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14475 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Don't forget to copy the list of RefinementListeners when copying a Triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14474 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move things a bit forward.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14473 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Proper order for names

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14472 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add another convenient reinit function

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14471 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More text.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14470 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Leave a TODO.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14469 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a case reported on the mailing list. extract_dofs for hp DoF handlers still to be implemented.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14468 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A first couple of paragraphs on the new smoothness indicator

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14467 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update authors' universities.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14466 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update authors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14465 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add support for previously unorientable meshes to the news.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14464 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14463 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a comment typo.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14462 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a TODO, fix a reference.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14461 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove the feature of logging all communications. This takes time and memory, and appears to be the cause of weird crashed on some occasion that may be related to race conditions in multithreaded programs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14460 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove the feature of logging all communications. This takes time and memory, and appears to be the cause of weird crashed on some occasion that may be related to race conditions in multithreaded programs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14459 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug where we were happily using iterators into a list even though this list is having its elements erased.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14458 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add subscriber information

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14457 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem with a static variable

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14456 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not mark local variables static. They are EVIL.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14455 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust to new interface of QProjector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14454 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust to new interface of QProjector.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14453 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Due to more quadrature projections we have to increase the tolerance for passing the test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14452 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

It is now possible to read all gids provided in the regression tests, therefore the output has changed (no Exception).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14451 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Announce the last changes merged from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14450 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug resulting from previous merges.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14449 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use new interfaces to GeometryInfo and QProjector where necessary. Furthermore, let the FiniteElements tell, how dofs on faces and lines in 3D have to be permuted if the face has non-standard orientation, flip or rotation and/or the lines have non-standard orientation. Let DoFAccessor use this information if asked for the dofs on a cell. Currently this is only implemented for FE_Q and FESystem, for the other FEs there is a TODO. This is the last partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14448 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust QProjector to create all eight (instead of two) face-quadrature rules originating from all combinations of face_orientation, face_flip and face_rotation. This is a partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14447 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modify creation and refinement of Triangulations to respect the new flags face_flip, face_rotation and line_orientation. This is a partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14446 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust GeometryInfo to use information from the new flags face_flip, face_rotation and line_orientation. Add some information about these flags (their meaning and purpose). This is a partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14445 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Introduce new flags face_flip and face_rotation for cells in 3D and line_orientation for quads in 3D. This is necessary in order to treat previously non-orientable meshes. This is a partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14444 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Modify GridReordering: Instead of throwing an Assertion, return the original connectivity if the grid could not be oriented. This is a partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14443 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update doc.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14442 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New function GridGenerator::moebius() creating a loop of cells which are rotated against each other before one end of the string is attached to the other one. This is a partial merge from branch_general_meshes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14441 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also apply patch here.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14440 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add another test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14439 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14438 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a comment since for this finite element, there is nothing we need to do as far as adjusting quad dof indices are concerned.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14437 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor adjustments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14436 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update a few comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14435 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

cache the last field for which we didn't do this yet.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14434 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix up a TODO

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14433 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also write the corresponding tests for the Laplace matrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@14432 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d