step-50: add compress calls, fix output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29610 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix an oversight (thanks to Alexander Grayver for pointing it out).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29609 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add a missing compress in multigrid

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29608 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an argument to IndexSet::add_indices. Use this to make a function in BlockVector significantly faster.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29607 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix test output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29606 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29605 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

multigrid in parallel: only track own dofs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29604 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simplify logic

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29603 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add dummy compress function to SparseMatrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29602 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

do elimination of boundary columns locally

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29601 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29599 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

matrix test with boundary conditions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29598 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-50: better matrix construction

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29597 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

transfer prebuilt with hanging nodes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29596 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29595 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29594 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify the various implementations of ConstraintMatrix::distribute using the new scheme. This includes making it now also work for objects of type PETScWrappers::MPI::BlockVector. Compared to the previous implementation, it now also works if constraints have inhomogeneities.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29593 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix IndexSet::operator== which we have, mysteriously, gotten wrong...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29592 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix new test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29591 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove misleading comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29590 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

debug output for MGTransferPrebuilt
remove deprecated function call in mg_block_smoother.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29589 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

cleanup test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29588 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

and some more MG bugs from yesterday

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29587 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add failing test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29586 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a stupid deadlock.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29585 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix stuff I broke yesterday

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29584 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove deprecated warninngs and prepare a new test
still waiting for boundary lists to be fixed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29583 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use locks only when modifying entries, not whenever accessing through get_prolongation_matrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29582 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

prepare transfer for Trilinos matrices

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29581 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29580 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Can't call vec.l1_norm() if not on all processors.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29579 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add locally_owned_elements() to all vector classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29578 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add complete_index_set().

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29577 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix locks.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29576 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

output all levels
allow for negative subdomains
simplify some redundant expressions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29575 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

ignore non local cells in mg*

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29574 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid warning about possibly uninitialized variables.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29573 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove debug output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29572 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix bug in distribute mg dofs in parallel

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29571 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-50: add gridout

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29570 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29569 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

simplify test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29568 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29567 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add broken test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29566 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

added some (void)i to avoid warnings in optimized mode to tria_accessor.templates.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29565 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

give multigrid hint in step-50

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29564 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29563 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add cmake stuff for step-50

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29562 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Initialize restriction and prolongation matrix in FESystem and FE_Q only upon request. This significantly reduces memory requirements for higher order elements as most of these matrices are never needed, e.g. anisotropic ones without anisotropic refinement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29561 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide Vector::supports_distributed_data for all vector classes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29560 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move exception declaration out of function-local scope to a globally visible scope so that the class has external linkage as required by the standard.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29559 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement ConstraintMatrix::distribute() in a different way. Adjust testcase.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29558 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

small fix in fe_tools.cc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29557 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention change.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29556 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch for FETools::back_interpolate for parallel::distributed::Vector by Martin Steigemann.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29555 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29554 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Rename configure_umfpack.cmake to configura_1_umfpack.cmake so that
it gets processed before configure_petsc.cmake

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29553 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29552 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile without C++11.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29551 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Output adjusted to new version of GridOut::write_svg

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29550 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

added DataOutBase::write_svg.
GridOut::write_svg now provides a perspective view

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29549 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29548 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile without MPI.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29547 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust number of iterations due to new computation of eigenvalues in PreconditionChebyshev.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29546 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extend test to negative entries.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29545 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix comparison with negative entries.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29544 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove this file since it's unused, see bug report 57 at http://code.google.com/p/dealii/issues/detail?id=57.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29543 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve inner products in parallel vector: Use only one MPI_Allreduce instead of n_blocks() many.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29542 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename test to reflect the function it tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29541 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output for change in r29539

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29540 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use better max coarse size for Trilinos AMG preconditioner. The default (128) is way too small; a direct solver with not more than 2000 entries is very quick indeed.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29539 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use deal.II CG solver for initializing PreconditionChebyshev instead of implementing it again. Hook onto deallog for getting the eigenvalue estimates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29538 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix include files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29537 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a few typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29536 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment text.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29535 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug in parallel::distributed::Vector::compress(VectorOperation::insert) pointed out by Martin Steigemann.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29534 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Short circuit a test to make dof_tools_21 pass again.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29533 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29532 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Doh -- I need to learn to place my parentheses...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29531 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test. This doesn't currently work, but I'd like to continue debugging on a system where this is faster...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29530 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix completely bogus way of including header files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29529 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add an assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29528 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing include file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29527 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixup two comments ;-)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29526 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make make_periodicity_constraints work with locally refined meshes as well.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29525 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29524 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a couple of typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29523 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More progress on periodic boundary conditions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29522 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Refactor a bit, in preparation to dealing with periodic faces not on
the same refinement level.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29521 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add standard file header.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29520 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move slightly forward.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29519 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix warning

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29518 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix undefined references with Intel compiler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29517 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify get_interpolation_matrix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29516 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix clear function of MatrixFree

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29515 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make compile with older compilers.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29514 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust output difference of the form 0.938/0.937 with exact value 0.9375 that is different due to change in FE_Q_Base (more specifically, polynomials of order 1-3 are now evaluated from tabulated coefficients and not product form for constraints, interpolation and restriction matrices). Also updated memory consumption as there is now an array less in FE_Q.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29513 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix include file locations.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29512 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid running into an assertion for very high order.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29511 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo accidental check-in.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@29510 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d